2 ноября американцы предприняли мощный налёт на заводы Лойна силами 687 "Крепостей" под охраной 400 "Мустангов" и 30 Р-38. Навстречу им были подняты пять "Комет". К тому времени союзники уже имели некоторый опыт борьбы с ракетными истребителями, и результат не замедлил сказаться. Один из Me-163 пытался атаковать В-17. но сам попал под огонь Р- 51. "Комета" взорвалась в воздухе, но за мгновение до этого пилот выпрыгнул из кабины и спасся на парашюте. В тот же день он был на базе. Двум его товарищам повезло меньше – они погибли в этом же бою.
Потерн на этом не закончились: 18 ноября во время воздушного налёта на земле был уничтожен один и повреждены два Me-163. Ещё один Me-163 был повреждён на следующий день во время учебного полёта. Пилот попал в госпиталь. 16 января 1945 года взорвался Me-163 во время посадки на аэродром Лэкфельд. 10 февраля один пилот погиб, all- другой был ранен в воздушном бою. 23 февраля, во время налёта, на земле были уничтожены не менее четырех "Комет". 2 марта на перехват поднялись шесть "Комет", но они не нашли противника. На следующий день немецкие пилоты объявили об уничтожении 3-х В-17. 7 марта пара Me-163 атаковала разведывательный "Спитфайр" Королевских ВВС. Его пилоту пришлось спасаться в крутом пикировании, с высоты 12000 м до 6000 м.
15 марта произошла очередная встреча Me-163 с бомбардировщиками. Целью 1340 самолётов был Лейпциг. Американцы потерь не имели, а один Me 163 был сбит. Его пилот спасся на парашюте, а самолёт разбился об землю. На следующий день над Лейпцигом бал перехвачен разведывательный "Москито" PR.XVI. который снимал результаты предыдущего налёта. Он был обстрелян, но сумел уйти от истребителей. правда, при посадке был разбит, так что какие-то повреждения от Me-163 он получил.
17 марта произошли очередные бои. Бомбардировщики сбить не удалось, а на одной из "Комет" после вылета насчитали 146 дыр от американских пуль. 19 марта на перехват 978 самолётов поднялись 40 немецких истребителей, в том числе реактивные Ме-262 и Ме- 163. Пилоты Me 262 заявили об уничтожении трех В-17, а от летчиков Ме- 163 удача в тот день отвернулась. Союзники отмечали появление Ме-163 24, 30 и 31 марта, причём 24 марта один из реактивных "мессеров" был сбит.
9 апреля на перехват пары Р-38 была поднята пара Me 163. При разгоне летчики развили критическую скорость, потеряв контроль над машинами. Когда управление удалось восстановить, противник уже исчез, и "Кометы" возвратились домой не солоно хлебавши.
10 апреля лт. Келб объявил о победе, одержанной с помощью гранат SG 500 Ягерфауст. В тот же день был сбит "Москито", летевший на высоте 14000 м. Его экипаж выпрыгнул на парашютах. После атаки пилот Me 163 долго не мог найти свой аэродром, так далеко он улетел в горячке боя, но всё обошлось. К середине апреля боевая активность "Комет" снизилась, что объясняется отсутствием топлива. 22 апреля удалось заправить только три Ме-163, которые сумели сбить один из 640 "Ланкастеров". шедших на задание. Из-за отсутствия топлива часть персонала была отправлена на сухопутный фронт, а всего к моменту капитуляции в подразделениях "Комет" числилось 80 Ме- 163 и 60 пилотов.
Всего немецкие историки приписывают пилотам Комет 16 сбитых, но союзники подтверждают только девять. Пилоты-истребители США и Британии говорят о шести победах в воздухе над Me 163, а бортстрелки бомбардировщиков – несколько больше. Но ещё больше "Комет" погибло во время испытаний и учебных полётов. Так, в I./JG 400 в период между 22 мая 1944 г. и 20 января 1945 г. отлётных происшествий было потеряно не менее 17 "Комет".
Развитие конструкции Me 163
Основными недостатками Кометы были малое время работы двигателя и сложность регулирования скорости полёта. Опытные пилоты пытались регулировать скорость сближения с целью путём выключения и включения двигателя в сочетании с выполнением горок и скольжений. Понятно, что эти манипуляции требовали филигранной техники пилотирования и были очень сложны и опасны в исполнении. Существенно улучшить манёвренные качества самолёта и время его полёта могло применение двухкамерного двигателя. При этом основная камера сгорания применялась при взлёте и наборе высоты, а малая камера – во время остального полёта. Такой двигатель. HWK 109-509А-2, оказался в руках Липпиша в середине 1944 г. Это были экспериментальные образцы, которые для испытаний установили на самолёты Me 163В V6 и Me 163В VI8. Первый полёт был выполнен на Me 163В VI8 6 июля 1944 г. При взлёте на обеих камерах самолёт быстро набирал высоту. Между 3600 и 5000 м его скороподъёмность составила 125 м/с – величина по тем временам огромная. В районе 5000 м "Комета" превысила критическую скорость, что вынудило пилота выключить двигатель. Практически сразу же самолёт перешёл в крутое пикирование, из которого удалось выйти буквально в нескольких метрах от поверхности воды. После посадки оказалось, что был потерян руль направления, от которого остался только носок и компенсатор. Измерения показали, что максимальная скорость достигала I100 км/ч.
В то время, пока в Пенемюнде испытывали Me 163В V6 и V18. в КБ Мессершмитта работали над следующей версией перехватчика – Me 163C.