Оставшееся на территории Узбекистана количество авиатехники было столь значительным, что за прошедшие два десятилетия страна почти не делала новых приобретений. Согласно официальным данным, исключением стали лишь 2 боевых самолета, поставленных Россией. Известно также, что часть узбекских Ан-12 прошла ремонт на российских АРЗ.
В 1992-93 гг. узбекские Су-24, Су-25, Ми-8 и Ми-24, в том числе из 396-го и 399-го ОВП, использовались для поддержки правительства Таджикистана в борьбе с оппозицией. Вертолеты выполняли транспортные задачи, а также совместно с Су-24 и Су-25 осуществляли огневую поддержку войск. Потери составили 2 Ми-8, по одному Су-24 и Ми-24. В июле-августе 1999 г. помощь пришлось оказывать уже кыргызскому правительству, направив бомбардировщики Су-24 для ударов по отрядам боевиков. И опять не обошлось без потерь – один самолет был сбит.
| Авиачасть | ЛА | Аэродром |
| | тип | кол-во | |
| 60-я САБР | Су-24 | 23 | Ханабад |
| | Су-24MP | 11 | |
| | Су-25 | * | |
| | Су-27 | 31 | |
| | Су-25 | * | Джизак |
| САБР | L-39 | 5 | |
| | Ми-24 | * | |
| | Ми-8 | * | |
| ВТАБР | Ан-12 | * | Фергана |
| | Ан-26 | 13 | |
| ОТАЭ | Ил-76 | 12 | Ташкент |
| | Ан-12 | * | |
| | Ан-24 | 1 | |
| | Ту-134 | 1 | |
| 65-я ОВБР | Ми-8 | * | Каган |
| 66 -я ОВБР | Ми-24 | * | Чирчик |
| | Ми-8 | * | |
*Общее количество Су-25 – 20 единиц, Ми-24 – 30, Ми-8 – 52, Ан-12 -10. На хранении находятся 36 МиГ-29, 32 Су-17МЗ, 9 Л-39, 30 Ми-6, 2 Ми-22, 1 Ми-26, 7 Ми-2 и 10 Ан-2.
С началом так называемой деруссификации из запаса было призвано значительное количество офицеров коренной нации, удельный вес которых в офицерском корпусе быстро вырос с 50 до 85%. По мнению большинства экспертов, уровень их подготовки оказался невысоким, что весьма негативно отразилось на обороноспособности Узбекистана. В авиации изменить ситуацию к лучшему позволило создание Джизакского ВВАУ, которое выпустило первых летчиков в 1997 г.
В рамках проводимых реформ ВВС Узбекистана претерпели значительные структурные изменения. Например, в 1993 г. 87-й ОРАП (Су-24МР) объединили с 733-м БАП (Су-24), а ферганский военно-транспортный авиаполк (Ан-12) расформировали. В дальнейшем авиационные полки были преобразованы в смешанные авиационные бригады (САБР), а вертолетные полки – в вертолетные бригады (ВАБР), которые в настоящее время входят в объединенный вид вооруженных сил Войска ПВО и ВВС. Численность их личного состава эксперты оценивают в 8500 человек. Современный парк авиатехники приведен в таблице на стр. 36.
Согласно двухсторонним соглашениям, с 2006 г. ВВС РФ получили возможность при необходимости задействовать узбекскую авиабазу Карши-Ханабад для оперативного наращивания и развертывания российских войск в Центральной Азии. В 2001-05 гг. эту авиабазу использовали ВВС США для поддержки своих войск в Афганистане. Однако американцам пришлось покинуть ее после соответствующего решения сената Узбекистана. 21 ноября 2005 г. с Ханабада взлетел последний американский самолет.
Кыргызстан после распада СССР получил в свое распоряжение около пятидесяти МиГ-21, семидесяти L-39, пятидесяти Ми-8 и Ми-24 из состава 5-х Центральных курсов подготовки и усовершенствования авиационных кадров, специализировавшихся на подготовке авиационных специалистов для иностранных государств (аэродромы Кант, Фрунзе-1, Токмак). Однако из-за отсутствия финансирования очень скоро в распоряжении Управления авиации МО Кыргызстана осталось 2 летающих L-39, 1 МиГ-21, 3 вертолета и 2 военных летчика. К 1999 г. ситуация лишь незначительно улучшилась, и в июле-августе кыргызская авиация не смогла оказать правительственным силам эффективной поддержки во время Баткенских событий. По свидетельству очевидцев, в боях с узбекскими боевиками участвовали 6 кыргызских Ми-8, 2 L-39, несколько Ан-12 и Ан-26. Причем «Альбатросы» использовались для бомбометания.
В последующие годы удалось восстановить ряд ЛА до летного состояния, а также закупить в 2004 г. в Казахстане 2 Ми-8. Кроме того, в 2004-07 гг. Кыргызстан получил в виде помощи от США по 4 Ми-8 и Ан-2, а от России – 3 Ми-8 и 2 Ми-24. В 2010 г. после т.н. «революции тюльпанов-2» лидеры стран ОДКБ 1* решили безвозмездно поставить Кыргызстану 9 Ми-8.
В целом, экономика этой страны не позволяла найти достаточно денег на нужды военных. Не имея возможности поставить на крыло значительную часть авиапарка, МО Кыргызстана стало продавать свои самолеты частным коллекционерам. Например, американец Д. Кирлин 2* (Don Kirlin) купил 9 L-39 и 2 МиГ-21, а затем и два МиГ-29, которые использовались в качестве учебных пособий еще во времена СССР и находились в Бишкеке. В 2005 г. он вывез «МиГи» окольным путем через Эстонию. Восстановление первого самолета длилось 5 лет, и в конце декабря 2010 г. он снова поднялся в воздух, получив собственное имя «Наташа». Другие восстановленные им машины используются в качестве «агрессоров» для подготовки пилотов ВВС и ВМС США.
Во второй половине 2006 г. в Кыргызстане на базе имевшихся на то время авиационных структур и структур ПВО были сформированы Силы воздушной обороны (СВО). Сейчас в их состав входят: 4 L-39, 2 Ан-26, 2 Ан-12, 17 Ми-8, 9 Ми-24. Большинство из них дислоцируется на аэродроме Бишкек. На хранении находятся примерно по два десятка L-39 и МиГ-21. Численность СВО – 2400 человек. Подготовка летного состава осуществляется в учебных заведениях РФ.
