1908 — Защита диссертации «К вопросу о патогенезе сифилиса» на степень доктора медицины. Экспедиция на холерную эпидемию в Поволжье.
1909 — Опубликовано руководство «Общая бактериология». Борьба с холерной эпидемией в Петербурге.
1910 — Руководит вместе с В.К. Высоковичем ликвидацией чумной эпидемии в Одессе, В декабре посещает Харбин, где также началась эпидемия.
1911 — Научная экспедиция на эпидемию легочной чумы в Маньчжурии. Возле станции Борзя пойман чумной тарбаган и впервые выделена от него чистая культура чумной бактерии. Участие в Международной конференции по борьбе с чумой в Мукдене в качестве делегата от России.
1912 — Поездка в Астраханскую губернию и в Туркмению для организации борьбы с чумой.
1913 — Руководство исследовательскими отрядами Института экспериментальной медицины для изучения эндемичных очагов чумы на юго-востоке России. Организация первых в истории противочумных лабораторий.
1914-1917 — С начала первой мировой войны занят организацией борьбы с эпидемиями на Галицийском, Западном, Северном, Кавказском фронтах и в тылу.
1918 — Руководит борьбой с эпидемией холеры в Петрограде. Поездка на эпидемии в Поволжье и на Украину.
1919 — Отрезанный войной от Петрограда в родном селе Чеботарке, переезжает в Одессу, где становится первым ректором медицинского института. Борьба с сыпным тифом.
1921 — Избран членом ВУЦИК. Организует в Одессе Дом санитарного просвещения.
1922 — Избран действительным членом Академии наук Украины.
1923 — Избран членом-корреспондентом Российской академии наук.
1924 — Назначен начальником кафедры микробиологии Военно-медицинской академии в Ленинграде.
1926 — Избран действительным членом Академии наук Советского Союза.
1928 — Избран президентом Академии наук Украины и переезжает в Киев. Организует при академии Институт микробиологии и становится его первым директором.
1929, 15 декабря — Даниил Кириллович Заболотный скончался. Похоронен с воинскими почестями в родном селе Чеботарке (ныне село Заболотное Винницкой области).
Полный список научных трудов Д.К. Заболотного на русском, украинском и других языках насчитывает свыше двухсот названий. С основными из них, самыми главными, можно познакомиться по двухтомному изданию:
Д.К. ЗАБОЛОТНЫИ, Избранные труды. Киев, 1956–1957.
Из литературы о Заболотном особенно обстоятельны по материалу и интересны следующие книги:
Я.К. ГИММЕЛЬФАРБ и К.М. ГРОДСКИИ, Д.К. Заболотный — в серии «Выдающиеся деятели отечественной медицины». Москва, 1958.
К этой монографии приложены очень интересные воспоминания о Заболотном его товарищей и учеников.
Д.I. РУММ ЕЛЬ, Академiк Заболотний. Киiв, 1950. (На украинском языке.)
Г.М. ВАЙНДРАХ, Подвиги русских врачей. Москва, 1959.
А. ШАРОВ, Жизнь побеждает. Москва, 1951.
Л.А. ЛIБЕРМАН и М.В. СТАДНИЧЕНКО, Життевий шлях Данила Кириловича Заболотного. (Бiографiчний нарис.) «Мiкробiологiчний журнал» № 7 за 1940 год (на украинском языке).
