Внутриостровная логистическая схема была разработана следующая: перебрасываемые с Сардинии части высаживались на юге, после чего двигались на север, к Бастии, так как тамошний порт был наиболее подходящим для вывоза людей и техники морским путем. Марш проходил по длинной восточной дороге вдоль побережья, и постоянно нужно было думать о прикрытии растянутого западного фланга.
Между тем, пока немцы штурмовали Бастию, на корсиканское поле вышел новый игрок: в ночь с 11 на 12 сентября в порту Аяччо начала высаживаться 1 -я боевая группа французской 4-й горной марокканской дивизии. Немцы на эту высадку никак повлиять не могли, поскольку не контролировали западную часть острова. Однако к их счастью она проходила крайне ограниченными силами, так как союзное командование сосредотачивало транспортные средства и силы для высадки в континентальной Италии - под Салерно. За 10 дней на Корсику доставили 6000 марокканских солдат, 400 тонн боеприпасов, джипы, артиллерию, зенитки, топливо, продовольствие и некоторое количество американских танков «Стюарт М3» и «Шерман». Этой группировкой командовал генерал Анри Мартин. До этого немецкие солдаты в Европе еще не были знакомы с марокканскими стрелками и их выдающимися боевыми качествами. Уже позже марокканцы заслужили у немцев зловещую репутацию искусных ночных бойцов, особенно в горах, способных тайно просачиваться через линию обороны, как индивидуально, так и небольшими группами, и тихо окружить одинокую или изолированную позицию, после чего стремительным ударом ее уничтожить. Обычно они вели войну без правил, в европейском понимании этих правил, и не брали пленных. Пока же немцы на Корсике мало представляли, с кем им придется иметь дело.
Французы активно бросаться в бой не спешили, и с 17 сентября Мартин вел с Мальи переговоры о взаимодействии. Соглашение между ними было достигнуто 21 сентября и свелось к решению о совместном наступлении франко-итальянских войск на Бастию, где от итальянцев должна была участвовать дивизия «Фриули». При этом пока шли переговоры, дивизия «Кремона» делала вид, что воевала с немцами на юге у портов Бонифачо и Порто-Веккьо.
С 16 сентября 1943 года началась активная эвакуация Корсики - в полдень в Ливорно пришел первый конвой, доставивший в Италию 80 автомобилей, 13 танков и 360 тонн различных грузов. Кроме этого 3000 человек было вывезено воздушным путем. Первые три дня эвакуация проходила быстро и организованно, четко по плану. Личный состав переправлялся по воздуху с двух аэродромов - Гизоначчи и Борго, а техника - морем из Бастии. 18 сентября эвакуация немецких войск из Сардинии на Корсику завершилась - было вывезено 25 800 человек, 4650 автомашин, 4765 тонн различных грузов, 62 танка, 144 противотанковых орудия, 59 девять полевых орудий различных типов, 119 88-мм зениток, 147 20-мм зениток и 30 счетверенных 20- мм зенитных установок. После этого освободившийся корабельный состав можно было задействовать для эвакуации с Корсики.
Командный пункт фон Зенгера находился в Гизоначчи, хотя теперь от него мало что зависело - все дело было в наличии необходимого количества кораблей и самолетов.
Кессельринг постоянно подчеркивал, что необходимо сделать все, чтобы вывезти не только солдат с их оружием, но и технику, транспорт и запасы различных материалов, накопленные на корсиканских складах. До 19 сентября включительно морем было вывезено 519 человек, 169 автомашин, шесть орудий, 17 танков и 722 тонны различного имущества. В первую очередь эвакуировались части 90-й панцер-гренадерской дивизии.
В этих условиях именно на эсэсовцев Карла Гезеле была возложена задача удержания плацдарма вокруг Бастии, и под их прикрытием моряки и снабженцы должны были приложить все усилия, чтобы вывезти на континент максимально возможное количество материальных средств и техники.
Немецкий самоходный паром «Зибель». Именно «зибели» составляли основу эвакуационного флота
Сосредоточившись на эвакуации через Бастию, немцы оставили свой плацдарм в Бонифачо: без какого-либо противодействия противника он был эвакуирован в ночь на 22 сентября, причем отсюда было вывезено все что можно. 22-23 сентября немецкие войска, строго в соответствии с планом, покинули Порто-Веккьо. Перед тем как оставить свой плацдарм на юге, немцы подорвали 60 мостов на восточной дороге, и уничтожили все портовые сооружения в Бонифачо и Порто-Веккьо.
В начале 20-х чисел сентября союзники резко активизировались на море и в воздухе. Англо-американская авиация начала налеты против гавани Бастии и аэродромов, пытаясь сорвать эвакуацию. Крупный налет произошел 21 сентября - порт атаковал 21 тяжелый бомбардировщик «Либерейтор», было потоплено два парохода и два небольших судна, предназначенные для эвакуации техники. В ту же ночь на гавань налетели 12 британских «Веллингтонов», уничтоживших два парома «Зибель». Из-за этого 21 сентября морем удалось вывезти лишь 86 человек, 55 автомашин, 19 орудий и 151 тонну различного имущества. Тяжелые потери немцы понесли и от истребителей: только 25 сентября над морем было сбито 11 транспортников Ju-52. Пассажиры сбитых над морем самолетов часто не имели никакой возможности спастись. В итоге эвакуация по воздуху стала осуществляться только по ночам, когда союзные истребители были гораздо менее активны.