Аналогия - [23]

Сейчас, когда прочтены уже тысячи генов, проверить это предположение элементарно. Но оно было проверено задолго до того. Химики разработали методы разрушения в ДНК только пуринов или только пиримидинов.

Пурины, например, разрушаются, если мы обработаем ДНК дифениламином в муравьиной кислоте. В результате ген распадается на смесь блоков — кусочков, в которых пиримидины (Ц и Т) повторяются 1,2,3,4 и более раз. И если бы распределение было случайным, моно- и динуклеотиды преобладали бы. На практике применяют так называемый коэффициент сблоченности β — отношение суммы длинных блоков (4 нуклеотида и выше) к сумме коротких (три нуклеотида и ниже).

Мой коллега по лаборатории им. А. Н. Белозерского, А. Л. Мазин определил коэффициент β для ДНК разных организмов — от бактерий до млекопитающих. Получилась довольно четкая картина — в ряду от бактерий до человека β возрастает от 4 до 6 и выше. Сблоченность ДНК с усложнением организации неуклонно растет. А это значит, что снижается ее информационная емкость, как при возникновении корреляций между буквами в тексте. Генетический код становится все более и более неэкономичным. Возникает вопрос: почему это происходит?

Намек на ответ содержится в других работах А. Л. Мазина. Вспомним, что в большинстве известных нам случаев информационная РНК синтезируется только на одной из нитей или цепей ДНК, которую называют смысловой. Вторая, комплементарная нить — антисмысловая. Пуриновому блоку в смысловой цепи соответствует пиримидиновый в антисмысловой (и наоборот).

Исследования показали, что пиримидиновые, состоящие из Ц и Т, блоки имеют тенденцию скапливаться в смысловой цепи. Возникает асимметрия цепей ДНК. Значит, информационная РНК, на которой синтезируется белок, обогащается пуринами (А и Г). Конечно, она не может на 100% состоять из пуринов, ведь тогда в ней нельзя закодировать такие аминокислоты, как фенилаланин, серин, лейцин. Но тенденция явно имеется.

Для объяснения ее А. Л. Мазин вспомнил о старой моей работе с Л. М. Галимовой, в которой мы изучали синтез белков у тутового шелкопряда. Уже первые исследователи передачи генетической информации с гена на белок подметили, что этот процесс (трансляция) подвержен сильным помехам. Рибосомы могут считывать кодоны в матричной, информационной РНК неправильно, и в белок включаются не те аминокислоты. Этот процесс (мисридинг) усиливается при повышенной температуре, подкислении среды, высокой концентрации магния и при действии антибиотика стрептомицина. Собственно, антибактериальный эффект стрептомицина тем и объясняется, что рибосомы стрептококков начинают «врать» при тех концентрациях антибиотика, при которых рибосомы человека остаются еще устойчивыми.

Мы кормили гусеницу шелкопряда листьями шелковицы, смоченными раствором стрептомицина в лошадиной концентрации. Гусеницы ели, линяли, исправно завивали коконы. А кокон состоит всего из двух белков — фиброина и серицина — клейкого вещества, склеивающего фиброиновые нити.

Серицин легко перевести в раствор кипячением — так мы без особых трудов получаем чистейший белок, без примеси других. Гидролизат его можно уже пустить в аминокислотный анализатор. Оказалось, что стрептомицин достоверно изменял состав белка: одних аминокислот становилось больше, других меньше[5]. Первые мы назвали плюс-, вторые минус-аминокислотами.

Оказалось, что эти категории не случайны. Плюс-аминокислоты в матричной (информационной) РНК кодируются в основном пуринами (А и Г), а минус — пиримидинами (Ц и У- уридином, неметилированным тимином, который заменяет Т в РНК). Пурины и пиримидины тоже неоднородны по точности считывания. С учетом литературных данных У в результате неверного прочтения мог быть прочтен рибосомой как Ц, Г, А; Ц — как Г и А; Г- как А, и лишь аденин обычно считывался правильно.

Естественно было связать повышенную помехоустойчивость с термодинамической устойчивостью символа. Последняя величина измеряется энергией резонанса — той энергией, которая потребна для изменения структуры вещества. В ряду У, Ц, Г, А эта величина соответственно 1.92, 2.22, 3.84, 3.89 (ккал/моль). Аденин наиболее устойчив, именно потому он легко полимеризуется в опытах (и, вероятно, на первозданной Земле) из цианистого водорода и потому входит в состав АТФ — универсального аккумулятора энергии в биологических системах.

А. Л. Мазин предположил, что в ходе эволюции вместе с усложнением структур шло параллельное повышение помехоустойчивости информационного канала ген-белок. А это означало обогащение мРНК пуринами (и смысловой цепи ДНК — пиримидинами). Отбор мутаций, следовательно, идет и на уровне гена — такой вывод он сделал, проанализировав на ЭВМ 64 белка — цитохрома С.

Справедлива ли эта гипотеза? Мне, конечно, приятно, что Александр Львович вспомнил через 17 лет о работе, которую я и сам за другими делами давно забыл. Но, увы, если это правда, то не вся правда. Вспомним, что у высших организмов белок кодирует лишь ничтожная доля ДНК — а тот же Мазин показал, что наиболее сблочены, наиболее отличаются от стохастических как раз те части генома, кои сейчас именуют лишними, ненужными и эгоистичными.