На о. Ханко оставалось звено МБР-2. Эти три машины использовались при обороне острова как бомбардировщики, срывая попытки финнов высадиться. Последний МБР-2 перелетел с Ханко в Ленинград 29 октября.
В качестве противолодочных самолетов МБР-2 на Балтике сопровождали конвои на коммуникациях Ханко-Таллин, Моонзунд-Таллин, Таллин-Ленинград, обеспечивали развертывание подлодок на позиции в Балтийском море. Например, 6 июля подводная лодка М-102 в охранении двух торпедных катеров южнее о. Осмусаар была атакована субмариной противника. Уклонившись от торпед, командир М-102 вызвал авиацию. Звено МБР-2 пробомбило место вероятного нахождения противника, затем начало охранять маленький конвой.
Вели экипажи «амбарчиков» и свободный поиск субмарин противника, действуя в 50-70 милях от наших баз и на выходах из финских шхер. В качестве средств поражения применялись, в основном, обычные фугаски ФАБ-50 и ФАБ-100, либо специальные ПЛАБ-100. 22 раза авиаторам удавалось обнаружить лодки. Из них 3 – в надводном положении, остальные – на перископной глубине. Из всех атак МБР-2 подводных лодок на Балтике успешной можно признать только одну. 9 июля пара летающих лодок из 81-й ОМРАЭ обнаружила вражескую субмарину западнее о. Бенгтшер (13 миль юго-западнее Ханко). Атака с высоты 300 м оказалась для подводников совершенно неожиданной. Самолеты сбросили по четыре ФАБ-50, и несколько из них разорвалось вблизи борта лодки. Субмарина находилась на поверхности еще полторы минуты, но бомб для повторной атаки не осталось. Барражируя в течение получаса над местом погружения, экипажи МБР-2 наблюдали постепенно увеличивавшееся масляное пятно. Вероятно, повреждения получила U-149.
Подводя итоги применения МБР-2 на Балтике в 1941 г., надо отметить, что к началу сентября авиация КБФ потеряла около двух третей самолетов этого типа – в боевом составе осталось всего 56 машин. К концу года только 15-й МРАП лишился 40 экипажей и 75 МБР-2 (в основном, в воздушных боях). Полное несоответствие МБР- 2 требованиям, предъявляемым к морскому разведчику, привело к тому, что его карьера в этом качестве закончилась в первые же месяцы войны. Но как ночной бомбардировщик летающая лодка имела куда больший успех.
С началом войны аэродромы противника стали предметом особого внимания балтийских морских летчиков. Для работы по ним, особенно в 1941-42 гг., привлекались все роды флотской авиации. Первый налет «амбарчиков» состоялся в ночь на 24 июля 1941 г. по аэродрому Выскотка. В дальнейшем гидросамолеты систематически бомбили прифронтовые аэродромы противника в Северской, Котлах, Выскотке, Гдове, Лысино, Смуравьево и Раквере.
В первые месяцы войны МБР-2 выполняли удары, как правило, в составе звена или пары, сбрасывая бомбы серией по 4-6 штук (фугасные ФАБ-50 или ФАБ-100 и осколочные АО-15 и АО-25) на летное поле или на стоянки. В дальнейшем тактика изменилась. Аэродромы в течение всей ночи бомбили одиночные самолеты, подходившие с интервалами в 15-30 минут. Такие удары не только изматывали немцев, но нередко приводили к чувствительным потерям. Так, в ночь на 30 сентября 1942 г. четыре МБР-2 по очереди сбросили на аэродром в Красногвардейске (Гатчина) 20 ФАБ-100 и 15 АО-15. Согласно донесениям противника, в результате были уничтожены два Ju 87 из 7./StGln поврежден Bf 109G-2 из Stab JG77.
Балтийцы отрабатывают взаимодействие. 1940 г.
Следует отметить, что из 1534 вылетов, совершенных ВВС КБФ против аэродромов противника за всю войну, на долю МБР-2 приходится 678. Находящиеся на втором месте истребители выполнили только 375 вылетов.
В течение всей блокады Ленинграда МБР-2 действовали по ночам на немецких прифронтовых коммуникациях, нанося удары по железнодорожным станциям и эшелонам. Весьма часто такие атаки приносили противнику ощутимый урон. Так, 9 февраля 1943 г. семь МБР-2 отбомбились по станции Нарва, в результате чего на воздух взлетели 3 вагона со снарядами. Еще одной задачей летающих лодок стала борьба с дальнобойной артиллерией, обстреливавшей город. По ночам МБР-2 патрулировали над огневыми позициями дальнобойных батарей и сбрасывали бомбы, ориентируясь по вспышкам выстрелов. Однако тут эффект оказался невелик, поскольку орудия находились в укрытиях из земляных валов, и, чтобы уничтожить позицию, требовалось положить бомбу прямо в орудийный дворик, что ночью было очень сложно.
С января 1942 г. МБР-2 стали использоваться и в качестве военно-транспортного самолета. В то время отряд морской пехоты занял острова Гогланд и Большой Тютерс, что потребовало наладить снабжение десанта всем необходимым. Кроме МБР-2, других пригодных для этой роли самолетов в распоряжении флота не оказалось. Один «амбарчик» доставлял гарнизону от 300 до 450 кг различных грузов. В зависимости от погоды вылетало от одной до 5-6 машин. Иногда МБР-2 садились на островах, но чаще грузы сбрасывались либо на парашютах, либо с бреющего полета. Летающие лодки поддерживали «воздушный мост» с Гоглан- дом вплоть до его повторной сдачи 27 марта 1942 г. Последний транспортный полет на остров четверка МБР-2 совершила 28 марта. Не зная, что он уже оставлен, экипажи сбросили 1600 кг грузов и двух парашютистов. В апреле МБР продолжили летать на Гогланд уже для бомбежки захвативших его финнов.