За новой военной политикой Екатерины в отношении Польши стояло осознание того, что, несмотря на ее разговоры о необходимости противостоять Франции, прежде всего ее заботило то, что происходило ближе к ее дому. Она была рассержена теми шагами, которые уже предприняли поляки, и волновалась по поводу возможных новых действий. Эффективный и, возможно, революционный новый режим в Польше мог представлять опасность для России. Могла ли она проигнорировать эту вероятную угрозу и начать борьбу с якобинцами во Франции? Она должна была бороться с теми врагами, которые представляли для нее наибольшую угрозу. Екатерина говорила Гримму, что намерена «уничтожить гнездо якобинцев в Варшаве». Это было лишь оправданием, но она раскрыла свои истинные замыслы, когда дала волю своим чувствам в присутствии личного секретаря 14 ноября 1791 года: «Я ломаю голову, подстрекая австрийский и прусский двор вмешаться в дела Франции. Австрийский двор согласился, но двор в Берлине отказывается предпринимать активные действия <…> Есть причины, которые я не могу объяснить [им]. Я хочу, чтобы они отвлеклись. Мне известно, как много дел осталось незавершенными, поэтому очень важно занять их чем-то, чтобы они не мешали мне». Ее «неоконченным делом» было восстановление контроля над Польшей.
9 апреля 1792 года новое французское правительство ненамеренно помогло Екатерине, объявив войну Австрии. Императрица теперь могла быть уверена, что Австрия не сдержит свои обещания, данные Польше, и не поддержит их конституцию от 3 мая. К концу апреля она известила Берлин и Вену о своих намерениях вторгнуться в Польшу: 7 мая русские войска численностью в пятьдесят шесть тысяч пересекли польскую границу. Несколько недель спустя за ними последовали еще тридцать пять тысяч. Польша немедленно обратилась к Фридриху Вильгельму, ссылаясь на договор о защите 1790 года. Король Пруссии поступил так, как и предполагала Екатерина. Ожидая войны с Францией, он отказался от своих обязательств помогать Польше, заявив, что, принимая конституцию от 3 мая, с ним не советовались, и это освобождает его от обязательств по договору. Он заявил, что не «обязан защищать конституцию, созданную без его ведома». Станислав снова играл на два фронта, сначала поклявшись защищать конституцию от 3 мая, он попытался вести переговоры с Екатериной, предложив ей отдать свой трон ее внуку Константину. Но ее это не заинтересовало. Не в силах ничего больше предложить императрице, польский король приказал своей армии сложить оружие.
Захват Польши прошел довольно гладко, но вскоре Россия испытала серьезные политические трудности. Консервативные польские лидеры, которых поддерживала Екатерины, начали ссориться между собой и доказали свою полную неуправляемость. К декабрю 1792 года Екатерина решила, что единственным способом покончить с этим хаосом будет формализация оккупации и второй раздел Польши. Фридриху Вильгельму предложили территории на севере и западе, которые Пруссия давно желала приобрести. Он согласился. Россия и Пруссия довели до всеобщего сведения, что их действия были направлены на подавление якобинства в Польше. Фридрих Вильгельм объявил, что он был вынужден послать свою армию в Польшу, чтобы защитить Пруссию от якобинства у своих границ. Екатерина также использовала этот аргумент. «Очевидно, что вы игнорируете тот факт, что якобинцы в Варшаве связаны с Якобинским клубом в Париже», – писала она Гримму. В январе 1793 года Россия и Пруссия втайне подписали договор, узаконивавший второй раздел Польши.
Не зная об этом договоре, польские консервативные лидеры попросили Екатерину заверить их, что она будет защищать территориальную целостность их страны. Но было уже слишком поздно. В начале апреля 1793 года манифесты России и Пруссии объявили о том, что произошел новый раздел. Пытаясь придать своим действиям видимость закона, Екатерина и Фридрих Вильгельм заставили Станислава покинуть Варшаву и приехать в Гродно, центр проигравшей консервативной конфедерации, там он должен был возглавить заседание Сейма, который пришел бы к «пониманию с разделяющими сторонами». Чтобы помочь Сейму принять такое решение, русский посол заявил, что «солдаты Ее Императорского Величества займут земли любого из членов Сейма, который выступит против воли народа». В июле члены Сейма с неохотой одобрили договор с Россией о новом разделе, однако, испытывая еще более сильную ненависть к Пруссии, они отказались ратифицировать передачу своих территорий стране, которая их предала. Здание Сейма в Гродно было окружено русскими войсками, и депутатов предупредили, что никому не позволят покидать его, пока договор не будет одобрен. Заседание продолжилось ночью. Сначала депутаты кричали и отказывались садиться, затем внезапно все замолчали и неподвижно замерли на своих местах. В 4 утра маршал Сейма трижды спросил: «Сейм наделяет делегатов полномочиями подписать договор?» Ни один из депутатов не ответил. После этого маршал объявил: «Молчание означает согласие». Таким образом, договор о разделе был одобрен польским Сеймом.
В результате договор с Россией превратил лишенную ряда территорий Польшу в протекторат, или, как с горечью сказал один из польских депутатов, в «провинцию России». Внутренняя и внешняя политика должна была согласовываться с Россией; назначения в правительстве одобрялись в Санкт-Петербурге; польская армия сократилась до пятнадцати тысяч человек. Станислав остался на троне. Политически бессильный, ненужный и жалкий, он вернулся в свой дворец в Варшаве, ненавидимый своими подданными.