В сентябре 1986 года имело место летное происшествие, чуть не приведшее к трагедии. При заходе на посадку после разведки погоды командир корабля подполковник Б.Г. Подчиненное игнорировал инструкцию экипажу. Установив крыло в посадочное положение, и выпустив шасси, экипаж забыл о механизации несущей поверхности. В итоге, приземление произошло на меньшей скорости, причем с одной ракетой под крылом. Ту-22М (видимо, вариант «М2») коснулся грунта левой консолью стабилизатора, а затем крылом и хвостовой частью фюзеляжа перед оврагом за 340 метров до ВПП. При этом перегрузка составила 2,3g. Пробежав 105 метров, самолет снова оторвался от земли и ушел на второй круг. К тому времени командир имел 1 класс, но, как говорится, «и на старуху бывает проруха».
В апреле 1987 года на взлете гибнет самолет капитана Копылова. Предположительная причина – попадание писсуаров штурманов в проводку управления. Кажется смешным, а машину не вернешь, хорошо хоть экипаж спасся. А ведь это еще не все. Аварийность кошмарная, и за каждым происшествием стоит человек – промышленник или командир.
20 июля 1988 года в катастрофе Ту-22М2 погиб экипаж капитана А.Н. Лесняка. В следующем году 14 февраля еще одна трагедия, унесшая жизни четырех человек во главе с командиром Ту-22М2 капитаном Г.В. Карпенко. Трагедия произошла из-за отказа системы электроснабжения самолета, выразившаяся в отключении всех шести исправных генераторов и неподключение двух из них (№3 и №6) к аварийной сети вследствие конструктивно-производственных дефектов.
Спустя полгода, 2 июня, из-за конструктивно-производственных дефектов системы электроснабжения ДУИ-2М другого самолета Ту-22М и ошибочных действий экипажа самолет вошел в крен, выйти из которого не удалось. Члены экипажа катапультировались, но при приземлении на лес получили травмы различной степени тяжести.
Первыми Ту-22М3 освоили авиаторы 185-го тбап. Вслед за ними на основании директивы Министерства обороны СССР от 4 декабря 1984 года приступил к переучиванию на эти машины и постановщики помех Ту-16П 200-й гвардейский авиационный Брестский Краснознаменный тбап, базировавшийся в Белоруссии. Весной 1986-го экипажи полка освоили сверхзвуковые ракетоносцы и с июня приступили к пускам ракет Х-22Н, а спустя два года и Х-15. В 1994 году 200-й тбап был переведен на аэродром Белая, где находились 1225-й и 1229-й тбап. Спустя четыре года все Ту-22М3 этих полков сосредоточили в 200-м тбап.
Первый Ту-22М3 в Дальней авиации потеряли (или ВМФ), видимо, в августе 1992 г.
Самолет упал в 4-5 км на арбузное поле при заходе на посадку на аэродром Весёлое (Запорожская область, Украина) со стороны Джан коя.
В 1984 году на Ту-22М3 перевооружили две эскадрильи 444-го авиационного Берлинского орденов Кутузова III степени и Александра Невского тбап, дислоцировавшегося в Тарту (Эстония). Впоследствии, после нескольких реорганизаций полк полностью перешел на эти машины.
К концу 1980-х годов Ту-22М2 и Ту-22М3 состояли на вооружении двенадцати авиаполков, дислоцировавшихся на аэродромах Белоруссии, России. Украины и Эстонии.
Согласно статистике до 1980 года в Дальней авиации СССР не произошло ни одной аварии и катастрофы с Ту-22М. Ситуация изменилась в следующем десятилетии. До 1990 года Дальняя авиация потеряла одиннадцать Ту-22М, из них четыре – с катастрофическими последствиями (14 человек летного состава). В то же время, средняя статистическая выживаемость экипажей этого самолета, благодаря современным средствам спасения была самой высокой – 0,68. В одиннадцати случаях удачно катапультировались 19 человек, а могли воспользоваться аварийными средствами спасения 28 членов экипажа. Много это или мало? Для сравнения отмечу, что у ветерана Ту-16 средняя статистическая выживаемость экипажей не превышала 0,28. Самым сложным этапом полета для экипажей Ту-22М была и остается посадка. До 1990 года на этот этап пришлось 56% всех летных происшествий.
Судя по публикациям в открытой печати, на 1 января 1995 года в ВВС Российской Федерации числилось около 100 Ту-22М.
В ходе учебно-боевой подготовки всякое случается. Так, например, 24 апреля 2002 года четыре самолета Ту-22М3 вылетели с подмосковного аэродрома Шайковка для проведения учебных стрельб на полигоне № 500. который российские военные арендуют у Казахстана. В ходе учений ракета, выпущенная с одного из самолетов, отклонилась от своей траектории и, спустя несколько минут, командир экипажа принял решение о ее ликвидации. Благо останки ракеты упали на незаселенную территорию степи.
8 июля 2004 года в Новгородской области произошла последняя катастрофа стратегического бомбардировщика. Ту-22М3 разбился при заходе на посадку после выполнении планового задания. На расстоянии 14 км от взлетно-посадочной полосы фары погасли, самолет стало разворачивать, и он соприкоснулся с землей с креном около 90 градусов.
Ту-22М3 на аэродроме ВВС
После подписания договора о сокращении стратегических наступательных вооружений под пресс пошли прежде всего Ту-22М2
Связь с экипажем прервалась в 23 часа 40 минут по московскому времени, и спустя пять минут в воздух подняли средства поисково-спасательной службы. Место падения и тела четырех летчиков обнаружили менее чем через час в 10 км от аэродрома Сольцы, где базируется 840-й гвардейский тбап. Самолет упал в лесистой местности и загорелся. Обломки воздушного корабля разбросало на площади около одного квадратного километра.