В отличие от ранее отработанных радиолокационных головок самонаведения авиационных ракет, использующих для узкополосной фильтрации эхо-сигнала от цели опорный сигнал от РЛС самолета - носителя, поступающий на так называемый «хвостовой канал» аппаратуры ракеты, характерной особенностью ГСН ракеты В-860 стало применение для выработки опорного сигнала расположенного на ее борту автономного высокочастотного гетеродина. Выбор такой схемы был обусловлен применением в РПЦ комплекса С-200 режима фазокодовой модуляции. В процессе предстартовой подготовки осуществлялась точная подстройка бортового высокочастотного гетеродина ракеты под частоту сигнала данной РПЦ.
Для безопасного размещения наземных элементов комплекса много внимания было уделено определению размеров зоны падения отделяемых через 3…4,5 с после старта ускорителей, существенно зависящей от разбросов времени работы каждого из четырех ускорителей и скорости разгона ракеты, скорости ветра в момент старта и угла наклона траектории. С целью уменьшения размеров зоны падения ускорителей, а также упрощения пусковой установки угол старта был принят постоянным, равным 48°.
Для защиты конструкции ракеты от аэродинамического нагрева, возникающего в процессе длительного, продолжительностью более минуты полета с гиперзвуковой скоростью, наиболее нагреваемые в полете участки металлического корпуса ракеты были покрыты теплозащитой.
В конструкции В-860 использовались в основном недефицитные материалы. Формирование основных деталей велось с применением высокопроизводительных технологических процессов - горячей и холодной штамповки, крупногабаритного тонкостенного литья для магниевых сплавов, точного литья, различных видов сварки. Для крыльев и рулей нашли применение титановые сплавы, в других элементах использовались различные виды пластмасс.
Вскоре после выпуска эскизного проекта были начаты работы по отрабоке радиопрозрачного обтекателя для головки самонаведения, к которым были привлечены ВИАМ, НИАТ и многие другие организации.
Планировавшиеся летные испытания требовали изготовления большого числа ракет. При ограниченных возможностях опытного производства ОКБ-2, в особенности в части выпуска столь крупногабаритных изделий, уже на начальной стадии испытаний к производству В-860 потребовалось подключить серийный завод. Первоначально предполагалось задействовать заводы № 41 и № 464, но фактически они в выпуске ракет В-860 не участвовали, а были переориентированы на производство других видов перспективной зенитной ракетной техники. Решением ВПК № 32 от 5 марта 1960 г. серийное производство ракет для С-200 было передано заводу № 272 (впоследствии - «Северный завод»), который в том же году выпустил первые так называемые «изделия Ф» - ракеты В-860.
С августа 1960 г. ОКБ-165 было предписано сосредоточить усилия на разработке бортового источника питания для ракеты, а работы по двигателю Л-2 для маршевой ступени продолжались только в ОКБ-466 под руководством Главного конструктора А.С. Мевиуса. Этот двигатель разрабатывался на базе одноре- жимного двигателя «726» ОКБ A.M. Исаева с максимальной тягой 10 т.
Еще одной проблемой оказалось обеспечение электроэнергией множества потребителей при достаточно продолжительном управляемом полете ракеты. Первопричина заключалась в том, что в качестве элементной базы применялись электронные лампы и сопутствовавшие им устройства. "Золотой век" полупроводников (а также микросхем, печатных плат и прочих «чудес» радиоэлектроники) в ракетной технике тогда еще не наступил. Аккумуляторные батареи были крайне тяжелы и громоздки, так что разработчики обратились к применению автономного источника электроэнергии, состоявшего из электрогенератора, преобразователей и турбины.
Для работы турбины можно было использовался горячий газ, получаемый как на первых вариантах В-750 за счет разложения одноком- понентного топлива - изопропилнитра- та. Но при такой схеме масса требуемого запаса топлива для В-860 превосходила все мыслимые пределы, хотя в первом варианте эскизного проекта планировалось применение именно такого решения. Но в дальнейшем взоры проектировщиков обратились к находившимся на борту ракеты основным компонентам топлива, которые должны были обеспечивать работу бортового источника питания (БИП), предназначенного как для выработки в полете электроэнергии постоянного и переменного тока, так и для создания высокого давления в гидравлической системе для работы рулевых приводов. Конструктивно он состоял из га- зотурбопривода, гидроагрегата и двух электрогенераторов. Его создание в 1958 г. было поручено ОКБ-1 под руководством Л.С. Душкина и в дальнейшем было продолжено под руководством М.М. Бонда- рюка. Доводка конструкции и подготовка документации для его серийного производства велись в ОКБ-466.
По мере выпуска рабочих чертежей к производству ракет и наземных средств комплекса были дополнительно подключены многие предприятия нескольких министерств. В частности, выпуск крупноразмерных антенных постов радиолокационных средств поручили Горьковскому (исходно артиллерийскому) заводу № 92 совнархоза и самолетостроительному заводу № 23 в подмосковных Филях.