Принявший командование 40-й армией Б. В. Громов в предвидении скорого вывода войск поставил задачу: для сокращения потерь свести к минимуму боевую активность наземных войск, по возможности воздерживаясь от наступательных операций и занимаясь охраной узловых участков, дорог и аэродромов. Для авиации это означало прибавление работы: без ее помощи многие гарнизоны, со всех сторон окруженные противником, уже не могли бы продержаться. Так, в провинции Баг-лан подвергавшийся постоянным атакам советский десантный батальоны удерживал участок всего в три квадратных км на пересечении дорог (считалось, что эта провинция «частично контролируются оппозицией»).
Чтобы уменьшить потери, «Грачи» стали шире использовать для ночных ударов. При этом почти полностью исключалось воздействие ПВО и появлялась реальная возможность уничтожить по наводке большие группы противника, располагавшегося на ночлег в крепостях и кишлаках (нужно ли говорить, какая участь ожидала при этом само селение.
Ориентироваться штурмовикам помогали Су-17, подсвечивавшие местность САБами. При одном из таких ночных рейдов командир штурмовой эскадрильи заметил внизу огни и тут же накрыл их бомбами. Вернувшись, он сообщил о «душманских кострах» и повел в указанный район всю эскадрилью, нанесшую два БШУ «пятисотками» и РБК. Десантники, посланные утром оценить результаты ночной штурмовки, увидели лишь изрытые бомбами склоны и дотлевавший кустарник, подожженный САБами. В другой раз пилот Су-25, не сумевший отыскать в темноте цель, сбросил бомбы наугад, не рискуя садиться с опасным грузом. Вскоре в часть пришли поздравления молодцу-летчику, удачно накрывшему целую банду в несколько десятков человек, ночевавшую в этом месте.
С началом вывода войск и с уходом гарнизона из Кандагара два полка штурмовиков передислоцировали в Шинданд и Баграм. Еще одна эскадрилья базировалась в Кабульском аэропорту. К задачам Су-25 прибавилось боевое охранение уходивших колонн и регулярное нанесение предупредительных ударов вдоль дорог: по данным разведки, только на восточном направлении вдоль трассы от Кабула к советской границе сосредоточились до 12 тысяч боевиков, а к дороге Шинданд-Кушка подтянулись более 5 тысяч моджахедов (в среднем, 20 человек на каждый километр пути). С сентября 1988 г. Су-25 из Шинданда почти каждый день работали и в районе оставленного Кандагара, где под непрерывными обстрелами продолжал держать оборону аэродрома советский батальон. Передышка наступала только с появлением Су-25, позволявших сесть транспортным самолетам с «Большой Земли», доставлявшим боеприпасы и еду и забиравшим убитых и раненых.
Обстрелы, ставшие обычным делом (только на Кабул в 1988 г. обрушились 635 ракет), не обошли и штурмовиков. Июньский ночью в Кандагаре ракета попала точно в новенький самолет, только что полученный с завода. Под крылом штурмовика висели восемь С-24, и потушить его было невозможно. В огне рвались снаряды, сработало и улетело кресло, с шипением уходили в темноту ракеты, рикошетами полосуя металлический настил стоянки перьями стабилизаторов. При очередном налете на Кабульский аэропорт 19 мая 1988 г. первые же снаряды упали в самый центр линейки Су-25. Горящий керосин хлынул из баков, и черное пламя тут же охватило всю стоянку. Техник крайнего самолета, пытаясь спасти машину, забрался в кабину и сумел запустить один двигатель, но впопыхах не переключил на него гидросистему управления. Штурмовик развернуло и понесло в самую гущу пожарища, а сам он отделался контузией и переломом ноги, выпрыгивая из самолета. Полностью сгорели десять Су-25, а два уцелевших, закопченных и испещренных десятками пробоин, пришлось несколько месяцев восстанавливать.
Последний штурмовик был потерян в январе 1988 г. Су-25 сбили ракетой над поселком Пагман вблизи Кабула, и его пилот погиб. Всего за афганскую войну не вернулись из боя 8 летчиков-штурмовиков.
Закрывая афганскую кампанию, Су-25 приняли участие в начавшейся 23 января 1989 г. операции «Тайфун» - серии массированных ударов, имевших целью «нанесение возможно большего ущерба силам оппозиции в центральных и северных районах страны». Накануне удалось остановить бессмысленные бои последних дней, заключив перемирие с местными старейшинами и Ахмад Шахом. Масуд обещал, что не тронет ни одного уходящего советского солдата, и его люди даже помогали вытягивать буксующие в снежных заносах машины (сообщали и о случаях «совместного распития с ахмадшаховцами киш-мишовки»). И все же напоследок решили показать силу - расстреливая боезапас, начали мощнейшие артобстрелы придорожных районов, по площадям выпустили 92 тактические ракеты «Луна-М», а авиация за 24-25 января выполнила более 600 самолето-вылетов и нанесла 46 БШУ, перемолотивших окрестные горы и долины. Масуд на огонь отвечать не стал, и в последние дни января штурмовики покинули афганские аэродромы.
Баграм, 4 ноября 1988 г. Авария на посадке