22 октября в 421-й авиаполк пришли первые боевые награды: 4 ордена Ленина и 10 орденов Красной Звезды. Многим бойцам, участовавшим в самых тяжелых боевых вылетах, награды, к сожалению, были уже ни к чему.
В первых числах ноября самолеты Ер-2 421-го авиаполка очевидно впервые были использованы по своему назначению - как дальние бомбардировщики. С 1-го по 5-е ноября 1941 года были совершены налеты на Кенигсберг. 6 ноября во время бомбардировки Кенигсберга после сброса бомб пилот Ер-2 лейтенант Рябоконь наблюдал в северо-восточной части города взрыв большой силы. На следующий день, 7 ноября исполнялось два месяца участия полка в боевых действиях. На этот момент было выполнено 216 боевых вылетов (из них ночью - 59), сброшено 235 тонн бомб, отдельные экипажи совершили по 16-17 боевых вылетов.
Нужно отметить, что практически с самого начала использования самолетов Ер-2 на них имелось значительное количество заводских недоделок и дефектов, вызванных ускоренной сдачей их в эксплуатацию. В начале сентября 1941 года в составе 81-й авиадивизии имелось 63 Ер-2, из них только 34 были боеспособны. Поэтому техническому, составу приходилось много сил~ затрачивать не только для устранения боевых повреждений, но и бороться с застарелыми недостатками. Использование "Ермолаев" в качестве дневных бомбардировщиков в тяжелую осень 1941 года было вынужденной мерой, что и привело к значительным потерям. В ноябре в строю 421-го полка оставалось до половины бомбардировщиков, 420-й полк мог поднять в воздух в этот период и того меньше - всего три самолета. Вылеты однако продолжались и в основном на малом радиусе, по вражеской группировке, окружившей полукольцом советскую столицу. Исключением можно назвать ночной вылет 13 ноября. На тот момент командованию стало известно, что в Варшаву прибывает поезд, на котором находился Гитлер. Ночью 421-й ДБАП всем составом бомбардировал Варшаву. Был отмечен огромный взрыв в окрестностях Варшавы, на железнодорожной станции Прага.
Ноябрем закончился первый этап участия Ер-2 в боевых действиях, 420-й ДБАП в декабре был отозван в тыл на переформирование и для переучивания на бомбардировщики Ил-4. 421-й ДБАП с 29 ноября перебазировался на аэродром Иваново, с которого действовал вплоть до весны. В декабре вылетов однако было мало по причине плохой погоды. Всего 421-м полком за 1941 год был совершен 251 боевой вылет, уничтожено 2 железнодорожных эшелона, 5 складов боеприпасов и ГСМ, 115 автомашин, 25 танков, 5 прожекторных установок, 7 точек зенитной артиллерии. В результате бомбардировок полка было вызвано 27 больших взрывов (как следствие попадания в цель), 87 значительных пожаров, воздушными стрелками сбито 15 вражеских истребителей. За период боевых действий полк потерял 31 человека личного состава. Самолетов было потеряно 15. Из них: 9 сбито истребителями, 2 - зенитной артиллерией, 4 Ер-2, к величайшему сожалению, сбиты своей зенитной артиллерией. Так приходилось расплачиваться за излишнюю секретность.
В январе 421-й авиаполк был доукомплектован личным составом. 1-й эскадрильей стал командовать капитан Галинский, 2-й - капитан Щербатко, 3-й майор Сорока. Продолжались и реорганизации в дальнебомбардировочной авиации. Еще 30 ноября 1941 года постановлением Государственного комитета обороны, а затем и приказом наркома обороны 81-я авиационная дивизия была преобразована в 3-ю авиационную дивизию дальнего действия с непосредственным подчинением Ставке Верховного Главнокомандования. 3 января 1942 года 421 авиаполк приказом наркома обороны-й был переименован в 747-й авиаполк дальнего действия (АП ДД). В строю на тот момент находилось до полутора десятков Ер-2. Базируясь в Иваново 747-й авиаполк за январь-февраль совершил 181 боевой вылет. Основными целями в этот период были узловые немецкие аэродромы и железнодорожные эшелоны. Особо удачным считался вылет пары Ер-2 летчиков Гайворонского и Линева. Согласно агентурным данным стало известно, что на западной окраине Смоленска в здании бывшего санатория НКВД размещен штаб генерала Листа. В ночь на 20 ноября штаб был уничтожен. Хотя Ер-2 на маршруте подверглись атаке истребителей, оба благополучно вернулись домой. Командиры кораблей за этот вылет получили ордена Красного Знамени, остальные члены экипажа - ордена Красной Звезды.
Продолжались и потери. 31 января не вернулся самолет командира звена ст.лейтенанта Ефименко. 4 марта истребители сбили командира эскадрильи капитана Галинского (впоследствии вернулся в полк). В начале марта в составе 747-го полка числилось 12 Ер-2, из них половина находилась в ремонте. 28 марта 1942 года полк был перебазирован на аэродром Кратово под Москвой. Летать на боевые задания оттуда начали уже с апреля месяца. Именно в этот период дальняя авиация подверглась очередной реорганизации: 747-й авиаполк вошел в состав Авиации Дальнего Действия (АДД).
К 1 мая в полку оставалось 10 Ер-2 и 30 экипажей. Летать на выполнение боевых заданий могли 6 самолетов. Поэтому летали по очереди - в мае бомбили Харьков, Брянск, Витебск. В этот период полку были выделены 4 американских бомбардировщика Б-25 и начато переучивание. "Ермолаев", способных вылетать на боевое задание, к началу июня осталось всего четыре. Б-25 осваивались с трудом, самолеты были не новые, не хватало запчастей. Первые вылеты на этих самолетах были разведывательными. 5 июня полк вылетел всем имеющимся составом для бомбардировки Брянска, в одном строю шли Ер-2 и Б-25. В течение всего лета полк испытывал трудности с материальной частью. В отдельный период из 8 имеющихся Ер-2 все восемь находились в ремонте. Поступления новых Ер-2 не было, поэтому приходилось доводить до боевого состояния уже бывалые, потрепанные в боях самолеты. До конца 1942 года 747-й авиаполк совершил 743 боевых вылета. Было потеряно 7 самолетов и 26 человек личного состава. Воздушные стрелки сбили полтора десятка вражеских истребителей. Командовать полком с ноября стал майор Галинский, полковник Гусев-был назначен командовать 27-й АБДД.