Погода продолжала оставаться неблагоприятной, и в конце концов Дрейк решил трогаться и «мириться с ветром, какой бог пошлет». С 22 января по 28-е эскадра тащилась медленно, со своим больным вождем, которого страшная тропическая лихорадка все крепче захватывала в свои цепкие лапы, 28 января 1597 года, когда корабли подходили к Портобелло (рядом с Номбре де Диос), утром в семь часов адмирала Дрейка не стало. Старший по чину, принявший команду, сэр Томас Баскервилль отвез тело почившего на несколько миль от берега и, по обычаю моряков, опустил в море, которому принадлежал он и при жизни своей. Там, где началась слава Дрейка, там закатилась и его жизнь. Вест-Индская земля, столько раз им грабимая, разоряемая и сжигаемая, отомстила ему и отравила своими вредными испарениями.
Весть о смерти Дрейка была встречена с грустью в Англии, с восторгом в Испании, которая считала его своим злейшим врагом и ошибочно склонна была приписывать ему все успехи англичан. Имя грозного мореплавателя по созвучию сплелось там с именем дракона. Долго помнили его и на берегах Карибского моря, а мексиканские няньки, говорят, и теперь пугают им расшалившихся детей: «Вот Дрейк идет. Ahi, viene Drake!».
Грустно думать, что такие недюжинные, редкие силы ума, воли и той особенной веры в себя, которая подчиняет человеку других людей, ушли, по крайней мере в своей значительной части, на пиратские набеги и приключения, говоря попросту — на грабежи, и что самая сильная и благородная страсть его жизни — море — постоянно соприкасалась с другой страстью — золотом. Живи он века на полтора-два позже, из него, вероятно, вышел бы гениальный исследователь неизвестных морей и стран. Впрочем, история никого не спрашивает, что ей делать. И кто знает, родись Дрейк в восемнадцатом или девятнадцатом веке, он, может быть, был бы лишен своей самой характерной черты, столь присущей людям Возрождения, — полной свободы духа и способности идти вперед, не оглядываясь назад.