В 1940 г. случилось тяжелое летное происшествие. В ходе летно-тактичес-ких учений, во время ночного перелета внезапно налетевший грозовой воздушный вихрь разметал в районе Тамбова эскадрилью самолетов СБ. Три бомбардировщика разбились при вынужденной посадке. Девять членов экипажей погибли. Начальник Курсов генерал-майор авиации И.В.Васильев всю ответственность за происшедшее возложил на своего заместителя по летной подготовке полковника К.А.Вершинина. По приговору суда военного трибунала, единственного за всю историю Школы и Курсов, Вершинина понизили в звании, должности и отправили в строевую дивизию, а синоптика осудили на три года. Вершинин, учитывая сложившиеся погодные условия, не давал «добро» на завершившийся трагедией перелет, но в конечном итоге разрешил полет под давлением со стороны вышестоящего начальника. Справедливость все-таки восторжествовала. Приказом наркома обороны СССР от 27 мая 1941 г. генерал Васильев был разжалован в полковники и направлен на преподавательскую работу, а Вершинина назначили на его место - начальником Курсов.
Аэроузел Липецк в то время состоял из двух основных и четырех запасных аэродромов. Пять учебных эскадрилий и отдельный отряд имели на вооружении около двух сотен самолетов разных типов, на базе которых можно было сформировать до шести строевых авиаполков, полносгью готовых к боевым действиям. Склады располагали достаточным количеством материально-технических средств. Немалая сила, особенно с учетом жестоких потерь, понесенных ВВС Красной Армии 22 июня 1941 г. на земле и в воздухе.
27 июня 1941 года директивой Генштаба Курсы были преобразованы в Липецкий авиационный учебный центр (ЛАУЦ), основной задачей которого являлось формирование новых (маршевых) авиационных полков на пикирующих бомбардировщиках Пе-2.
Приказом начальника гарнизона от 9 июля 1941 г. в Липецке и районе было объявлено военное положение, сформирован штаб противовоздушной обороны района и организована служба воздушного наблюдения, оповещения и связи (ВНОС), Находившаяся на запасном аэродроме в городе Лебедя ни 1-я учебная бомбардировочная эскадрилья (командир майор Н.В.Леденев) убыла на фронт в составе 52-й авиадивизии Дальней Авиации; 4-я учебная истребительная эскадрилья на самолетах И-153 во главе с командиром майором И,И. Новиковым убыла на прикрытие города Воронежа; 5-я учебная истребительная эскадрилья под командованием майора Н.Ф.Божинского на самолетах И-16 вошла в систему ПВО Липецкого района. В составе ЛАУЦ остались 2-я и 3-я эскадрильи (командиры майор П.И.Большунов и майор С.И.Стахов). Перечисленные мероприятия осуществлялись за счет штатной численности Центра, в результате чего значительно сократилось число опытных специалистов, прежде всего летчиков. В сложившихся условиях появилась специальная директива Главного штаба ВВС, категорически запрещавшая дальнейшее отвлечение постоянного состава из штата учебного Центра в части действующей армии.
Переформирование еще не закончилось, когда из Москвы поступило распоряжение: «Спешно, для формирования авиационных полков, переучить на пикирующий бомбардировщик Пе-2 курсантов-пилотов, окончивших Тамбовское, Чкаловское и Энгельское училища». К 1 июля в Липецк прибыло 238 курсантов. Вслед за ними на аэродром Ли-пецк-2 заводские летчики перегнали дюжину бомбардировщиков Пе-2. Но с первых же дней стала очевидной невозможность выполнения поставленной задачи. Начались катастрофы, которые чаще всего проходили по одному «сценарию». Оторвавшись от земли и набрав высоту 20-30 м, самолет круто переходил в набор высоты, заваливался на крыло и падал. Экипаж, как правило, погибал. Причина - недостаток опыта: невыдерживание режима взлета вело к сваливанию.
Положение спасло по-своему мудрое и своевременное решение главко-мата ВВС: «Личному составу бомбардировочных полков, оставшемуся без материальной части, немедленно, всеми способами и любым транспортом следовать в Липецк в распоряжение Вершинина». К 30 июля в строевом отделе было зарегистрировано 4312 вновь прибывших, что позволило поставить на поток подготовку маршевых авиационных полков. Следует упомянуть имена тех, на чьи плечи в первую очередь легла организация выполнения этой ответственей-шей задачи. Начальник Центра полковник К.А. Вершинин, его заместители: полковник Г.Я. Ломан (по летной подготовке) и комиссар Н.Д. Лебедев (по политчасти), начальник штаба полковник С.Г.Ручко, которого вскоре сменил полковник В.Н.Матвеев, главный инженер полковник технической службы А.Ф.Илюхин, начальник учебно-летного отдела полковник В.В.Кшимовский и его заместитель полковник И.ПЛаппо.
Формирование новых частей проходило на аэродроме Венера. Погожим ранним утром 19 июля 1941 г. три десятка блестящих свежей краской бомбардировщиков в последний раз прошли четким строем над аэродромом. Первый маршевый авиаполк под командованием капитана Богомолова отправился на фронт.
Осенью возникла реальная угроза нанесения противником бомбовых ударов по Липецку. Первоначально боевое дежурство 5-й истребительной эскадрильи в системе ПВО Липецкого района выполняли шесть летчиков постоянного состава: слушатели в спешном порядке убыли в свои части. Дежурили парами; два часа в кабине, четыре часа отдыха и снова в кабину. Потом летчиков прибавилось за счет инструкторов Ульяновской летной школы, выпускников Качи и Одессы, Бывшие курсанты прибыли в гражданской одежде и довольно долго не могли экипироваться. Никто из них не летал до этого на истребителях, но переучивание прошло без особых ЧП. К началу войны эскадрилья насчитывала 60 боевых и учебных самолетов, на каждого техника приходилось по 2-3 машины. Воздушное прикрытие на начальном этапе имело больше моральный, чем практический эффект. Телефонные сообщения службы ВНОС поступали с большим запозданием. Зачастую звонок: «В вашу сторону летит бомбардировщик» раздавался, когда «юнкере» был уже над аэродромом. Летали немецкие самолеты чаще всего на большой высоте, около 5000 м. Если учесть, что скорости И-16 и Ju 88 были почти одинаковыми, то перехваты истребителей «на зрячего» практически ничего не давали.