Создание в начале V века армянского алфавита внесло немалый вклад в укрепление национального характера церкви.
В начале VI века армянская церковь выделилась в самостоятельную. Сохранившееся до наших дней вероучение основывалось на Никейском соборе, церковь полностью приняла решения первых трех соборов – в Никее, Константинополе и Эфесе. Ее доктрина была близка принятой в церкви Александрии, которая соглашалась с христологической формулой об «одной природе Христа, объединенной в воплощенном мире». Документы V века показывают растущую оппозицию любому верованию или определению, имеющему тенденцию разделить божественную и человеческую природы Христа. Несторианцы, придерживавшиеся этой веры, образовавшие довольно значительную группу у южных границ Армении и защищенные персидскими правителями, во второй половине V века пытались ввести несторианство в Армении. Сильное противодействие армян несторианству определило их отношение к Халкидонскому собору, поскольку они считали, что формула, принятая этим собором, слишком категорично отмечая различия между двумя природами, стремится разделить их, то есть ничем не отличается от несторианской ереси. И порицание несторианства, и осуждение Халкидонского собора прозвучали на соборе, собравшемся в Двине в 506 году. Список преданных анафеме еретиков включал Евтихия, тем самым показав, что собор занял вполне определенную позицию против доктрины монофизитов.
И ортодоксальная, и Римско-католическая церковь ошибочно считали армян монофизита-ми. Армянская церковь всегда энергично отвергала смешивание и спутывание двух природ Христа, признавая его и божеством, и человеком. Приняв определение Кирилла о том, что Иисус Христос остался тем же самым, каким был до воплощения в человека (он присоединил к Себе человеческую природу, не изменяя Своей Божественной), церковь пришла к выводу, что говорить о двух природах после этого объединения, как это делают халкидонцы, – значит скатываться к несторианской ереси.
Позиция, занятая армянской церковью, так же как и осуждение ею актов Халкидонского собора, которая, отделив ее от других церквей, в значительной степени способствовала сохранению ее индивидуальности, в то же время являлась источником множества трудностей во взаимоотношениях с Византией. Ведь на протяжении всего периода их взаимоотношений византийцы использовали все возможные средства – иногда убеждение путем дискуссий, но чаще запугивания, гонения и массовые депортации, – чтобы привести армян в границы ортодоксальной церкви. Также в период существования Киликийского царства вопрос религии значил очень много в отношениях с Западом, и прежде всего с папством.
Если от проблем, связанных с доктринами и отношениями с другими христианскими сообществами, мы обратимся к положению армянской церкви среди армян, то увидим, что она была главным оплотом национального единства, единственной организацией, которая сохраняла активность даже тогда, когда страну завоевывали и разрушали, когда прекращалась политическая жизнь. Сохраняя язык и традиции народа, церковь способствовала выживанию армян как нации.