В 1823 Джон Милль занимает место клерка в отделе Ост-Индской компании, которым заведовал его отец (Джеймс Милль). И по 1858 год Дж. С. Милль является служащим этой компании. Наряду с этим он ведет активную политическую жизнь и занимается научной работой. Как напишет сам Милль, сказывается детская привычка работать по 14 часов в сутки.
В 1822 году Дж. С. Милль с другими горячими сторонниками И.Бентама организует кружок, названный «утилитарным обществом», а в основанном ими «бентамистком органе» «Westminster Review» он помещает ряд статей экономического содержания.
Только к середине 40-х годов Дж. С. Милль освобождается от влияния Бентама, потеряв (по собственному признанию) прежнюю уверенность во всемогуществе рассудочного чувства. А знакомство с учением сенсимонистов поколебало его прежнюю уверенность в благотворность общественного строя, основанного на частной собственности и неограниченной конкуренции. К этому же периоду относится публикация важнейших работ Дж. С. Милля: философского сочинения «Система логики» (1843) и самой известной его работы по экономике «Основы политической экономии» (1848). В последующие годы Милль опубликовал несколько политических и философских сочинений, в частности, «О свободе» (1859).
Закончив службу в Ост-Индской компании (1858), Дж. С. Милль пробует себя на политическом поприще. С 1865 по 1868 год он является членом парламента, выступая как представитель Вестминстерского округа в Палате общин. Потерпев поражение на очередных выборах (1868), Дж. С. Милль уезжает во Францию, где проводит последние годы своей жизни.