Как уже упоминалось выше, пик боевой активности Эскадры приходился на август. Немцы в свою очередь попытались организовать противодействие. Но. несмотря на то, что их истребители к тому времени уже имели более совершенное оружие – синхронные пулеметы, противнику за все время боевых действий удалось сбить только один "Илья Муромец". Цена дерзких атак на больших русских "Ежей" была гораздо большей – свыше десятка сбитых неприятельских аэропланов. 12 сентября 1916 г. экипажи 3-го боевого отряда получили задание разгромить штаб 89-й германской пехотной дивизии, а также артсклады и аэродром в районе местечка Боруны. Рано утром старт приняли 3 корабля ("Киевский", XI 1-й и XVI-й) и 13 малых аппаратов. Назначенный на выполнение задания XVII-й корабль не принял старта вследствие троекратно возникавшего пожара моторов. Вернулся на аэродром, не перелетев позиций противника, и не имевший опытного помощника командир корабля ХМ-го штабс-капитан Е.М.Городецкий. Группа же прорвалась в районе Крево сквозь заградительный огонь с земли и, оттеснив неприятельскую авиацию, проникла в район Бору- ны-Антоново. Было сброшено 78 бомб весом до 100 пудов.
Удачные попадания были замечены (и сфотографированы) в склады в северо-восточной части станции Боруны. Кроме того, бомбили д. Антоново – месторасположение штаба 89-й дивизии, где был обнаружен автомобильный обоз и легковые машины. Все 15 пудовых бомб с "Киевского" попали в расположение штаба и артиллерийские склады в Борунах, вызвав там громадный пожар.
Сборка вновь прибывшего корабля (В-36 № 182, пятый "Киевский") в Койданово. Июль 1916 г.
3-й боевой отряд на фоне корабля XVI (Г-42 №188) поручика Д.Д.Макшеева. 7-й слева, сидит – начальник 3-го боевого отряда штабс-капитан И.С.Башко; 4-й слева, сидит – Д.Д.Макшеев. Сентябрь 1916 г. Станьково
"Илья Муромец" Д-1 №223. Псков, август 1916 г.
В небе завязался воздушный бой. В нем приняли участие опоздавший корабль XVI-й и 9 малых аппаратов. Позже опросом русских летчиков, участвовавших в схватке, было установлено вынужденное снижение не менее 3-4 аэропланов противника в его расположении. Корабль XVI-й поручика Д.Д.Макшеева во время бомбометания в Борунах вместе с сопровождавшим его "Моран-Парасо- лем" из 11-го корпусного отряда подверглись нападению двух "Альбатросов" и двух "Фоккеров". По свидетельствам обеих сторон, "Илья Муромец" после ожесточенного боя загорелся и рассыпался в воздухе. Его обломки упали в районе Чухны на юго-западе от местечка Крево. Был сбит также и "Моран-Пара- соль" №770 рядового К.Янсона. Сейчас трудно сказать, сколько германских аэропланов сбил экипаж поручика Мак- шеева, называлась максимальная цифра – 3 аппарата. Экипаж, по-видимому, был убит в воздухе, после того, как кончились патроны (на борту XVI-ro было 3 "Мадсена" с 500 патронами). Погибли поручики Д.Д.Макшеев, М.А.Рахмин, Ф.А.Гаибов и корнет О.С.Карпов. В нашем расположении в тот же день немецкими аэропланами была сброшена записка: "Сегодня в 7 часов утра в упорном бою был сбит немецкими аэропланами с большой высоты Боруны "Илья Муромец", летчики убиты. Храбрые воины завтра будут похоронены с воинскими почестями…" Все члены экипажа корабля XVI-ro были посмертно награждены орденом св.Георгия 4-й степени.
Штабс-капитан И.С.Башко за разгром складов и германского штаба получил орден св.Анны 4-й степени с надписью "за храбрость" и был произведен в капитаны.
Всего в сентябре 1916 г. "Муромцы" выполнили 24 боевых полета. Очень часто "большие Сикорские" подвергались обстрелу наших противоаэропланных батарей. Летчики же Эскадры в свою очередь, к счастью, сплоховали лишь однажды. 7 сентября ИМ ll-й, пилотируемый А.В.Панкратьевым, по ошибке сбросил 3 бомбы на наши батареи к западу от Котув, ранив при этом 3 нижних чина. Командующий 7-й армией послал ему телеграмму с советом: "Бросайте бомбы подальше в тылу противника во избежание ошибок".
В конце сентября было решено пере вести основную базу Эскадры из Пскова в Винницу. Потери кораблей от капризов погоды за весь год были достаточно высоки. Много вновь прибывших "Муромцев" портились, ломались, и их приходилось либо списывать, либо переводить в разряд учебных кораблей. Вот что писал начальник ЭВК Шидловский о сложившейся тогда ситуации: "… на базах Эскадры Западном и Северном фронтах упорно держится минимум с сильными дождевыми шквалами. Несмотря на все принимаемые меры, в Койданове шквалом сильно поврежден и вышел из строя корабль XVI 1-й. Аэродромы, дороги превратились в болото. Переоборудование кораблей в Пскове сильно затрудняется и может задержать переход главной базы в Винницу." К ноябрю этот переход в Винницу состоялся. Из Пскова и Зеге- вольда туда отправили 13 кораблей. На Юго-Западном фронте в Ягельнице в 1-м отряде осталось 4 корабля и на Западном в Станьково было 3 "Муромца" 3-го отряда.
В октябре на боевые задания летал только "Киевский", совершивший 2 полета. В ноябре и декабре корабли Эскадры не поднимались в воздух, за исключением боевого полета XI 11-го корабля 22 ноября.
За весь год Русско-Балтийский завод послал на фронт 39 "Илья Муромцев". Из них: 3 – типа В, 32 – Г, 2 – Д и 2 – Е. Воевало, не считая кораблей, полученных в 1915 г., лишь 12 "Муромцев". Всего за весь 1916 г. корабли ЭВК совершили 156 боевых вылетов (в 112 задание выполнено), сбросив на противника до 1180 пудов бомб. Этот год был пиком деятельности первого в мире тактического соединения тяжелых бомбардировщиков.