Сейчас же после «Кровавого воскресенья» Витте принялся доказывать, что если бы царь прислушался к его мнению, а Комитет министров под его председательством был наделен реальной властью, дело обошлось бы — чуть ли не ко всеобщему удовольствию. Появилось пространное заявление «бывшего министра», в котором нельзя было не узнать Витте. Упомянув, что ни Совета, ни Комитета министров накануне 9 января не собирали, он обвинял царя (избегая прямо его называть) в том, что рабочих «принялись дико, нелепо расстреливать», что если уж сам царь не хотел к ним выйти, он мог послать кого-нибудь вместо себя. «Только авантюрист или дурак» может решиться теперь стать министром внутренних дел, заявлял «бывший министр». Ему было, конечно, совершенно точно известно, что «не соглашается принять этот пост и Витте, если только ему вместе с титулом канцлера не предоставят полной свободы применять свою программу».
17 января 1905 г. Николай И, обращавшийся за советом не только к Витте, но и к другим министрам, приказал ему составить из них совещание по «мерам, необходимым для успокоения страны», и о возможных реформах сверх предусмотренных указом от 12 декабря 1904 года. На трех заседаниях Совета министров, проведенных царем в феврале, Витте пугал его то революционной угрозой, то опасностями, связанными с созывом представительства. В итоге, однако, ему вместе с другими министрами, пришлось настаивать па созыве представительства. Он, впрочем, высказал мысль о возможности назначить представителей вместо их избрания. Одновременно с рескриптом
18 февраля царь поручил председательствование в Совете министров в свое отсутствие Сольскому, а не Витте, хотя тот в совещании министров, рассматривая возможность создания «объединенного» правительства, специально оговорил желательность того, чтобы в отсутствие царя председательствование поручалось одному из постоянных членов Совета.
В итоге 21 марта Совет министров, собравшись под председательством Сольского, не без строгости осудил указ от 18 февраля 1905 г., которым были разрешены петиции. Царя как бы обвинили в либерализме. Активное участие Витте в том заседании не осталось без последствий. 30 марта царь закрыл возглавлявшееся Витте с 1902 г сельскохозяйственное совещание, а 16 апреля — совещание министров под его же председательством, созданное 17 января 1905 г., которое по поводу «объединенного» правительства успело собраться всего два раза. Можно предположить, что одна из причин новой царской немилости заключалась еще и в том, что Витте опубликовал, как результат работы сельскохозяйственного совещания, свою антиобщинную платформу. Рост эффективности сельскохозяйственного производства, при низких ценах на его продукцию, был важной составной частью виттевской программы индустриализации. Он видел в этом средство и для высвобождения в деревне рабочих рук, которые использовались бы в промышленности, и для удешевления оплаты труда промышленного пролетариата. Тут-то главным тормозом и оказывалась община, приверженцем которой он был в молодости.
В общине Витте видел не только препятствие к развитию сельскохозяйственного производства, но и одну из форм революционной угрозы, поскольку она воспитывала пренебрежение к праву собственности. Он утверждал в мемуарах, что видел суть крестьянского вопроса именно в замене общинной собственности на землю — индивидуальной, а не в недостатке земли, а стало быть, и не в том, чтобы провести принудительное отчуждение помещичьих владений. Однако все это, по крайней мере по отношению ко времени пребывания Витте в Министерстве финансов, было до некоторой степени запоздалым остроумием. Кроме отмены в 1903 г. круговой поруки за внесение прямых налогов, Витте — он сам это признавал — мало что сделал на министерском посту против общины.
В начале XX века положение Витте стало весьма шатким. Против него объединились влиятельные придворные и правительственные силы, недовольные и самим сановником, и многими аспектами его политической деятельности. Помимо возмущения курсом на ускоренную индустриальную модернизацию страны, ущемлявшую интересы крупных землевладельцев, министр финансов стал объектом критики и в связи с его неприятием внешнеполитического курса на Дальнем Востоке, того курса, который в конце концов завершился русско-японской войной. Как монархисту, Витте была понятна и близка имперская экспансия России, но он всегда ратовал за экономическую экспансию, в то же время постоянно выступая против «демонстрации мускулов» перед лицом своих соседей. Министр финансов был уверен, что любой военный конфликт неизбежно приведет к нежелательным финансовым потерям и социальным потрясениям. Для программы же хозяйственного развития, тесно завязанной на иностранные займы и внешние денежные рынки, война могла стать просто убийственной. Но его доводы и призывы к осторожности мало кого убеждали.

Репин. «Торжественное заседание Государственного совета». Витте — № 66
В 1902–1903 годах антивиттевские настроения объединили весьма влиятельных фигур. Его врагами были муж сестры царя, великий князь Александр Михайлович, министр внутренних цел В.К. Плеве, контр-адмирал, управляющий Особым комитетом Дальнего Востока А.М. Абаза, наместник на Дальнем Востоке адмирал Е.И. Алексеев, председатель Комитета министров И.Н. Дурново. В обществе хорошо знали и о нелюбви к министру финансов императрицы Александры Федоровны, возмущенной и оскорбленной поведением Витте во время тяжелой болезни Николая II осенью 1900 года. Тогда сановник посмел обсуждать публично последствия смерти императора и воцарения младшего брата царя Михаила Александровича.