Арсенал НАРС, применяемых на Су-7Б, состоял из ракет типа ОЗК, С-5, С-21М и С-24. С-ЗК подвешивались на четырех авиационных пусковых устройствах АПУ-14У, каждое из которых несло по 7 ракет, С-5 различных модификаций заряжались в только что появившиеся 16-и ствольные блоки УБ-16-57 (позднее УБ-16- 57У и др.), а для подвески четырех мощных С-21М или С-24 служили балочные ПУ-12-40У, устанавливаемые под держатели. Таким образом, Су-7Б мог нести 28 С-ЗК, 64 С-5, четыре С-21М или С-24.
Самолет мог нести только один из вариантов вооружения – бомбардировочное или ракетное, поскольку система вооружения при использовании смешанного варианта подвески при разгрузке бомб сбрасывала и блоки или АПУ, снаряженные НАРС.
Как уже отмечалось выше, испытательные пуски тяжелых НАРС выявили их значительное влияние на работу силовой установки, приводя к помпа- жу двигателя. Для повышения устойчивости работы ТРДФ при пусках неуправляемых авиационных реактивных снарядов самолеты в серии стали оснащать системой защиты двигателя от заглохания КС-1, состоящей из клапана сброса топлива и коробки с реле времени. КС-1 включалась в работу при нажатии на боевую кнопку. При этом происходило резкое кратковременное уменьшение подачи топлива в двигатель, вследствие чего увеличивался запас устойчивости ТРДФ, что при сходе НАРС обеспечивало беспом- пажную работу двигателя. Продолжительность сброса топлива составляла 1-2 с. За это время ракеты удалялись от Су-7Б на расстояние более 40 метров, при котором воздействие на ТРДФ самолета горячих газов от их двигателей уже не влияло на его устойчивую работу. После этого система КС-1 автоматически с темпом нормальной приемистости восстанавливала обороты, соответствующие положению РУД. Кроме этих мер, перед промышленностью был поставлен вопрос о разработке новой рецептуры пороховых зарядов для двигателей ракет, которые обеспечивали бы более "холодный" выхлоп.
С ростом числа выпущенных Су-7Б и опыта эксплуатации продолжалось совершенствование машин в серии. Применение колес основного шасси, увеличенного по сравнению с Су-7 размеров без изменения конструкции стоек шасси, привели к тому, что Су-7Б первых серий имели отрицательный стояночный угол между строительной горизонталью фюзеляжа и землей, получив прозвище "пылесос". Из-за этого в воздухозаборник и воздушный канал двигателя часто засасывался различный мусор с ВПП, что приводило к повреждению лопаток компрессора двигателя и их частой замене. Этому способствовала и большая мощность двигателя, требовавшего большого расхода воздуха и работавшего как пылесос.
Для устранения этого недостатка с 26-й серии Су-7Б получили укороченные главные ноги шасси. Для обеспечения уборки шасси в ту же нишу в крыле, что и на ранних сериях, была доработана и кинематическая схема главных стоек. В результате ход колеса увеличился с 340 до 390 мм, а расстояние от земли до строительной горизонтали фюзеляжа в стояночном положении машины уменьшилось на 176 мм. Вторая доработка шасси была принята с восьмого самолета 31-й серии. С него Су-7Б стали комплектоваться новой передней ногой шасси с улучшенной характеристикой амортизации при движении самолета по земле и другим конструктивным оформлением вилки и ряда других узлов. Изменения несколько уменьшили вероятность попадания мусора в канал двигателя и улучшили эксплуатационную пригодность шасси, но для еще большей защиты ВЗ требовалась активная система его защиты, разработкой которой для будущих модификаций Су-7 начали заниматься в ОКБ.
Стоит сказать, что надежности шасси уделялось повышенное внимание, особенно после того, как из-за невыпуска одной основной стойки шасси при посадке пришлось катапультироваться летчику испытателю ГК НИИ ВВС Степанову (аварийно садиться с неисправным шасси поначалу запрещалось из-за высокой скорости и чрезмерного риска). В дальнейшем была разработана методика выполнения посадки вне аэродрома с одной выпущенной передней стойкой.
Но самым значительным, можно сказать, этапным изменением стало внедрение с 26-й серии системы специального бомбардировочного вооружения, что превратило Су-7Б в носитель ядерного оружия. Остановимся подробнее на этом нововведении, отработка которого до запуска в серию выполнялась на опытном самолете С22-5.
К этому времени на вооружение ВВС поступила первая серийная спецавиабомба, приспособленная к наружной подвеске на самолет-носитель. Ее разработали ученые и специалисты второго после Арзамаса-16 отечественного ядерного центра, созданного в 1955 году в глухом месте в глубине страны, среди восточных предгорий Среднего Урала. На берегу озера Синара был заложен закрытый город Челябинск-70 (сейчас город Снежинск), в котором и расположился новый ядерный центр, впоследствии получивший наименование ВНИИ Технической физики имени академика Е.И. Забабахина. Первым научным руководителем института стал К. И. Щелкин, впоследствии трижды Герой Социалистического Труда, лауреат Ленинской и трех Государственных премий.
Созданное там в конце 50-х годов "изделие" имело обтекаемую аэродинамическую форму с малым коэффициентом сопротивления, радиопрозрачную переднюю часть для радиовысотомера системы подрыва и оперение типа "свободное перо" с четырьмя стабилизаторами, размах которых составлял 726 мм. В средней части бомбы размещался шаровой заряд из делящегося материала, длина изделия равнялась 3365 мм, диаметр корпуса 580 мм, а вес 480 кг. Бомба имела систему обогрева от носителя и могла подвешиваться на специальные балочные держатели. В 1959 году ее испытывали подвеской на МиГ-19, а через год на МиГ-21Ф. В 1961 году после Госиспытаний "изделие" в комплексе с носителем Су-7Б было принято на вооружение.