Вскоре в Козельске были закрыты все церкви, кроме одной. О закрытии церквей о. Никон из заключения написал братии такие слова: «В постигшей вас скорби да утешит вас Господь. Он зрит на сердце и слышит молитву, где бы она ни совершалась...»
В 1929 году новая волна арестов прокатилась по всей стране. В августе, как раз на второй или третий день после праздника Преображения Господня, были арестованы и заключены в Козельскую тюрьму все остававшиеся в Козельске оптинские иеромонахи, во главе с преп. Исаакием. Не тронули только одного престарелого и больного о. Иосифа Полевого († 1932-1933). Одновременно были арестованы почти все священники козельских церквей, многие монахини, а также и мирские люди, близкие к Церкви. Из Козельска арестованные были отправлены в Сухиническую тюрьму, а оттуда в Смоленск.
В январе 1930 года, после окончания «следствия», всех заключенных сослали в разные, весьма отдаленные места страны. Преп. Исаакий, братский духовник о. Досифей, бывший казначей о. Пантелеимон и многие другие, были сосланы в Сибирь. Там они и окончили свой земной путь. Известно, что преп. Исаакий отошел в мире ко Господу в 1936 году.
КОНЕЦ И БОГУ СЛАВА!