4 марта 1987 года в 170-м гвардейском морском ракетоносном Краснознаменном Смоленском авиаполку произошел редкий случай. На Ту-22М2 (с максимальным весом) при разбеге произошло отключение одного двигателя. Командир корабля капитан А.Д. Бурундуков прекратил взлет. При сходе самолета с ВПП от сильной тряски произошло самопроизвольное катапультирование летчика. Помощник командира катапультировался самостоятельно. Самолет разрушился, экипаж остался невредим.
21 августа 1992 года во время полета в районе аэродрома Веселое (Украина) на Ту-22М3 846-го гвардейского отдельного минно-торпедного Краснознаменного Клайпедского авиаполка, пилотируемом майором А.А. Рылиным (второй пилот инструктор майор С. М. Пьянзин, штурман корабля капитан В. В. Романенко, штурман-оператор лейтенант Кудзиев) воспламенилось топливо, вытекавшее из бака. Вслед за этим самолет стал неуправляем в канале крена. Экипаж успешно катапультировался.
Северный флот
К началу 1990-х два полка 5-й Киркенесской Краснознаменной морской ракетоносной авиационной дивизии (Оленегорск. Мурманская область) перевооружились на Ту-22М. Третий полк дивизии (978-й мрап в Североморске-3) продолжал летать на Ту-16. официально снятых с вооружения в 1994 г. На 1 января 2000 года 547-й Печенгский дважды Краснознаменный морской ракетоносный авиационный полк (Катунино), под Архангельском) и 924-й гвардейский Киркенесский Краснознаменный морской ракетоносный авиационный полк (Оленегорск, Мурманская область) 5-й мрад имели в своем составе по 20 Ту-22М3.
Тихоокеанский флот
Первая авария в 568-м мрап ВВС Тихоокеанского флота имела место 18 августа 1982 г. В тот день ВМФ потерял Ту-22М2. пилотировавшийся подполковником А.Н. Митяевым, а спустя менее трех лет. 18 января 1985 года произошла первая катастрофа Ту-22М2. пилотировавшегося капитаном А.А. Ширмановым (штурман-оператор капитан В.П. Городников).
Набирая высоту, командир пытался отыскать самолет ведущего и потерял контроль за полетом. В итоге, самолет перешел на снижение и столкнулся с землей, унеся жизни экипажа.
Последнее летное происшествие в этом полку было 27 ноября 1992 года при посадке на аэродром Каменный Ручей. Самолет Ту-22М2, пилотировавшийся капитаном С.И. Маховым, разбился, но экипаж, к счастью, остался невредим.
Видимо, первая катастрофа Ту-22М2 на Тихоокеанском флоте произошла в ноябре 1989 года при выполнении учебного полета. Вскоре после взлета с аэродрома Каменный Ручей самолет 570-го мрап упал в Татарский пролив. Официальная версия гласит: трагедия, унесшая жизни четырех человек во главе с командиром экипажа майором М. Зерцаловым (помощник командира старший лейтенант С.А. Мавродиев и штурман капитан В.Л. Гусев), связана с отказом техники и ее неправильной эксплуатацией. В то же время, как сообщалось в прессе, катастрофа произошла из-за отказа управления (видимо самолета), кроме этого не сработали штатные средства аварийного спасения (видимо, имелись в виду морские спасательные костюмы и резиновые лодки. – Прим. авт.). Как минимум два члена экипажа катапультировались, но погибли в ледяной воде до прилета спасательного вертолета. Спасатели обнаружили лишь тело второго пилота, у которого отсутствовал этот костюм, а резиновая лодка стала надуваться лишь тогда, когда вертолетчики затаскивали ее в кабину.
После сокращений в 1990-е годы в основе авиации Тихоокеанского флота оставались: морские ракетоносные авиаполки. дислоцировавшиеся в Алексеевке в районе озера Ханка Приморского края на самолетах Ту-22М.
В отличие от самолета Ту-22, чтобы попасть в кабины экипажу Ту-22М приходится подниматься на площадку стремянки, расположенную на уровне второго этажа жилого дома
Подвижная часть фонаря кабины штурмана (Ту-22М3)
Центры боевого применения и переучивания летного состава авиации ВМФ
12 апреля 1989 года произошла катастрофа на взлете самолета Ту-22М2, пилотируемого заместителем начальника 33-го ЦБП и ПЛС по политической части полковником А.И. Багаевым. Во второй половине разбега начали отрываться заклепки с правой плоскости крыла. Через 2-3 секунды на высоте 40-50 метров оторвалась поворотная часть крыла и сразу же последовала команда покинуть самолет. Штурман экипажа катапультировался и остался невредим. Командир корабля и его помощник майор А.П. Полтавцев, а также второй штурман майор А.Н. Полинер погибли.
После распада Советского Союза 33-й ЦБП и ПЛС остался на Украине, а в России был создан его аналог – 444-й ЦБП и ПЛС в г. Остров Новгородской области, сегодня благополучно расформированный.
Судя по публикациям в открытой печати, на 1 января 1995 года в авиации ВМФ Российской Федерации числилось около 165 Ту-22 М.
В конце 2002 года пошли разговоры о возможном сосредоточении в 37-й ВА (Дальняя авиация) всех Ту-22М3 ВМФ (машины последних серий). Спустя пять лет 21 мая эту информацию подтвердил начальник Главного штаба ВВС РФ генерал-лейтенант Игорь Хворов. который до назначения на этот пост командовал Дальней авиацией. В тот день он заявил, что в 2008 году в состав дальней авиации планируется включить два полка морских ракетоносцев Ту-22М. В результате статус Дальней авиации будет повышен до оперативно-стратегического объединения, ликвидировав 37-ю ВА в 2009 г.