В 1978 г. начальником ГНИКИ стал Л.И. Агурин. Л.И. Агурин пришел в испытатели непростым путем. В 1975 г. генерал-лейтенанта Агу- рина аттестовали на должность командующего Дальней Авиацией, но на аэродроме Белая при газовке двигателя на МиГ-23 неожиданно включился форсаж. Истребитель понесло на бомбардировщик Ту- 16, рядом с которым находилась тележка с бомбами. Столкновение самолетов привело к пожару и детонации бомб. Погибли люди, сгорело четыре Ту-16 и два МиГ-23. Генерал Агурин в это время находился в отпуске, тем не менее – понес наказание: был назначен с понижением в Чкаловский филиал НИИ ВВС, где отчасти заново начал свою военную карьеру. Пожалуй, именно на «период Агурина» напряженность испытательной работы в Ахтубинске достигла своего пика.
В декабре 1990 г. директивой ГНИКИ ВВС был переименован в Государственный летно-испытательный ордена Ленина Краснознаменный центр Министерства обороны СССР им. В.П. Чкалова.
В 90-е годы объем испытаний, проводимых в Ахтубинске, значительно сократились. Многие разработки сначала были заморожены, а потом и аннулированы, работы по другим темам велись так, что, казалось, конца им не будет. Так, сначала резко упал темп работ по МиГ-29М и Су-27М, а потом обе темы были прекращены. И если в 1986 г. было проведено чуть более 1300 НИР, то в 1999 г. – менее 200 работа. Ситуация, увы, в 90-х годах типичная, и не только для ГЛИЦ: сумма военных расходов упала в разы. Существовала, видимо, уверенность в том, что безопасность России обеспечат одни «эффективные менеджеры». Тогда из ГЛИЦ ушло множество квалифицированных летчиков и инженеров. Центр лишился испытательного полигона в Крыму, ряда полигонов в Казахстане. Количество полигонов к 1998 г. сократилось до пяти: два из них расположены в России (Грошево, Нальчик) и три в Казахстане (Тургай, Теректа, Макат). Полигон в Нальчике был создан на основе комендатуры в 1993 г. специально для отработки действий авиации в горах. В 1994 и 1995 г.г. в Нальчике силами ГЛИЦ проводились показы авиационной техники и вооружения с боевым применением руководству МО РФ, военным атташе иностранных государств и руководству ВВС Чили. В середине 90-х годов началось создание морского полигона в районе Геленджика (взамен полигона под Феодосией) на основе испытательной базы ТАНТК им. Г.М. Бериева. В 1995 г. первую посадку на новом полигоне выполнила амфибия А-40, пилотируемая полковником Г.А. Паршиным.
В состав ГЛИЦ тогда входила отдельная смешанная авиационная эскадрилья, обеспечивающая повседневную деятельность центра, и ведущая свою историю от сформированного в апреле 1938 г. 35-го скоростного бомбардировочного авиаполка. Этот полк принимал участие в походе в Западную Украину, советско- финской войне, а с июля 1941 г. – в Великой Отечественной войне. Всю войну полк воевал на самолетах Пе-2 и завершил ее как 35-й Берлинский орденов Суворова III степени и Богдана Хмельницкого бомбардировочный. В августе 1997 г. полк переформирован в отдельную смешанную авиационную эскадрилью, а в мае 1998 г. эскадрилья была расформирована. Личный состав и авиационную технику передали в другие подразделения Центра.
Летчики А. Балбеков и В. Соловьев после полета
Испытания спускаемого аппарата космического корабля «Союз»
Пуск УР «воздух-поверхность» по наземной цели в пикировании с большой высоты
Бомбометание с самолета Су-34
На протяжении последних почти двух десятков лет испытания в ГЛИЦ проходят, главным образом, модернизированные самолеты типа МиГ-29 и Су-27. В 1999-2001 г.г. проводились Государственные испытания двухместного ударного самолета Су-30МКК (для ВВС КНР), с июля 1997 г. ОКБ Сухого и ГЛИЦ ВВС проводили испытание многофункционального двухместного истребителя Су-30МКИ (для ВВС Индии). В 1996 г. были начаты ГСИ самолета Су-34, которые продолжаются и в настоящее время (ведущие летчики И.И. Маликов, B.C. Петруша, А.А. Шишов; ведущие штурманы А.А. Ощепков, Г.Н. Воронов). В 2002 – 2005 г.г. проведены ГСИ штурмовика Су-25СМ, ведущий летчик А.И. Вишняков.
Первый этап ГСИ учебно-тренировочного самолета Як-130 был успешно завершен в ноябре 2007 г., подписано предварительное заключение о соответствии самолета ТТТ и выданы рекомендации для выпуска установочной партии самолетов.
Несмотря на сложности перманентной военной реформы, испытания в ГЛИЦ выполнялись и продолжают выполняться. Личный состав Центра задействован в боевых учениях, показах авиационной техники с боевым применением. В ноябре 1991 г. летчики и техники ГЛИЦ принимали участие в показе авиатехники в Ланкави (Малайзия). В 1996 г. был проведен уникальный по сложности и масштабу летный эксперимент на высокогорном полигоне Нальчик. 10 мая 1996 г. состоялся воздушный и наземный показ авиационной техники Президенту РФ Б.Н. Ельцину на аэродроме Ахтубинск. 6-7 августа 2001 г. на полигоне Грошево проводился воздушный и наземный показ руководству страны, представителям МО РФ и военным атташе иностранных государств. Постоянно ГЛИЦ представлен на МАКСах. ГЛИЦ принимает участие в тактических учениях «Боевое содружество» и «Оборона», проводимых в Ашулуке.