В следующем году при испытаниях первого опытного Ту-22М0 по программе выключения двигателя произошло самопроизвольное выключение второго двигателя. После перехода на аварийное питание экипажем были предприняты несколько попыток запуска двигателей на снижении с высоты 8000 м. Из-за дефекта в электросети самолета двигатели запустить не удалось. В дополнение на высоте 3000 м и вспомогательная силовая установка (ВСУ) не запустилась.
Командир и экипаж принимают решение садиться с выключенными двигателями, вариант весьма «острый» для такого самолета, как Ту-22М. К счастью, после пролета дальнего привода аэродрома, на высоте 500 м правый двигатель удалось запустить (это была 13 попытка запуска), экипаж выполнил посадку на своем аэродроме.
Вскоре Борис Иванович получает первый экземпляр самолета Ту-22М1 (вторая улучшенная модификация Ту- 22М). Самолет отличался от Ту-22М0 измененными обводами фюзеляжа, новым крылом и закрылками. На этой машине Веремей и его экипаж выполнил первый полет и провел полный объем испытаний новой автоматической системы управления АБСУ-145, провел испытания опытных двигателей НК-22 и системы ионизационного розжига форсажной камеры ТРДДФ, выполнил полеты на динамический потолок. В испытательном полете на этой машине при проверке двигателей НК- 22 с ионизационным розжигом форсажа, на динамическом потолке 17000 м при скорости, соответствующей М=0,9, в момент дачи РУД возник пом- паж двигателей. Двигатели были выключены, при этом один из двигателей вышел из строя. Исправный двигатель удалось запустить на высоте 8000 м. Посадку пришлось производить на запасной аэродром на одном двигателе в тумане, при высоте нижней кромки облаков 50 м и при видимости менее 500 м.
В следующем полете помпаж одного из двигателей возник на взлетном форсажном режиме, на второй половине разбега, на скорости отрыва, с оторванной от бетонки передней стойкой шасси. Двигатели были остановлены, и взлет был прекращен, машина была спасена. В испытательном полете по выбору законов системы штурвального управления на высоте 8000- 9000 м произошел отказ системы управления по продольному каналу, в результате машина с перегрузкой, близкой к отрицательной, резко перешла на снижение. Попытки экипажа превести Ту-22М1 в горизонтальный режим полета ни к чему не приводили, самолет «сыпался», не реагируя на отклонения штурвала, со знакопеременными перегрузками. Перед входом в облака был обнаружен отказ блока авиагоризонтов, что привело к отказу по системе управления.
Веремей отдал приказ штурману- оператору проверить канал питания гироскопов по цепи 36 В, 400 Гц и перейти на питание от резервного преобразователя, питающего гироскопию (эта операция должна была бы производиться автоматически по сигналу аппарата переключения преобразователей). После восстановления питания восстановилась нормальная работа системы управления.
В 1972 году на этой же машине при выполнении первого взлета в ходе полетов по программе доводочных работ новой системы управления в момент взятия колонки управления «на себя» на скорости отрыва самолета произошел отказ в продольном канале системы управления. Внешне отказ проявился в резком самопроизвольном отклонении упраляемого стабилизатора на максимальный угол до упора, что привело к отрыву Ту-22М1 с забросом самолета по углу атаки и перегрузке до критических значений. Произошло выключение демпферов по всем каналам управления рулевых агрегатов. Своевременное вмешательство летчика в управление самолетом предотвратило сваливание на крыло. Была набрана безопасная высота, и полет был благополучно завершен. После посадки дефект был найден и устранен и более не проявлялся.
Через несколько лет уже на одном из серийных Ту-22М1 в 1974 году при выполнении испытательного полета по программе прерванных и продолженных взлетов, после отрыва самолета с одним работающим двигателем (второй двигатель был выключен на разбеге согласно задания) при проверке одного из режимов полета была произведена вынужденная посадка вне аэродрома ЛИИ МАП. Из-за столкновения с препятствием по курсу взлета самолет разрушился и по большей части сгорел. Экипаж чудом остался жив.
В том полете Веремей был на правом кресле, а на месте командира корабля находился летчик-испытатель ГК НИИ ВВС, которому сдавался этот режим самолета. На взлете он слишком рано убрал закрылки, хотя перед этим полетом Веремей, идеально знавший «свою» машину, демонстрировал подобный взлет летчику ГК НИИ ВВС. Но в этом полете не в меру самоуверенный летчик-испытатель ВВС, несмотря на настойчивые предложения Бориса Ивановича «подвыпустить» закрылки и тем самым прекратить опасную потерю высоты, не внял голосу разума, пытаясь решить проблему путем разгона самолета за счет снижения.
Пренебрежение законами аэродинамики закончилось «приземлением» самолета на совхозный трактор, одиноко стоявший без «экипажа» в поле. От удара передняя часть самолета вместе с кабиной оторвалась и, пропахав борозду на поле, остановилась, сохранив экипаж в сохранности. Все что осталось позади, на месте столь экзотического приземления, взорвалось и сгорело.
