Вследствие боевых и эксплуатационных потерь количество МБР-2 неуклонно сокращалось. К началу 1943 г. в авиации флота осталось всего несколько десятков таких летающих лодок. Весной, когда 15-й МРАП переформировали в 15-й отдельный разведывательный авиаполк, вместо МБР-2 на вооружение поступили Пе-2, «Бостоны» и Як-9. Остававшиеся в строю «амбарчики» использовались, в основном, для отвлекающих бомбовых ударов по береговым объектам во время ночных минных постановок.
Летом-осенью 1943 г. МБР-2 приняли участие в атаках авиации КБФ на вражеские корабли в Финском заливе. 21 августа у о. Соммерс в результате налета четверки Ил-2 из 7-го Гв.ШАП и семи МБР-2 из 58-й ОМРАЭ были потоплены немецкие катера-заградители КМб и КМ30, а КМ28 получил повреждения, сел на грунт и не восстанавливался. Потери противника составили 6 убитых и 10 раненых. 14 сентября МБР-2 из 58-й эскадрильи потопили немецкую тяжелую плавучую батарею SAT27 «West».
Эти успехи стали завершающими аккордами в боевой карьере «амбарчиков» на Балтике. К 1944 г. активное применение МБР-2 ВВС КБФ закончилось.
Черноморцы
В составе Черноморского флота к началу войны находились 139 МБР-2. Летающие лодки входили в 119-й МРАП и 16-ю, 45-ю, 60-ю, 80-ю, 82-ю, 83-ю ОМРАЭ. «Амбарчиками» располагала также 7-я морская разведывательная авиаэскадрилья пограничных войск НКВД, базировавшаяся на Хаджибейском лимане под Одессой.
Первой боевой задачей МБР-2 Черноморского флота стало обеспечение минных постановок на подходах к Севастополю и основным портам, проводившихся 23-27 июня 1941 г. Приступили летающие лодки и к ведению разведки в западной части Черного моря. Первые же месяцы войны, как и на Балтике, показали полную неспособность МБР-2 вести дневную разведку, тем более, что район главной румынской военно-морской базы Констанца плотно прикрывали средства ПВО, в том числе немецкие истребители из III./JG52. Неудивительно, что летающие лодки несли потери почти в каждом вылете. Так, 18 июля были потеряны все 9 «амбарчиков», отправившихся на разведку румынского побережья. МБР-2 приходилось встречаться в небе не только с «Мессершмиттами», но и вражескими гидросамолетами: немецкими «Арадо» и «Хейнкелями», румынскими «Савойями» и «Кантами». Из них наиболее опасными были скоростные и имевшие мощное вооружение (три пулемета, две 20-мм пушки) Ar 96.
Механики готовят МБР-2-М-34 авиации СФ к боевому вылету
Пара МБР-2-М-34 в полете
Взлетает МБР-2-М-34 из 118-го ОРАП. СФ, 1940 г.
МП-1 (СССР-Л2551) – экспонат выставки трофеев финской армии. Хельсинки, январь 1940 г.
С начала июля авиация ЧФ стала использоваться против судоходства противника в дельте Дуная. 9 июля в Сулинском гирле самолеты 119-го МРАП совместно с бомбардировщиками СБ из 40-го БАП атаковали и повредили румынские речные пароходы «Izmail» и «Principal Karl». 9 августа пара МБР-2 из 119-го полка повредила у Сулины баржу NFR-626.
С выходом немцев к Перекопу основная группировка авиации ЧФ перебазировалась на крымские аэродромы. 14 сентября для действий против рвавшихся на полуостров войск вермахта была создана Фрайдоровская авиагруппа, в которую вошли гидросамолеты 119-го МРАП и 82-й ОМРАЭ, базировавшиеся на озере Донузлав.
Помимо поддержки сухопутных войск, МБР-2 привлекались для прикрытия в море крупных боевых кораблей. Так, 13 сентября пара МБР-2 охраняла вспомогательный крейсер (бывший ледокол) «Микоян» на переходе из Севастополя в Одессу. 19 сентября летающие лодки обеспечивали боевой поход крейсера «Ворошилов» на обстрел позиций немцев в районе Скадовска. МБР-2 в этой рискованной операции (обстрел проводился днем, прикрыть истребителями крейсер и гидросамолеты флот не мог), исполняли роль корректировщиков артогня.
С выходом немецких войск к Севастополю основные силы ВВС ЧФ перебазировались на Таманский полуостров, а для обороны главной базы флота была организована 3-я Севастопольская авиагруппа, в которую вошли также 16-я и 64-я ОМРАЭ (26 МБР-2), базировавшиеся в бухтах Матюшенко и Голландия. Взлетая оттуда, МБРы по ночам бомбили передний край противника, наносили удары по железнодорожной ветке Сарабуз-Симферополь-Бахчисарай. Особое внимание уделялось вражеским аэродромам в Саках и Сарабузе, в первую очередь, базировавшимся на них торпедоносцам и бомбардировщикам, действовавшим на коммуникациях между Севастополем и Новороссийском.
МБР-2 работали по этим аэродромам почти постоянно, как правило, одиночно или парами, но иногда и большими группами до 20 машин. На цель они старались выходить с разных направлений через неравные интервалы времени. В апреле 1942 г. морская авиация нанесла ряд последовательных ударов по аэродрому в Саках. За 12 ночей, по данным разведки, на счет экипажей летающих лодок записали около 20 уничтоженных самолетов, при потере одного МБР-2 от зенитного огня. Немцы стремились уничтожить досаждавшие им гидросамолеты, тем более, что гидроаэродром в бухте Матюшенко очень скоро оказался под обстрелом их артиллерии. Поэтому к началу июня 1942 г. в составе авиагруппы осталось только 13 машин.
119-й МРАП и 82-я ОМРАЭ перебазировались в Геленджик еще в 1941 г., где в сжатые сроки была построена новая гидробаза с бетонированным спуском и маневренной площадкой. После проведения зимой- весной 1942 г. Керченско-Феодосийской десантной операции МБР-2 из 119-го полка базировались на временном гидроаэродроме на озере Тобичик в 25 км южнее Керчи.