То обстоятельство, что Бе-103 должна была стать масштабной летающей моделью, обусловило весьма необычную для машин такого класса аэрогидродинамическую компоновку: моноплан с низкорасположенным, водоизмещающим и глиссирующим крылом. Подобная схема не была новинкой для таганрогских специалистов. Она использовалась ещё в проектах тяжёлых летающих лодок ЛЛ-600 (1963 г.) и А-150 (1965 г.) разработанных в ОКБ под руководством Г.М. Бериева.
Вверху: Варианты компоновки Бе-103 с одним ТВД
Справа: Самолёт-амфибия Бе-103 в сборочном цеху КнААПО, Комсомольск-на- Амуре
Лётчик-испытатель Владимир Николаевич Ульянов в кабине Бе-103
Реализация концепции водоизмещающего крыла с возможностью глиссирования на трёх точках (редан, правая и левая задние кромки центроплана) давала существенный выигрыш в устойчивости движения по воде на взлётно- посадочных режимах и повышении мореходности. Низкое расположение крыла относительно лодки, в свою очередь, создавало значительное повышение подъёмной силы за счёт экранного эффекта на взлёте и посадке, позволяло отказаться от закрылков, упростить и облегчить конструкцию крыла и планера. Но всё это были пока только теоретические выкладки и результаты лабораторных исследований на моделях. Необходимо было на практике отработать новую концепцию, одновременно получив реальные данные на летающем гидросамолёте.
По первоначальному проекту новая амфибия должна была иметь Т-образное хвостовое оперение, трёхстоечное шасси с хвостовым колесом. Расчётный максимальный взлётный вес составлял 1600 кг, полезная нагрузка 375 кг, максимальная скорость 230 км/ч, максимальная дальность полёта 3150 км. Два двигателя М-17 (175 л.с.) располагались на пилонах в хвостовой части фюзеляжа. В салоне самолёта размещаются пилот и пять пассажиров, а так же багажный отсек. В санитарном варианте двое больных на носилках и сопровождающий медработник.
В процессе проектирования внешний вид самолёта несколько изменился, Бе-103 получил цельноповоротное среднерасположенное горизонтальное оперение и шасси с передней опорой. Прорабатывались и другие варианты, в частности, однодвигательный. Однако окончательно остановились на двух двигателях, поскольку самолёт должен был соответствовать требованиям российских авиационных правил АП-23 и нормам Федерального авиационного регистра США.
Серьёзной проблемой в период всеобщего спада производства и повсеместного нарушения годами налаженных связей стал поиск серийного завода для производства новой амфибии.
Сначала планировалось строить самолёт на машиностроительном заводе в подмосковных Луховицах. Первый лётный экземпляр Бе-103 должен был покинуть его цеха во второй половине 1994 г., а уже в 1995 г. должны были начаться лётные испытания самолёта-амфибии. Однако, в силу ряда обстоятельств, эти планы не осуществились. ТАНТК пришлось искать нового партнера. Им стало Комсомольское-на-Амуре авиационное производственное объединение (КнААПО), которое в начале 90-х, решая задачу конверсии, выбрало для реализации две гражданские темы: С-80 и Бе-103. Для продвижения амфибии на внешние рынки ТАНТК и КнААПО, в конце 1994 г., объединились с Внешнеэкономическим объединением «Машиноэкспорт», образовав ЗАО «Таком-авиа».
Окончательное решение о строительстве первых опытных машин в Комсомольске-на- Амуре было принято в начале 1995 г. Первая серия должна была состоять из четырёх машин: две лётные и две для статических и ресурсных испытаний. К этому времени состав силовой установки Бе-103 изменился. Место отсутствующих М-17 (с весьма туманными перспективами их получения в обозримом будущем) заняли два американских поршневых двигателя Teledyne Continental Motors TCM-I0- 360ES4 мощностью no 210 л.с. каждый.
Запуск чертежей в производство завершился в июле 1995 г. Первый лётный экземпляр Бе-103 (заводской № 3001, RA-37019) был построен КнААПО и доставлен в Таганрог. На публике самолёт появился ещё до своего первого полёта, приняв участие в Первой международной выставке и научной конференции по гидроавиации «Геленджик-96» проходившей с 24 по 29 сентября 1996 г. Хотя Бе-103 демонстрировался только на статической стоянке, новая амфибия вызвала большой интерес, постоянно привлекая к себе внимание как специалистов и журналистов, так и обычных посетителей выставки.
Обтяжка крыла самолёта-амфибии Бе-103 в цеху опытного производства ТАНТК
Первый лётный экземпляр Бе-103 (№ 3001) на заводском аэродроме. Опробование двигателей. Видны оранжевые блоки контрольно-записывающей аппаратуры в кабине. Таганрог, 1997 г
После окончания выставки самолёт-амфибия снова вернулся в Таганрог, где продолжилась его подготовка к лётным испытаниям. Лётчиком-испытателем Бе-103 стал В. Н. Ульянов, техником самолёта С. А. Шокин. В то же время для проведения статических испытаний транспортный Ил-76 доставил в Таганрог с КнААПО ещё один Бе-103 (заводской № 3003).
После наземной отработки оборудования, доработок конструкции (на самолёте был установлен гидроцилиндр аварийного открывания створок входного люка) и первых пробежек, амфибия была, наконец, готова к первому полёту.