Эфроимсон не унимался, он не мог смириться с пребыванием «во главе» науки Лысенко. Выйдя на свободу, он вновь подал свой труд, обвиняющий Лысенко в преступлениях против государства, против науки, в Прокуратуру СССР. Жена, М. Г. Цубина, «висела» у него на шее, пытаясь остановить его. Не остановила. С ним было нелегко.
Его опять никуда не брали на работу. На всю жизнь сохранил он восхищение замечательным человеком Маргаритой Ивановной Рудомино — она была директором Библиотеки иностранной литературы и преодолевала все трудности, чтобы брать на работу ранее репрессированных. Эфроимсон знал основные европейские языки. Он бросился в работу в своем неистовом стиле. Он писал статьи и обзоры по генетике человека. В 1961 году он написал новую книгу «Введение в медицинскую генетику». Ее удалось опубликовать лишь в 1964 году. Для этого потребовалось множество усилий, вмешательство именитых академиков В. В. Парина и А. И. Берга и... лишь через три года опубликовали книгу, остро необходимую врачам страны.
В 1967 году Эфроимсон стал заведовать отделом генетики Московского института психиатрии РСФСР. Им была создана научная школа и выполнены работы по генетике нервных болезней, олигофрений, психозов, эпилепсий, шизофрении. Написана целая серия статей и итоговая книга «Генетика олигофрений, психозов и эпилепсий» (вместе с М. Г. Блюминой).
Но он был «неудобен» для начальства. В 1975 году, в период самой активной исследовательской работы, его заставили уйти на пенсию.
По ходатайству коллег Эфроимсон был принят на работу в качестве профессора-консультанта в созданный когда-то Кольцовым институт, теперь называемый Институтом биологии развития имени Н. К. Кольцова. В этом качестве он прожил крайне продуктивный последний период своей жизни. Крайне продуктивный написанными, бесценными, но не опубликованными книгами.
В 1983—1984 годах я бывал у Владимира Павловича дома с целью записи на магнитофон его рассказов о жизни и о науке. Меня поражал его архив, особенно многотысячная картотека — материалы о медицинском, социальном и психологическом облике множества исторических личностей. Быт его был крайне суров. По 12—14 часов в сутки он работал в Ленинской библиотеке. Там у него был свой стол. В доме его не было ни радио, ни телевизора. Он спешил. Никаких отвлечений. Он писал книги. Как-то раз он предложил мне взять для сохранения весь архив — картотеку. Это я сделать не мог — негде было с достаточной надежностью разместить бесценное богатство.
Вероятно, наиболее полный архив сохранила Елена Артемовна Изюмова. Биолог по образованию, она стала журналистом. Она самоотверженно взяла на себя нелегкие заботы о быте Владимира Павловича, а в последние месяцы его жизни — он тяжело болел и тяжело умирал — взяла его к себе в дом... Можно понять, сколь это было трудно и как неоценимо. Владимир Павлович завещал ей свой архив. Вскоре после его смерти Е. Изюмова уехала в Израиль. Перед отъездом она передала архив Эфроимсона Российской Академии наук. Она не единственная, кто озабочен изданием трудов Владимира Павловича.
В 1995 году заботами М. Д. Голубовского была издана книга В. П. «Генетика этики и эстетики».
Другие книги В. П. еще ждут своего издания.
Сохраняемая у меня рукопись первой книги Эфроимсона, судя по записи на обложке папки, была подготовлена до 1980 года. С тех пор произошло множество чрезвычайных событий. Многое, о чем рискнул написать Владимир Павлович, после Горбачева стало предметом открытого и безопасного для автора анализа. Но книга Эфроимсона от этого не утратила ценности. Особенно интересны его портреты исторических и научных деятелей.
Вторая книга Эфроимсона «Биосоциальные факторы повышенной умственной активности» была депонирована 15 марта 1982 года в ВИНИТИ № 1161. Депонирована — взята на сохранение с возможностью получения ксерокопий по индивидуальным заказам. Тем не менее автор счел необходимым раздать ее машинописные копии на сохранение разным людям — он знал, сколь ненадежны бывают обязательства наших государственных учреждений. Он не надеялся на ее «нормальное» издание.
Книга эта уникальна. Она войдет в число ценностей, остающихся для последующих поколений от XX века. И дело вовсе не в конкретной интерпретации биохимических механизмов — предпосылок сверхобычной умственной активности гениев. Замечательна вся концепция автора и необъятность использованного им исторического материала — его упомянутой выше огромной картотеки.
Третья книга Эфроимсона «Генетические аспекты биосоциальной проблемы формирования личности» написана, судя по всему, в 1974—1976 годах. В предисловии автор пишет: «Отнюдь не собираясь оспаривать или умалять примат социального в развитии личности человека, примат, которому посвящена совершенно необозримая литература, научная, научно-популярная, популярная, мы намерены обратить все внимание на биологические и особенно генетические факторы, играющие все же существенную роль в возникновении неисчерпаемого разнообразия психик, развивающихся в рамках любых, пусть даже в общем схожих условий социальной среды, воспитания и образования».