Неандерталец. В поисках исчезнувших геномов - [17]

В Цюрихе я принялся за работу. Мне предстояло выделить ДНК из немногих оставшихся образцов мумий и из музейных экземпляров сумчатого волка. При всем моем энтузиазме проводить ПЦР по методикам Кэри было отнюдь не развлечением. Сначала требовалось нагреть ДНК до 98° C на водяной бане, чтобы разделить цепочки спирали, потом охладить до 55° C, чтобы присоединились праймеры, потом добавить термочувствительные ферменты и всё вместе выдерживать при 37° C, тоже на водяной бане, тогда образовывались новые цепочки. Каждый эксперимент, и так-то трудоемкий, требовал тридцати повторений. Я проводил час за часом, сидя перед водяными банями, растрачивая понапрасну дорогостоящие ферменты, пытаясь размножить фрагменты ДНК. Иногда мне удавалось извлечь невнятный продукт современной ДНК, но с древними ДНК из мумий и тилацина ничего не получалось. Мне удалось добиться некоторого успеха, работая на электронном микроскопе: я показал, что сохранившиеся молекулы ДНК тилацина и мумии представляют собой сравнительно короткие отрезки. Некоторые молекулы ДНК даже соединились друг с другом вследствие химических реакций, а это, понятно, создало бы трудности, начни я проводить с ними ПЦР или размножать их в бактериях. На самом деле этот последний факт меня не удивил: я уже встречался с чем-то подобным в 1985 году, когда работал в Хартфордшире, в лаборатории Томаса Линдаля[7]. Томас родом из Швеции, он мировой эксперт по химическим повреждениям ДНК и репарационным системам, призванным эти повреждения ремонтировать. Работая под его руководством, мне удалось установить, каким формам повреждений подверглась древняя ДНК. И те мои исследования, и новые, цюрихские, вместе представляли добротную описательную науку, но ни на йоту не приближали меня к вожделенной цели: получить цепочку ДНК из давно исчезнувших организмов. Месяцы были потрачены на пробирки — ну и на альпийские горные склоны, — но результат так и не появился. Поэтому весной 1987 года я с превеликим облегчением переехал в Беркли, в лабораторию биохимии, куда к тому времени вернулся Алан Уилсон.

В Беркли я очень скоро осознал, что оказался в нужном месте в нужное время. Кэри Муллис именно здесь оканчивал университет, а после поступил на работу к югу по побережью, в корпорацию “Цетус” (Cetus Corporation), где и изобрел ПЦР. Там же работали еще несколько выпускников Алана. Получалось, что, пока я в одиночку сражался с методиками ПЦР в Цюрихе, здесь на результат работала целая армия и сильно эти методики улучшила. В “Цетусе” клонировали и выделили вариант ДНК-полимеразы (фермента для размножения нуклеотидных цепочек ДНК при ПЦР) из термофильных бактерий. Так как этот бактериальный фермент выдерживал высокие температуры, отпадала надобность открывать пробирки и добавлять фермент при каждом следующем цикле ПЦР. Это означало, что весь процесс можно автоматизировать. Один аспирант даже придумал устройство, в котором три большие водяные бани с помощью компьютера поочередно подавали воду в другую, небольшую водяную баню. Это позволило проводить ПЦР в автоматическом режиме. Теперь я мог запустить реакцию и отправиться вечером домой. Правда, рано мы обрадовались послаблению: в какой-то момент устройство не сработало, и нужный клапан не закрылся, в лаборатории случилось великое наводнение, и нам пришлось возобновить вечерние бдения. Наше ненадежное нововведение вскорости заменила первая ПЦР-машина, или термоамплификатор, изобретенный в стенах “Цетуса”. Состоял термоамплификатор из металлического ящика с отверстиями для трубок; он нагревал и охлаждал наши образцы до любой требуемой температуры столько раз, сколько было нужно, и все это контролировалось компьютером. Помню, с каким благоговейным трепетом мы смотрели, как вкатили термоамплификатор в лабораторию. Я прямо накинулся на него, зарезервировал столько циклов амплификации, сколько позволяли приличия.

Вымершая зебра квагга, два отрезка мтДНК которой клонировал Рассел Хигучи, стала, так сказать, первым подопытным кроликом. Сам Рассел из лаборатории Алана ушел работать в “Цетус”, но его квагга осталась. Я выделил ДНК из частичек кожи квагги и, благо праймеры от клонирования еще остались, запустил ПЦР в новой машине. И сработало! Я получил отличные фрагменты ДНК и выстроил их в последовательность, которая оказалась чрезвычайно похожей на ту, что получил Рассел, работая с клонами в бактериях. С новой машиной я мог повторять процесс и проверять результат снова и снова. Клонирование в бактериях в этом смысле было малоэффективным и почти не давало возможности проверки, так как не удавалось предсказать, какой отрезок ДНК окажется воспроизведен. Полученная из квагги последовательность, хотя и очень похожая на Расселову, все же по двум позициям отличалась. Это, скорее всего, произошло из-за молекулярных повреждений, которые, в свою очередь, умножились в ходе бактериальной репликации. В новых условиях я мог проверить конкретную последовательность много раз, чтобы получить единообразный, предсказуемый результат. Вот она, суть научного эксперимента: предсказуемость и воспроизводимость результата.