1 сентября 1939 года германские войска перешли польскую границу. 3 сентября, объявив войну рейху, на стороне Польши вступили Франция и Великобритания. Так германо-польская война приобрела общеевропейский масштаб, а затем переросла во Вторую мировую. С началом войны в Европе флоты Финляндии, Латвии, Эстонии, Дании и Швеции предпочли оставаться на своих базах. Это не касалось советского флота. В сентябре 1939 года Краснознаменный Балтийский флот насчитывал 19 крупных боевых кораблей (2 линкора, 1 крейсер, 2 лидера, 14 эсминцев), 42 подводные лодки и около сотни сторожевиков, охотников, торпедных катеров и тральщиков. Все эти силы были зажаты в пределах «Маркизавой лужи» в восточной части Финского залива, имея ограниченные условия для базирования и развертывания. События развивались стремительно.
14 сентября пала Гдыня, и польский флот лишился своей главной базы. 19 сентября окончилась борьба за Оксыве. База Хель еще держалась, но ее использование было невозможно. Польские подводные лодки, с началом войны вышедшие на позиции, получили разрешение интернироваться в Швеции или идти в Англию. 17 сентября в шведском Ставансене были интернированы «Сеп» и «Рыс», а 25 сентября «Жбик». «Вилк», несмотря на повреждения, предпочел прорыв в Англию.
Среди польских подводных лодок достойна упоминания «Оржел» (командир командор-поручник Х. Клочковский). 5 сентября подводная лодка была атакована германскими кораблями и авиацией и получила повреждения. В дополнение ко всем бедам явилась болезнь командира. Его состояние здоровья ухудшалось, и в командование кораблем вступил командор-подпоручник Й. Грудзинский. После выхода из строя компрессора решено было зайти в один из нейтральных портов, и 14 сентября «Оржел» прибыл в Таллин. Эстонские власти сначала разрешили подводной лодке оставаться в порту, лишь в соответствии с международными нормами задержали корабль на сутки, так как Таллин покидало немецкое торговое судно «Талатта» (Talatta), но под давлением Германии объявили об интернировании субмарины. 16 сентября началось разоружение: выгружен артбоезапас и 10 торпед, сняты орудийные замки, изъяты морские карты. Эстонцы не успели снять с лодки шесть торпед и выкачать топливо. Поляки не смирились с положением, в котором оказались, и в ночь с 17 на 18 сентября, выведя из строя портовое электрооборудование и разоружив команду портовой охраны, не без противодействия эстонских кораблей, которые открыли огонь по уходящей подводной лодке, покинули порт. Карты были конфискованы, и штурман субмарины капитан М. Мокрский рисовал их по памяти, используя при этом только Список маяков. 15 октября субмарина прибыла в Розайт. Только решительные действия команды подлодки предотвратили ее интернирование. Если бы разоружение все-таки произошло, после вхождения Эстонии в состав СССР корабль, несомненно, пополнил бы состав советского флота.
В связи с началом войны в Европе в начале сентября 1939 года на КБФ провели меры мобилизационного характера. Уже 8 сентября приказом наркома ВМФ сроком на 1 месяц были задержаны 2193 младших командира и краснофлотца, подлежащих увольнению осенью 1939 года. На учебные сборы на КБФ в сентябре 1939 года было призвано в общей сложности более 20 тыс. человек. Утром 17 сентября под предлогом «защиты жизни и имущества единокровного беззащитного населения» Западной Украины и Западной Белоруссии Красная Армия перешла советско-польскую границу. Вскоре государство Польша в очередной раз прекратило свое существование. Советская сторона использовала факт бегства польской подводной лодки из Таллина для наращивания военного присутствия в Финском заливе, а также оказания политического давления на Эстонию. С 19 по 21 сентября корабли КБФ провели противолодочный поиск по всему Финскому заливу, заходя при этом в чужие территориальные воды. 24 сентября лидер «Ленинград» в бухте Еру-Лахт (Моонвик) вел огонь по эстонскому побережью (произведено три двухорудийных залпа), доложив, что им обстреляна «секретная база польских подводных лодок». В Наркомате ВМФ допускали, что скрывшийся в неизвестном направлении «Оржел» направляется в восточную часть Финского залива для борьбы с советским судоходством. Незамедлительно вблизи баз были установлены минные заграждения, организована брандвахтенная и военно-лоцманская службы. Вечером 27 сентября в Нарвском заливе «неизвестной подводной лодкой» был потоплен советский пароход «Металлист» (водоизмещением 2952 брт. в точке 59°34′ с.ш./27°21′ в.д.), а на следующий день атакован теплоход «Пионер», который вынужден был выброситься на камни в районе банки Вигрунд. Эти события явились одной из причин подписания в октябре 1939 года договоров о взаимопомощи между СССР и Прибалтийскими республиками, что, в конечном счете, привело к вводу советских войск в эти государства, потере независимости и вхождению их в состав СССР. Только в ходе Великой Отечественной войны после допроса пленных немцы сумели выяснить, что атаки судов являлись тщательно спланированной провокацией советской стороны.
