Однако в 1940 году на основе опыта советско-финляндской войны принято решение об упразднении их как не оправдавших себя в боевой обстановке.
Судьба Дальней авиации определялась военачальниками, чей кругозор был сформирован опытом локальных войн.
Но здравый смысл одержал верх. В ноябре 1940 года на базе выделенных из АОНов полков тяжелых бомбардировщиков была создана Авиация Главного Командования, предназначенная для осуществления самостоятельных операций - нанесение бомбовых ударов по важным объектам, расположенным в глубоком тылу противника. Ее предлагалось использовать и в качестве стратегического резерва для усиления фронтов (флотов). Авиация Главного Командования авиация включала пять авиационных корпусов и три отдельные авиационные дивизии (всего тринадцать авиадивизий). Основу самолетного парка составляли модернизированные дальние бомбардировщики ДБ-3 и ДБ-3Ф (Ил-4), широко был представлен устаревший ТБ-3, началось поступление на вооружение двухмоторных дальних бомбардировщиков Ер-2 и тяжелых высотных бомбардировщиков ТБ-7 (Пе-8). Всего в составе АГК в то время насчитывалось 2147 кораблей.
Что касается вопросов оперативного применения АГК в предстоящей войне, то у военного руководства под воздействием повышенного внимания к опыту войн в Испании, Китае, Монголии и др. превалировала мысль о нецелесообразности действий по объектам в оперативно-стратегической глубине противника, что ограничивало рамки воздушных операций и масштабы борьбы за господство в воздухе тактическими действиями над полем боя.
С таким багажом дальнебомбардировочная авиация подошла к Отечественной войне и за первые три месяца боевых действий 95% всех вылетов выполнила на поддержку обороняющихся войск. Важнейшими объектами действий были танковые, моторизованные колонны врага и его войска на поле боя.
Не понеся потерь от ударов фашисткой авиации по аэродромам с началом войны (за счет более глубокого базирования), ДБА, будучи привлеченной для борьбы с танковыми группировками и войсками на поле боя днем с малых высот без истребительного прикрытия мелкими группами по множеству целей, несла огромные потери в воздухе. Централизованное управление ее силами было нарушено. Генерал-полковник авиации В.В. Решетников в своей книге "Что было, то было" отмечает, что " Командующие войсками фронтов, а то и армий, в полосах которых базировались дальние бомбардировщики, привлекали их для боевых действий по своему усмотрению, восполняя таким образом катастрофическую нехватку фронтовой ударной авиации ".
Лишь в начале июля 1941 года, после требований Ставки, обеспокоенной растущей непомерными потерями, даль-небомбардировочная авиация стала применяться с больших высот и ночью, а днем - под прикрытием истребителей.
Таким образом, непродуманные действия по реформированию дальнебомбардировочной авиации перед началом войны, ошибки во взглядах на ее значение, роль и место в вооруженной борьбе привели к тому, что колоссальные силы и средства, напряженные усилия всего государства, направленные на ее создание и становление воплотились в неоправданных потерях самолетов и их экипажей.
Просчеты были очевидны и 5 марта 1942 года Постановлением Государственного Комитета обороны дальнебомбардировочная авиация была преобразована в авиацию дальнего действия (АДД), непосредственно подчиненную Ставке Верховного Главнокомандования, 55-летие которой мы недавно отмечали.
Боевые действия дальних бомбардировщиков стали носить характер массированных ударов крупными группировками по наиболее важным объектам в ночное время. В руках ВГК АДД стала мощной дальнобойной и наиболее маневренной силой. Она возрождалась неимоверным напряжением всего народа и к лету 1943 года состояла из 8 авиакорпусов, насчитывая в боевом составе более тысячи самолетов.
В начале декабря 1944 года АДД была преобразована в 18 ВА и подчинена Командующему ВВС. Количество полков оставалось прежним, но сократилось число дивизий, вобравших в себя по 3-4 полка, вдвое меньше стало и корпусов. Статус воздушной армии выглядел теперь заметно пониженным по сравнению с прежним положением АДД. И дело тут было не в объективных причинах, хотя имелись и таковые. В основе очередной реформации, по свидетельству, В.В.Решетникова ("Что было то было") лежали драматические коллизии между двумя высшими авиационными начальниками А.А.Новиковым - Командующим ВВС и А.Е.Головановым - Командующим АДД. В очередной раз над государственными интересами возобладал личностный фактор.
Дальняя авиация за годы войны совершила 220 тысяч самолетовылетов и внесла огромный вклад в общую победу.
В апреле 1946 года 18 ВА была преобразована в Дальнюю авиацию ВС СССР (ДА), в состав которой вошли три крупных оперативных объединения -воздушные армии (ВА). На вооружение стали поступать бомбардировщики Ту-4, на подходе была и атомная бомба. Напряженной работой всего разрушенного войной государства достигался паритет в сфере ядерных вооружений, чтобы обеспечить безопасность страны в новом "ядерном мире".
С учетом военного опыта основной формой применения ДА в первые послевоенные годы считались самостоятельные военные операции по объектам в глубоком тылу противника. Удары по военно-промышленным объектам, аэродромам, гидротехническим сооружениям, объектам сухопутных и морских коммуникаций планировались наносить крупными силами в короткий промежуток времени.