Первым мужем королевы Марии был дофин Франциск Валуа, ставший в 1559 году королем Франциском II. В 1560 году он скончался, и Мария была вынуждена вернуться в Шотландию, где в ту пору существовал раскол между проанглийски настроенными протестантами и менее влиятельными католиками. В 1565 году королева вторично вышла замуж за своего кузена лорда Дарнли, а в 1567 году дом, где остановился лорд Дарнли, взорвался при загадочных обстоятельствах, а сам он был найден задушенным во дворе Общественное мнение возложило вину за убийство на королеву и графа Босуэлла, ее нового фаворита, с которым она через три месяца обвенчалась. Лорды-протестанты воспользовались недовольством народа и, собрав армию, вынудили королеву отречься от престола в пользу своего сына, Якова VI. В мае 1568 г. Марии удалось бежать из замка Лохлевен, где ее держали под стражей, и собрать небольшую армию, которая вскоре была разбита поисками регента. Мария укрылась в Карлайле, откуда обратилась за поддержкой к Елизавете.
Вышивать Мария начала во Франции. Ее первая свекровь, Екатерина Медичи, как и многие женщины того времени, превосходно владела этим искусством. Мария вышивала и в Шотландии, однако наиболее значимые произведения создала в трагические для себя периоды содержания под стражей в замке Лохлевен и доме графа Шрусбери. Сохранились тридцать семь небольших вышивок-сюжетов с аллегорическими изображениями растений, животных, зачастую с зашифрованными девизами и анаграммами. Один из таких сюжетов изображает рыжую кошку, играющую с мышью, — возможно, скрытый намек на английскую королеву и беззащитную Марию, находящуюся в ее власти; другой — руку с ножницами, срезающими бесплодную лозу — намек на незамужнюю бездетную Елизавету. Эта вышивка была послана Марией герцогу Норфолкскому, за которого королева в то время надеялась выйти замуж, что в конечном итоге стоило ему головы. Кроме того, известны вышитые ею покрывала и другие работы, в том числе подарки сыну, королю Якову, и кузине Елизавете.
Отношения между Марией Стюарт и супругой графа Шрусбери Бесс Хардвик поначалу складывались прекрасно, и большая часть вышивок создана ими совместно. Тем не менее позже, во время спора с мужем по поводу неких прав собственности, Бесс обвинила Марию и графа в том, что между ними интрижка, но позже Мария вынудила ее публично отказаться от клеветы.