Личность Бориса Годунова всегда пользовалась вниманием историков и беллетристов. В великой исторической Московской драме на рубеже XVI и XVII столетий Борису была суждена роль и победителя и жертвы. Личные свойства и дела этого политического деятеля вызывали у его современников как похвалы, выраставшие в панегирик, так и осуждение, переходившее в злую клевету. Спокойным исследователям событий и лиц надлежало устранить и то и другое, чтобы увидеть истинное лицо Бориса и дать ему справедливую оценку. Этот труд исследования взял на себя впервые младший современник Бориса автор «Временника» XVII века дьяк Иван Тимофеев, «книгочтец и временных книг писец». Однако, составив любопытнейшую характеристику «рабоцаря» (Бориса), он в конце концов сознался, что не умеет его понять и не может уразуметь, что преобладало в Борисе: добро или зло.
«В часе же смерти его [Бориса] никтоже весть, что возодоле и кая страна мерила претягну дел его, благая ли злая»,
— говорит Тимофеев. В самые первые годы XIX века такою же загадкою явился Борис для знаменитого Карамзина. Над «палаткою» (склепом) Годуновых в Троицкой лавре Карамзин риторически восклицал:
«Холодный пепел мертвых не имеет заступника, кроме нашей совести: все безмолвствует вокруг древнего гроба!.. Что, если мы клевещем на сей пепел, если несправедливо терзаем память человека, веря ложным мнениям, принятым в летописи бессмыслием или враждою?»
Тот же самый вопрос встает и перед историком нашего времени: до сих пор исторический материал, касающийся личной деятельности Бориса, настолько неясен, а политическая роль Бориса настолько сложна, что нет возможности уверенно высказаться о мотивах и принципах его деятельности и дать безошибочную оценку его моральным качествам. В этом находит свое объяснение и доныне существующая литературная разноголосица относительно Бориса. Если в драме и в исторической повести Борис является обычно с чертами интригана и злодея, то в этом следует видеть не столько выражение исторических убеждений авторов, сколько прием драматической концепции, творческой мысли. Но и в ученой литературе, даже до последних десятилетий, Борис у многих писателей выступает мрачным злодеем, идущим к трону через интригу, обман, насилие и преступление (Н. И. Костомаров, И. Д. Беляев, Казимир Валишевский). На этих писателей продолжает влиять та летописная и «житийная» традиции, которая в XVII–XVIII веках пользовалась силою официально установленной «истины» и только в XIX веке стала уступать усилиям свободной научной критики. Как глубоко эта традиция, невежественная и грубая, может возмущать неподчиненный ей ум, свидетельствуют скорбные и полные сарказма слова одного из новейших исследователей, посвященные «историографии» Бориса. Коснувшись мимоходом эпохи Бориса, профессор А. Я. Шпаков был изумлен обилием обвинений против Бориса и их легкомыслием.
«История Бориса Годунова, — говорит он, — описана в летописях и различных памятниках, а оттуда и у многих историков, весьма просто. После смерти Ивана Грозного Борис Голунов сослал царевича Димитрия и Нагих в Углич, Богдана Бельского подговорил устроить покушение на Феодора Ивановича, потом сослал его в Нижний, а И. Ф. Мстиславского — в заточение, где повелел его удушить; призвал жену Магнуса, „короля Ливонского“, дочь Старицкого князя Владимира Андреевича — Марью Владимировну, чтоб насильно постричь ее в монастырь и убить дочь ее Евдокию. Далее он велел перебить бояр и удушить всех князей Шуйских, оставив почему-то Василия да Дмитрия Ивановичей; затем учредил патриаршество, чтобы на патриаршем престоле сидел „доброхот“ его Иов; убил Димитрия, подделал извещение об убийстве, подтасовал следствие и постановление собора об этом деле, поджег Москву, призвал крымского хана, чтобы отвлечь внимание народа от убийства царевича Димитрия и пожара Москвы; далее он убил племянницу свою Феодосию, подверг опале Андрея Щелкалова, вероломно отплатив ему злом за отеческое к нему отношение, отравил Феодора Ивановича, чуть ли не силой заставил посадить себя на трон, подтасовав Земский собор и плетьми сбивая народ кричать, что желает именно его на царство; ослепил Симеона Бекбулатовича; после этого создал дело о заговоре „Никитичей“, Черкасских и других, чтобы „извести царский корень“, всех их перебил и заточил; наконец, убил сестру свою царицу Ирину за то, что она не хотела признать его царем; был ненавистен всем „чиноначальникам земли“ и вообще боярам за то, что грабил, разорял и избивал их, народу — за то, что ввел крепостное право, духовенству — за то, что отменил тарханы и потворствовал чужеземцам, лаская их, приглашая на службу в Россию и предоставляя свободно исповедовать свою религию, московским купцам и черни — за то, что обижал любимых ими Шуйских и Романовых и пр. Затем он отравил жениха своей дочери, не смог вынести самозванца и отравился сам. Вот и все»