Кроме Медико-хирургической (ныне Военно-медицинской) академии, Бородин читал также с 1863 года лекции химии в Лесной академии, с 1872 — на Женских медицинских курсах. Относительно этого последнего учреждения его заслуги были особенно значительны. Вместе с П. Н. Тарновской и профессором M. M. Рудневым он был один из основателей курсов, и потом, в продолжение целых 15 лет, он никогда не переставал из всех сил хлопотать и заботиться о их поддержке, процветании и о всяческой помощи им. Отношение его к студенткам было такое же сердечное, горячее и беспредельно доброжелательное, как к студентам академии. Всего лучше рисует эти отношения надпись вокруг серебряного венка, принесенного женщинами-врачами ко гробу и на могилу Бородина. Тут было сказано: «Основателю, охранителю, поборнику Женских врачебных курсов, опоре и другу учащихся, — от женщин-врачей десяти курсов, 1872–1887».
В первые дни возвращения Бородина из чужих краев в Россию, в 1862 году, произошло событие, которое произвело решительный переворот в его художественной жизни. Это было его знакомства с Балакиревым и его товарищами по музыке. Знакомство это превратило его из дилетанта в истинного и глубокого музыканта.
В записке своей о первых встречах и знакомстве с Мусоргским Бородин рассказывает:
«После моего возвращения из-за границы осенью 1862 года я познакомился с Балакиревым (в доме у С. П. Боткина), и третья моя встреча с Мусоргским была у Балакирева, когда тот жил на Офицерской в доме Хилькевича. Мы с Мусоргским снова узнали друг друга сразу, вспомнили обе первые встречи. Мусоргский тут уже сильно вырос музыкально. Балакирев хотел меня познакомить с музыкою своего кружка и прежде всего с симфонией „отсутствующего“ (это был Римский-Корсаков, тогда еще морской офицер, только что ушедший в далекое плавание в Северную Америку). Мусоргский сел с Балакиревым за фортепиано (Мусоргский на primo, Балакирев на secondo). Игра была уже не та, что в первые две встречи. Я был поражен блеском, осмысленностью, энергией исполнения и красотою вещи. Они сыграли финал симфонии. Тут Мусоргский узнал, что и я имею кое-какие поползновения писать музыку, стал просить, чтоб я показал что-нибудь. Мне было ужасно совестно, и я наотрез отказался».
Новый знакомый Бородина, Балакирев, хотя на целых два года моложе его, сделался первым и настоящим его учителем. Балакирев стоял в то время во главе трех талантливых юношей, вместе и учеников, и товарищей, и друзей его. Это были: Кюи, Мусоргский, Римский-Корсаков. Несмотря на свои молодые годы, Балакирев был их настоящим наставником, учил их технике, музыкальной форме и инструментовке, но еще более — истинному пониманию лучших музыкальных созданий. Говоря про свои отношения к молодому Мусоргскому, Балакирев писал мне в 1881 году: «Так как я не теоретик, я не мог научить Мусоргского гармонии (как, например, теперь учит Н. А. Римский-Корсаков), но я объяснял ему „форму сочинений“. Для этого мы переиграли с ним в 1857–1858 годах в четыре руки все симфонии Бетховена и многое другое еще из сочинений Шумана, Шуберта, Глинки и других; я объяснял ему технический склад исполняемых нами сочинений и его самого занимал разбором формы». Нечто подобное предпринято было четыре года позже Балакиревым и в отношении Бородина, но только с тою разницею, что этот последний в то время уже гораздо более молодого, начинающего Мусоргского знал и слышал хорошей музыки: Бетховен и Глинка (хотя и далеко не весь) уже давно и твердо были ему известны, да и сам Балакирев в эти четыре года далеко стоял выше Балакирева 1858 года. У него уже сочинены были почти все лучшие его романсы и весь «Лир»; Бесплатная музыкальная школа была уже им задумана и создана. Он был вполне зрелый художник. Но учительство Балакирева, столько же выросшее, имело в отношении к Бородину то общее с учительством его в отношении к Мусоргскому, к Кюи и Римскому-Корсакову, что он во всех их воспитывал самостоятельность и независимость музыкального понимания. Одаренный от природы необыкновенным критическим даром и тактом, Балакирев не преклонялся ни перед каким музыкальным авторитетом только потому, что он давно таким был признан в Европе. Он старался анатомировать и вглядеться во все сам, не слушаясь и не боясь никакой традиции, и часто приходил в своих глубоких и метких анатомиях к результатам, совершенно противоположным тому, что общепринято. С такой самостоятельностью мысли воспитался под влиянием Балакирева и Бородин. Все его понятия быстро изменились и перестановились. Последние остатки мендельсонизма окончательно исчезли. Но, сверх того, Бородин был обязан Балакиреву чем-то другим еще. «Наше знакомство, — пишет мне Балакирев, — имело для него то важное значение, что до встречи со мной он считал себя только дилетантом и не придавал значения своим упражнениям в сочинении. Мне кажется, что я был первым человеком, сказавшим ему, что настоящее его дело — композиторство. Он с жаром принялся сочинять свою Es-dur'ную симфонию. Каждый такт проходил через мою критическую оценку, а это в нем могло развивать критическое художественное чувство, окончательно определившее его музыкальные вкусы и симпатии…»