Новая доля, полученная Россией, была значительной: Российской империи переходило восемьдесят девять тысяч квадратных милей на востоке Польши, включая оставшуюся часть Белоруссии с Минском; а также еще один значительный кусок Литвы, включая Вильнюс, и оставшуюся часть польской Украины. Население Российской империи выросло на три миллиона человек. Пруссия взяла себе двадцать три квадратные мили, наконец присоединив давно желанный регион в Данциге и Торне, а также часть Западной Польши, ее население выросло на один миллион человек. Австрия в этот раз ничего не получила, однако Франциску II было обещано, что Пруссия останется активным союзником Австрии в войне против Франции. Территория Польши сократилась на две трети от своих прежних размеров, а численность населения уменьшилась на четыре миллиона. Когда договор был подписан, Екатерина сказала себе, что она не только дала отпор революционной заразе, принесенной из Франции, но и вернула земли, которые принадлежали великому Киевскому княжеству в шестнадцатом веке, «земли, все еще населенные людьми русской веры и национальности».
К весне 1794 года, когда Робеспьер еще стоял во главе Франции, многие поляки решили, что с дальнейшим расчленением страны и унижением конституционных прав нельзя более мириться. В марте, когда было предпринято разоружение польской армии, нация поднялась. Тадеуш Костюшко, польский офицер, учившийся в Париже и сражавшийся вместе с Вашингтоном и Лафайетом во время американской войны за независимость, неожиданно появился в Кракове и возглавил польское восстание. 24 марта с четырьмя тысячами солдат и двумя тысячами крестьян, вооруженных косами, он разбил русское войско из семи тысяч солдат под Краковом. Восстание разрасталось так быстро, что когда оно достигло Варшавы, русский гарнизон из семи тысяч человек был захвачен врасплох. Три тысячи русских солдат были убиты или взяты в плен; тела убитых раздевали и протаскивали по городу. Фридрих Вильгельм Прусский был объявлен предателем, а портрет Екатерины, взятый из русского посольства, был разорван на куски.
Когда отчет об этих событиях достиг Санкт-Петербурга, Екатерина заявила Пруссии и Австрии, что настало время «погасить последнюю искру якобинского пожара в Польше». Фридрих Вильгельм, задетый оскорблениями, брошенными в его адрес поляками, попросил о чести лично подавить польское сопротивление. Екатерина предложила ему взять на себя ответственность за подавление мятежа на западе от реки Висла, а затем попросила короля Франциска II продвинуться на юге. Оба императора отозвались на ее просьбу, ожидая, что их усилия будут не напрасны, и все стороны рассчитывали на дальнейший раздел Польши. Фридрих Вильгельм перегруппировал армию, часть которой направил против Франции, а двадцать пять тысяч солдат послал в Польшу. К середине июля двадцать пять тысяч прусских и четырнадцать тысяч русских солдат приблизились к Варшаве с двух сторон. Позже, в июле, Фридрих Вильгельм сам прибыл к Варшаве, чтобы руководить осадой города. Прусская армия не добилась особых успехов, а в сентябре король заявил, что ему нужны еще войска, чтобы отразить французскую угрозу, и прекратил осаду.
К тому времени русским уже не нужна была помощь. Екатерина понимала, что, если Россия подавит восстание без чьей-либо помощи, она одна будет диктовать условия. Она поручила Румянцеву общее руководство войсками в Польше, а Суворову – тактическое командование. 10 октября Суворов победил Костюшко в битве, во время которой тринадцать тысяч русских одержали верх над семью тысячами поляков. Костюшко был тяжело ранен, взят в плен и отправлен в Санкт-Петербург, где его поместили в крепость Шлиссельбург. Затем Суворов отправился к Праге – укрепленному форштадту, находившемуся на другом берегу реки Висла в предместьях Варшавы.
Перед началом атаки Суворов напомнил солдатам об апрельской резне русского гарнизона в Варшаве. Войска выступили на рассвете. «Три часа спустя, – отчитывался Суворов, – вся Прага была усеяна телами, кровь лилась потоками». Численность убитых по разным источникам колебалась от двенадцати до двадцати тысяч. Русские позже заявили, что Суворов не смог сдержать своих солдат, которые жаждали мести за своих убитых весной товарищей, однако этот аргумент не мог оправдать убийства женщин, детей, священников и монахов. Суворов, таким образом, сделал предупреждение Варшаве: если они не сдадутся, то город постигнет участь Праги. Варшава немедленно капитулировала, и вооруженному сопротивлению в Польше пришел конец.
Екатерина объявила Костюшко агентом революционного экстремизма, она считала, что он состоял в переписке с Робеспьером. Именно в такой обстановке Екатерина и ее канцлер решали, как в дальнейшем поступить с поверженной Польшей. Они пришли к согласию, что поскольку якобинство по-прежнему угрожало России, было бы неправильно допустить существование польского правительства. Безбородко настаивал на том, что предыдущие столетия доказали невозможность мирного сосуществования с поляками; они всегда будут поддерживать врагов России, будь то Турция, Пруссия, Швеция или кто-либо еще. Подобное буферное государство могло представлять угрозу для России. Консул предлагал поступить с Польшей как с поверженным врагом: все польские регалии, флаги и государственный герб, а также содержимое архивов и библиотек было собрано и отправлено в Россию. Суворова назначили командующим русскими войсками в Польше.