Если знаменательно было избрание и возведение на митрополитский престол Илариона Собором русских епископов при великом князе Ярославе, то еще более знаменательным должно назвать подобное же избрание Климента, случившееся во дни великого князя Изяслава II. Тогда все совершилось спокойно: не видно, чтобы кто-либо из епископов, бывших на Соборе, воспротивился воле князя и назвал избрание Илариона незаконным; не видно, чтобы новоизбранный митрополит не захотел подчинить себя власти Константинопольского патриарха или последний не согласился признать Илариона в сане первосвятителя Русской Церкви; не видно, наконец, чтобы такое избрание первосвятителя имело какие-либо последствия в Русской Церкви, произвело в ней какие-либо перемены. Событие произошло тихо и без всякой борьбы, может быть, оттого, что, с одной стороны, русские по недавности своего обращения к вере еще не привыкли считать необходимостию избрание и поставление своего митрополита Константинопольским патриархом, а с другой — Константинопольские патриархи еще окончательно не решили, как смотреть на Русскую Церковь и не предоставить ли ей самой согласно с древними канонами права избирать для себя первосвятителя.
Теперь, когда со времени основания Русской Церкви протекло уже более полутораста лет, когда избрание и поставление русских митрополитов в Константинополе освятилось обычаем, теперь видим совсем другое. На Соборе, который созвал великий князь Изяслав для избрания и поставления митрополита Климента без сношения с Константинопольским патриархом, нашлись епископы, которые назвали такой поступок незаконным и не соглашались участвовать в нем. Константинопольский патриарх, узнавший о возведении Климента на кафедру митрополии русской, не хотел признать его в этом сане. Сам Климент считал себя независимым от патриарха и в продолжение девяти лет своего пастырства вовсе не поминал его при богослужении в молитвах. Некоторые из епископов русских не захотели подчиниться Клименту как первосвятителю до самой его кончины. Некоторые даже из князей не соглашались признать его законным архипастырем и просили себе митрополита от Константинопольского патриарха. Видимо, происходила борьба двух начал, продолжавшаяся около двадцати лет (1147-1164): начала византийского, которое стремилось к тому, чтобы удержать за Константинопольским патриархом полную власть над Русскою Церковию, и начала русского, домогавшегося независимости Русской Церкви от патриарха или, по крайней мере, того, чтобы он без предварительного согласия русского великого князя не избирал и не присылал к нам митрополитов. Византийское начало на этот раз превозмогло, и еще около ста лет Русская Церковь оставалась по-прежнему в совершенной зависимости от Константинопольского патриарха.
В гражданском отношении у нас продолжался так называемый период удельный с его кровавыми междоусобиями, с набегами диких половцев и других соседственных народов, с грабежами и опустошениями, от которых едва ли даже не более чем прежде страдали не только православные жители России, но и храмы Божии и святые обители: самый Киев и его лучшие церкви и монастыри были разорены двукратно. Но, с другой стороны, у нас совершилась тогда в гражданском быту весьма важная перемена, начался новый порядок вещей. Древний первопрестольный град Киев, мать градов русских, и великое княжение Киевское, самое главное и могущественное из русских княжений, потеряли свое политическое значение. Взамен того на севере России по державной воле Андрея Боголюбского возникла новая столица — Владимир на Клязьме и образовалось новое великое княжение Владимирское, которое вскоре возвысилось и над Киевским, и над всеми прочими. Жизнь русская прилила с юга на север и начала быстро развиваться здесь. Эта гражданская перемена осталась не без влияния и на церковные дела. Андрей Боголюбский пытался открыть в своей новой столице новую митрополию, отдельную от Киевской. Один из Владимирских епископов, поставленный непосредственно Константинопольским патриархом, не хотел признать над собою власти Киевского митрополита. Во Владимире, Боголюбове и других местах великого княжения Владимирского воздвигнуты новые великолепные храмы, явились новые обители. Наконец, вся Россия, и северная и южная, а вместе с нею и Русская Церковь подверглись страшному нашествию монголов (1223-1240).
Усилия пап подчинить себе Русскую Церковь в настоящий период не только не уменьшились, но, кажется, даже увеличились: по крайней мере, известно гораздо более попыток в этом роде, хотя по-прежнему остававшихся без успеха. Только в двух местах России обстоятельства несколько поблагоприятствовали латинянам: на юге, где область Галицкая к концу XII и в начале XIII в. подпадала владычеству венгров и где открылось было явное гонение на православных от ревнителей папства, и на севере — в Ливонии, где около того же времени поселились и утвердились меченосцы и начали обращать к римской вере коренных обитателей страны, дотоль плативших дань полоцкому князю, и мало-помалу изглаждать следы русского владычества и православия.