Его жизнь мало известна широкому кругу читателей. К сожалению, он надолго оказался вычеркнутым из российской истории. Хотя нельзя сказать, что о Брюсе ничего не было известно совсем.
В первых изданиях о Петре Великом, вышедших в России в 1770–1780-е годы, Брюс постоянно присутствует в качестве одного из сподвижников царя-преобразователя. Это касается и книги историка М. М. Щербатова «Журнал или поденная записка, Блаженныя и вечнодостойныя памяти государя императора Петра Великаго с 1698 года, даже до заключения Нейштатскаго мира», и «Разсказов Нартова о Петре Великом».
В рассказах Нартова есть интересная история, особо характеризующая Якова Брюса как ученого-скептика: «Генералъ-Фельдцейгмейстеръ графъ Брюсъ мужъ былъ ученый, упражнялся въ высокихъ наукахъ и чрезъестественному не верилъ. Его величество, любопытствуя о разныхъ въ природе вещахъ, часто говаривалъ съ нимъ о физическихъ и метафизическихъ явленияхъ. Между прочимъ былъ разговоръ о святыхъ мощахъ, которыя онъ отвергалъ. Государь, желая доказать ему нетление чрезъ Божескую благодать, взялъ съ собою Брюса въ Москву и въ проездъ чрезъ Новгородъ зашелъ съ нимъ въ соборную Софийскую церковь, въ которой находятся разныя мощи, и показывая оныя Брюсу, спрашивалъ о причине нетления ихъ. Но какъ Брюсъ относилъ сіе къ климату, къ свойству земли, въ которой прежде погребены были, къ бальзамированию телесъ и къ воздержной жизни и сухоядению или пощению, то Петръ Великий, приступи наконецъ къ мощамъ святаго Никиты, архіепископа Новгородскаго, открылъ ихъ, поднялъ ихъ изъ раки, посадилъ, развелъ руки и, паки сложивъ ихъ, положилъ потомъ спросилъ: „Что скажешь теперь, Яковъ Даниловичъ? Отъ чего сіе происходить, что сгибы костей такъ движутся, яко бы у живого, и не разрушаются, и что видь лица его, аки бы недавно скончавшагося?“ Графъ Брюсъ, увидя чудо сіе, весьма дивился и въ изумлении отвечалъ: „Не знаю сего, а ведаю то, что Богъ всемогущъ и премудръ“. На сіе государь сказалъ ему: „Сему-то верю и я и вижу, что свесткия науки далеко еще отстаютъ отъ таинственнаго познания величества Творца, котораго молю, да вразумить меня по духу. Телесное, Яковъ Давиловичъ, такъ привязано къ плотскому, что трудно изъ сего выдраться“».
Из цитаты просматривается Брюс — ученый, скептик, недоверчиво относящийся к чудесам.
А вот в известном четырехтомном издании Я. Штелина «Анекдоты о Петре Великом», вышедшем в те же 1780-е годы, о Брюсе не упоминается вовсе.
В начале XIX века в России начинают издаваться труды историков и исследователей в разных научных дисциплинах.
В 1821 году выходит первая часть исследования Д. Н. Бантыш-Каменского «Деяния знаменитых полководцев и министров, служивших в царствование Государя Императора Петра Великого». Здесь впервые была представлена статья о Брюсе, правда, не столько о полководце, сколько о государственном деятеле, принимавшем активное участие в петровских преобразованиях.
В 1820-е годы Я. В. Брюс попадает в число литературных героев. В своих произведениях великий русский поэт А. С. Пушкин характеризует его по-разному: в «Полтаве» (1828) Брюс — один из активных участников Полтавской битвы, а в повести «Арап Петра Великого» (1827) Яков Вилимович представлен как ученый и как человек, «которого в народе называли русским Фаустом».
В 1840 году выходит в свет новая работа Д. Н. Бантыш-Каменского «Биографии российских генералиссимусов и генерал-фельдмаршалов», где вновь в первом томе представлена статья о генерал-фельдмаршале Я. В. Брюсе.
В 1840 году И. И. Лажечников пишет роман «Колдун на Сухаревой башне», где Яков Вилимович предстает как человек, который звезды на небе переставлять умеет, вершит судьбами людей на земле и постоянно использует тайные знания.
В 1849 году в Санкт-Петербургской типографии Карла Крайя издаются сочинения драматурга Н. И. Хмельницкого (1788–1845), где во втором томе публикуется не издававшаяся при жизни автора пьеса-комедия «Русский Фауст, или Брюсов кабинет». В пьесе через народные предания, фольклор и забавные ситуации, в которых участвуют главные герои, высмеиваются суеверные представления о загадочности личности графа Брюса и нелепости всех мистических рассказов о нем.
В 1854 году, побывав в усадьбе Я. В. Брюса в Глинках, известный историк И. Е. Забелин публикует статью «О судьбах Брюсовского дома», где высказывает обеспокоенность тем; что незаслуженно забыто имя одного из ближайших сподвижников Петра Великого и в запустении находится его усадьба. А еще через пять лет выходит большой труд Забелина «Летописи русской литературы и древности». В первом томе он представляет статью «Библиотека и кабинет графа Я. В. Брюса». Статья сопровождается небольшим представлением Якова Вилимовича в качестве сподвижника Петра I с обязательным добавлением народных легенд и преданий, которые «до сих пор еще ходят… и в самой Москве, а особенно в околотке его подмосковном». В статье приведена часть реестра с перечнем библиотеки из кабинета Я. В. Брюса. Полный список научного кабинета Я. В. Брюса появился только в 1889 году в пятом томе «Материалов для истории Императорской Академии наук».