Жизнь на скорости света. От двойной спирали к рождению цифровой биологии [заметки]
Сноски
1
Спасибо Патрику Каннингему, главному научному консультанту правительства Ирландии, за то, что указал на это. – В дальнейшем примечания автора обозначаются в тексте цифрами и приводятся в конце книги. Примечания переводчика обозначены астериском (*) и даны внизу соответствующих страниц.
2
Эукариоты – организмы, в клетке которых есть ядро и внутренние мембранные структуры. К эукариотам относятся все многоклеточные (животные, растения и грибы), а также протисты: амебы, инфузории, жгутиковые и др.
3
Эмпиризм – одно из важнейших направлений в философии Нового времени, утверждающее, что источником достоверного знания является один только чувственный опыт. В XVII веке эмпиризм стал идеологией нарождающегося естествознания.
4
Циановая (цианатная) кислота НОСN (не путать с синильной кислотой НСN) при соединении с аммиаком дает цианат аммония NН>4СN, который при нагревании превращается в мочевину (NН>2)>2СО.
5
В русском переводе А. А. Малиновского, откуда взята основная цитата, значится «шифровальный код».
6
Один ангстрем – это примерно размер одного атома, одна десятимиллиардная метра.
7
В опытах Сэнгера синтез ДНК с одинаковых матриц шел параллельно в четырех пробирках, в каждой из которых часть нуклеотидов одного из типов (А, Т, Ц или Г) была представлена дидезоксинуклеотидами, меченными радиоактивным фосфором. Присоединение такого нуклеотида обрывало дальнейший синтез. В результате в каждой пробирке получался набор фрагментов ДНК, оборванных в случайном месте (но всегда – по одному и тому же нуклеотиду). Затем все четыре набора подвергались электрофорезу в акриламидном геле, в ходе которого фрагменты распределялись в соответствии со своей длиной: чем короче фрагмент, тем дальше он успевал продвинуться в геле под действием электрического поля. Наконец, все четыре полоски геля выкладывались рядком на рентгеновскую пленку, и по картине распределения меток восстанавливалась последовательность нуклеотидов во всей цепочке. Скажем, самая дальняя метка на пленке оставлена полоской с меченым А – значит, первый нуклеотид в последовательности – А. Следующая по дальности метка оставлена полоской с меченым Ц – значит, второй нуклеотид – Ц. И так до полной расшифровки последовательности.
8
Буран-77 – катастрофическая снежная буря на северо-западе штата Нью-Йорк (где расположен город Баффало) 28 января – 1 февраля 1977 года. Скорость ветра достигала 111 км/час, температура опускалась до –57 °C, толщина снежного покрова местами превышала 2,5 м. Буран парализовал транспортное сообщение и работу электросетей.
9
Экспрессией гена в молекулярной биологии называется реализация закодированной в нем информации; первый этап экспрессии гена – считывание с него матричной РНК.
10
Библиотека генов, клонотека – коллекция клонов, представляющих генетический материал данного организма.
11
В русской литературе этод метод называют также «методом дробовика».
12
Смысловой называется та из двух цепочек в молекуле ДНК, с которой считывается РНК. Вторая (антисмысловая) цепочка комплементарна смысловой и служит матрицей для синтеза смысловой цепочки при удвоении ДНК.
13
Автор не вполне точен. Российская часть остаточных запасов вируса оспы хранится не в Москве, а в Государственном научном центре вирусологии и биотехнологии «Вектор» в г. Кольцово близ Новосибирска.
14
Малая оспа (белая оспа, аластрим) – заболевание, вызываемое южноамериканской разновидностью вируса оспы. По клиническим и эпидемиологическим показателям очень сходно с обычной оспой, но в большинстве случаев протекает легче и не оставляет рубцов на коже.
15
Цитата из Фрэнсиса Бэкона, писавшего, что цель науки – расширение власти человека над природой, «покуда все не станет для него возможным».
16
«Мусор на входе – мусор на выходе» (Garbage In, Garbage Out, GIGO) – принцип информатики, означающий, что результат обработки неточных или неверных исходных данных неизбежно также будет неточным или неверным, как бы совершенна ни была процедура обработки.
17
Каждые три нуклеотида в этой записи соответствуют определенной аминокислоте, входящей в состав природных белков. Таких аминокислот всего 20, каждая из них, помимо традиционного химического названия (глицин, аланин и т. д.), обозначается одной из букв латинского алфавита (см. приложение). Этим и воспользовалась группа Вентера, кодируя свои подписи. Если заменить тройки нуклеотидов (кодоны) буквенными обозначениями соответствующих аминокислот, получится надпись LTSNCRAIGVENTERLTSstop. В ее середине (символы 5–15) можно прочесть имя автора – Craig Venter. Символы 1–4 и 16–18 – «тэги», обозначающие начало и конец «водяного знака». Последнему кодону TAA не соответствует никакая аминокислота – это стоп-кодон, знак окончания считывания.
18
Кб – «килобаза», т. е. тысяча оснований.
19
Описываемый эксперимент был проведен Шпеманом в 1901 году.
20
Риккетсии – обширная группа мелких альфа-протеобактерий, значительную часть которой составляют внутриклеточные паразиты. К риккетсиям относятся, в частности, возбудители сыпного тифа и пятнистой лихорадки Скалистых гор.
21
В данном случае речь идет о кодоне в матричной РНК, с которой непосредственно считывается белок. В смысловой цепочке ДНК этому кодону соответствует кодон АЦТ.
22
FIGE – гель-электрофорез в инвертируемом поле.
23
То есть геномы из 10 искусственных и одного природного фрагмента.
24
Здесь: совершенства (фр.).
25
Это не совсем верно. Представление о том, что живые организмы не только содержат клетки, но и целиком состоят из них, утвердилось только в XIX веке.
26
Рибонуклеаза P – комплексный фермент, состоящий из соединенных вместе молекул РНК и белка. Сидней Альтман показал, что РНК-компонент рибонуклеазы P способен выполнять функции фермента (разрезать другие молекулы РНК) и в отсутствие белка.
27
Транскриптом – совокупность всех молекул РНК данной клетки или организма; протеом – совокупность всех белковых молекул, метаболом – совокупность всех низкомолекулярных соединений, являющихся конечными продуктами обмена веществ (метаболизма).
28
Домен – крупный участок белковой молекулы, складывание которого во вторичную структуру происходит независимо от других участков. Как правило, домен обладает собственной функцией.
29
Имеются в виду гены, обеспечивающие апоптоз – запрограммированное самоуничтожение клеток с сильно уклоняющимися свойствами (например, вступивших в процесс злокачественного перерождения).
30
Этот белковый комплекс часто называют просто «лизин» (lysin), но в русском переводе такое название создало бы путаницу, поскольку точно так же называется одна из штатных аминокислот (lysine).
Комментарии
1
Спасибо Патрику Каннингему, главному научному консультанту правительства Ирландии, за то, что указал на это. – В дальнейшем примечания автора обозначаются в тексте цифрами и приводятся в конце книги. Примечания переводчика обозначены астериском (*) и даны внизу соответствующих страниц.
2
Walter J. Moore. Schrödinger: Life and Thought (Cambridge University Press, 1989), стр. 66.
3
Timofeeff-Ressovsky, Nikolai V., Karl G. Zimmer, Max Delbruck (1935). “Uber die Natur der Genmutation und der Genstruktur” [“On the Nature of Gene Mutation and Gene Structure”]. Nachrichten von der Gesellschaft der Wissenschaften zu Gottingen, Mathematisch-physikalische Klasse, Fachgruppe VI, Biologie, Neue Folge, 1, 13, стр. 189–245.
4
Dawkins, Richard (1995). River Out of Eden. New York: Basic Books. ISBN0–465–06990–8.
5
Kimura, Motoo (1961). “Natural selection as the process of accumulating genetic information in adaptive evolution.” Genetical Research, 2, стр. 127–140.
6
Brenner, Sydney. “Life’s Code Script.” Nature 482, стр. 461, 23 февраля 2012.
7
Kress, W. J., and D. L. Erickson (2008). “DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics.” PNAS105 (8), стр. 2761–2762.
8
Qian, Lulu, and Erik Winfree. “Scaling Up Digital Circuit Computation with DNA Strand Displacement Cascades.” Science, 3 июня 2011, 332 (6034), стр. 1196–1201.
9
Church, George M., Yuan Gao, and Sriram Kosuri. “Next-Generation Digital Information Storage in DNA.” Science 28, сентябрь 2012, 337 (6102), стр. 1628. Опубликовано онлайн 16 августа 2012.
10
http://edge.org/conversation/what-is-life
11
Benner, Steven. Life, the Universe… and the Scientific Method (2009), стр. 45.
12
http://archive.org/stream/dynamicslivingm00loebgoog#page/n6/mode/2up
13
Lemov, Rebecca. World as Laboratory (2005). Hill and Wang.
14
Книга была опубликована в 1627 году, через год после смерти Бэкона.
15
http://oregonstate.edu/instruct/phl302/texts/bacon/atlantis.html
16
With the new knowledge acquired by science, the enlightened mind no longer needs to see the fabrication of protoplasm in order to be convinced of the absence of all essential difference and all absolute discontinuity between living and not-living matter.
17
Некоторые описывают Берцелиуса как виталиста, но, как указывает Джон Брук, с этим утверждением надо быть поосторожнее. John H. Brooke: “Wöhler’s Urea and its Vital Force – a verdict from the Chemists.” Ambix 15 (1968), 84.114.
18
Цитата из The Life and Work of Friedrich Wöhler (1800–1882). Edited by Johannes Buttner. Edition Lewicki-Buttner, vol. 2. Verlag T. Bautz GmbH. E-book.
19
“…denn ich kann, so zu sagen, mein chemisches Wasser nicht halten und mus Ihnen sagen, das ich Harnstoff machen kann, ohne dazu Nieren oder uberhaupt ein Thier, sey es Mensch oder Hund, nothig zu haben.” Otto Wallach, editor, Briefwechsel zwischen J. Berzelius und F. Wöhler (Leipzig: Engelmann, 1901), vol. 1, стр. 206.
20
The Life and Work of Friedrich Wöhler (1800–1882). Edited by Johannes Buttner. Edition Lewicki-Buttner, vol. 2. (Kindle Locations 1927–1933.) Verlag T. Bautz GmbH. Kindle Edition.
21
http://www.biodiversitylibrary.org/item/46624#page/20/mode/1up
22
Ramberg, Peter J. “The Death of Vitalism and the Birth of Organic Chemistry: Wöhler’s Urea Synthesis and the Disciplinary Identity of Organic Chemistry.” Ambix, Vol. 47, Part 3, ноябрь 2000, стр. 174.
23
Lehrbuch der organischen Chemie (Учебник по органической химии).
24
http://www.fullbooks.com/Scientific-American-Sup-plement-No-3621.html
25
Brooke, John H. “Wohler’s Urea and its Vital Force – a verdict from the Chemists.” Ambix 15 (1968) 84.114.
26
Brooke, John H. “Wohler’s Urea and its Vital Force – a verdict from the Chemists.” Ambix 15 (1968) 84.114.
27
Waller, John. Fabulous Science: Fact and Fiction in the History of Scientific Discovery (Oxford University Press, 2010), стр. 18.
28
Le Dantec, Felix Alexandre. The Nature and Origin of Life. Trans. Stoddard Dewey. New York: A. S. Barnes, 1906.
29
Turing, A. M. Phil., Trans. R. Soc. Lond., B237, стр. 37–72 (1952).
30
Moreno, Jonathan D., Editor-in-Chief of Science Progress: http://scienceprogress.org/2010/05/synbio-ethics/.
31
Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 284.
32
Schrodinger, Erwin. What is Life? (1944), стр. 20–21.
33
Brenner, Sydney, Nature, 482, 461 (2012).
34
Watson, J. D., and F. H. Crick (April 1953). “Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid.” Nature, 171 (4356), стр. 737–738.
35
Turing, A. M. “Computing Machinery and Intelligence.” Mind, New Series, Vol. 59, № 236, октябрь 1950, стр. 433–460.
36
http://www.loebner.net/Prizef/TuringArticle.html
37
Bedau, Mark A. “Artificial life: organization, adaptation and complexity from the bottom uстр.” Trends in Cognitive Sciences (November 2003). http://people.reed.edu/~mab/publications/papers/BedauTICS03.pdf
38
Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 3.
39
http://www.edge.org/3rd_culture/dyson/dyson_p2.html
40
http://www.mitpressjournals.org/doi/abs/10.1162/106454604773563612
41
Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 336.
42
http://edge.org/conversation/a-universe-of-self-replicating-code/
43
Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 233.
44
Avery, O. T. Letter quoted by R. D. Hotchkiss. “Gene, transforming principle, and DNA.” In Phage and the Origins of Molecular Biology, edited by J. Cairns, G. S. Stent, and J. D. Watson. Cold Spring Harbor, N. Y.: Cold Spring Harbor Laboratory of Quantitative Biology, 1966.
45
Darwin, Erasmus. Zoonomia; or the Laws of Organic Life (1794). http://books.google.co.uk/books?id=A0gSAAAAYAAJ
46
Avery, O. T., Colin M. MacLeod, and Maclyn McCarty. “Studies on the Chemical Nature of the Substance Inducing Transformation of Pneumococcal Types: Induction of Transformation by a Desoxyribonucleic Acid Fraction Isolated from Pneumococcus Type III.” Январь 1944. Exстр. Med., 79, стр. 137–158.
47
Stegenga, Jacob. “The Chemical Characterization of the Gene: Vicissitudes of Evidential Assessment Hist.” Phil. Life Sci., 33 (2011), стр. 105–127.
48
Sanger, F., 1952. “The arrangement of amino acids in proteins.” Adv. Protein Chem. 7, стр. 1–66.
49
Stretton, Antony O. W. “The First Sequence: Fred Sanger and Insulin.” Genetics, October 1, 2002, Vol. 162, № 2, стр. 527–532.
50
Sanger, F., 1988. “Sequences, sequences, and sequences.” Annu. Rev. Biochem. 57, стр. 1–28.
51
Hershey, A. D., and M. Chase (1952). “Independent functions of viral protein and nucleic acid in growth of bacteriophage.” J. Gen. Physiol. 36, стр. 39–56.
52
Фото 51, сделанное Франклином, теперь стало экспонатом в музее истории науки в Институте Крейга Вентера.
53
Watson, J. D., and F. H. Crick (апрель 1953). “Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid.” Nature 171 (4356), стр. 737–738.
54
http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinsheimer.pdf
55
Erling Norrby. Nobel Prizes and Life Sciences. World Scientific Publishing Company; 24 сентября 2010.
56
Jackson, D. A., R. H. Symons, and P. Berg (1972). “Biochemical method for inserting new genetic information into DNA of simian virus 40: Circular SV40 DNA molecules containing lambda phage genes and the galactose operon of Escherichia coli.” Proceedings of the National Academy of Sciences 69 (10), стр. 2904–2909.
57
Jaenisch, R., and B. Mintz (1974). “Simian Virus 40 DNA sequences in DNA of helath adult mice derived from preimplantation blastocysts injected with viral DNA.” Proceedings of the National Academy of Sciences 71 (4), стр. 1250–1254.
58
Lederberg, Joshua. “DNA Splicing: Will Fear Rob Us of Its Benefits?” Prism 3 (ноябрь 1975), стр. 33–37.
59
https://pictures.royalsociety.org/image-rs-6108
60
Diechmann, Ute. “ ‘Molecular’ versus ‘Colloidal’: Controversies in Biology and Biochemistry, 1900–1940. ”Bll. Hist. Chem. Vol. 32, № 2 (2007). http://www.scs.illinois.edu/~mainzv/HIST/awards/OPA%20Papers/2009-Deichmann.pdf
61
Alberts, Bruce. “The Cell as a Collection of Protein Machines: Preparing the Next Generation of Molecular Biologists.” Cell, Vol. 92, стр. 291 (6 февраля 1998).
62
Piccolino, Marco. “Biological machines: from mills to molecules.” Nature Reviews Molecular Cell Biology 1, стр. 149–152 (ноябрь 2000).
63
Engel, Gregory S., Tessa R. Calhoun, Elizabeth L. Read, Tae-Kyu Ahn, Tomaš Mancal, Yuan-Chung Cheng, Robert E. Blankenship & Graham R. Fleming. “Evidence for wavelike energy transfer through quantum coherence in photosynthetic systems.” Nature 446, стр. 782–786 (12 апреля 2007).
64
Fleming, Graham R., Gregory D. Scholes, Yuan-Chung Cheng. “Quantum effects in biology.” Procedia Chemistry, Vol. 3, Issue 1, 2011, стр. 38–57, ISSN1876–6196, 10.1016/j.proche.2011.08.011. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1876619611000507
65
Martin-Delgado, M. A. “On Quantum Effects in a Theory of Biological Evolution.” Scientific Reports 2, Article number: 302, 12 марта 2012.
66
Frank, Joachim, and Rajendra Kumar Agrawal. “A ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation.” Nature 406, стр. 318–322 (20 июля 2000).
67
http://library.cshl.edu/oralhistory/interview/cshl/memories/harry-noller-and-ribosome/
68
Napoli, C., Lemieux, C., Jorgensen, R. (1990). “Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co-Suppression of Homologous Genes in trans.” Plant Cell 2 (4), стр. 279–289.
69
Eden, E., N. Geva-Zatorsky, I. Issaeva, A. Cohen, E. Dekel, T. Danon, L. Cohen, A. Mayo, U. Alon. “Proteome half-life dynamics in living human cells.” Science, 11 февраля 2011, 331 (6018), стр. 764–768. Опубликовано онлайн 13 января 2011.
70
Видео про складывание белка можно посмотреть на http://www.youtube.com/watch?v =sD6vyfTtE4U&feature=youtu.be. См. также http://www.ks.uiuc.edu/Research/folding/
71
Sun, Fei, Zhibao Mi, Steven B. Condliffe, Carol A. Bertrand, Xiaoyan Gong, Xiaoli Lu, Ruilin Zhang, Joseph D. Latoche, Joseph M. Pilewski, Paul D. Robbins, and Raymond A. Frizzell. “Chaperone displacement from mutant cystic fibrosis transmembrane conductance regulator restores its function in human airway epithelia.” The FASEB Journal, Vol. 22, № 9, стр. 3255–3263. 2 сентября 2008.
72
Varshavsky, Alexander (1997). “The N-end rule pathway of protein degradation.” Genes to Cells 2 (1), стр. 13–28.
73
Oster, George, and Hongyun Wang. “How Protein Motors Convert Chemical Energy into Mechanical Work” (2003). In Molecular Motors, edited by M. Schliwa (Wiley-VCH). http://users.soe.ucsc.edu/~hongwang/publications/Schliwa_08.pdf
74
Oster, George, and Hongyun Wang. “How Protein Motors Convert Chemical Energy into Mechanical Work” (2003). In Molecular Motors, edited by M. Schliwa (Wiley-VCH). http://users.soe.ucsc.edu/~hongwang/publications/Schliwa_08.pdf
75
Brenner, Sydney. “Biochemistry Strikes Back.” In The Inside Story, edited by Jan Witkowski, 2005, стр. 367.
76
Gilbert, Walter, and Allan Maxam. “The Nucleotide Sequence of the lac Operator.” Proc. Nat. Acad. Sci. USA, Vol. 70, № 12, Part I, стр. 3581–3584, 1973.
77
Holley, R. W., G. A. Everett, J. T. Madison, A. Zamir (май 1965). “Nucleotide Sequences In The Yeast Alanine Transfer Ribonucleic Acid.” J. Biol. Chem. 240 (5), стр. 2122–2128. PMID14299636.
78
Brownlee, G. G.; F. Sanger, B. G. Barrell (1967). “Nucleotide sequence of 5S-ribosomal RNA from Escherichia coli.” Nature 215 (5102), стр. 735–736.
79
Sanger, F., G. M. Air, B. G. Barrell, N. L. Brown, A. R. Coulson, C. A. Fiddes, C. A. Hutchinson, P. M. Slocombe, et al. (1977). “Nucleotide sequence of bacteriophage φX174 DNA.” Nature 265 (5596), стр. 687–695.
80
http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinsheimer.pdf
81
Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life. Penguin. E-book.
82
Sanger, Frederick, Nobel lecture, 8 декабря 1980.
83
Chung, F. Z., K. U. Lentes, J. Gocayne, M. Fitzgerald, D. Robinson, A. R. Kerlavage, C. M. Fraser, J. C. Venter. “Cloning and sequence analysis of the human brain beta-adrenergic receptor. Evolutionary relationship to rodent and avian beta-receptors and porcine muscarinic receptors.” FEBS Lett, 26 января 1987; 211(2), стр. 200–206.
84
Smith, Lloyd M., Jane Z. Sanders, Robert J. Kaiser, Peter Hughes, Chris Dodd, Charles R. Connell, Cheryl Heiner, Stephen B. H. Kent & Leroy E. Hood. “Fluorescence detection in automated DNA sequence analysis.” Nature 321, стр. 674–679 (12 июня 1986).
85
Adams, M. D., J. M. Kelley, J. D. Gocayne, M. Dubnick, M. H. Polymeropoulos, H. Xiao, C. R. Merril, A. Wu, B. Olde, R. F. Moreno, et al. “Complementary DNA sequencing: Expressed sequence tags and human genome project.” Science 252, стр. 1651–1656 (1991).
86
Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life. Penguin. E-book.
87
Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life. Penguin. E-book.
88
Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life. Penguin. E-book.
89
Fraser, C. M., J. D. Gocayne, O. White, M. D. Adams, R. A. Clayton, R. Fleischmann, C. J. Bult, A. R. Kerlavage, G. Sutton, J. M. Kelley, J. L. Fritchman, J. F. Weidman, K. V. Small, M. Sandusky, J. Fuhrmann, D. Nguyen, T. R. Utterback, D. M. Saudek, C. A. Phillips, J. M. Merrick, J. Tomb, B. A. Dougherty, K. F. Bott, P. Hu, T. S. Lucier, S. N. Peterson, H. O. Smith, C. A. Hutchison, J. C. Venter. “The Minimal Gene Complement of Mycoplasma genitalium.” Science 270, стр. 397–403 (1995).
90
Lee, M. G., and P. Nurse. “Complementation used to clone a human homologue of the fission yeast cell cycle control gene cdc2.” Nature 327, стр. 31–35 (1987).
91
Koonin, Eugene V., Arcady R. Mushegian, and Kenneth E. Rudd. “Sequencing and analysis of bacterial genomes.” Current Biology 1996, Vol. 6, № 4, стр. 404–416.
92
Woese, Carl R.; George E. Fox (1977). “Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 74 (11), стр. 5088–5090.
93
Bult, C. J., White, O., Olsen, G. J., Zhou, L., Fleischmann, R. D., Sutton, G. G., Blake, J. A., FitzGerald, L. M., Clayton, R. A., Gocayne, J. D., Kerlavage, A. R., Dougherty, B. A., Tomb, J. F., Adams, M. D., Reich, C. I., Overbeek, R., Kirkness, E. F., Weinstock, K. G., Merrick, J. M., Glodek, A., Scott, J. L., Geoghagen, S. M., Weidman, J. F., Fuhrmann, J. L., Nguyen, D., Utterback, T. R., Kelley, J. M., Peterson, J. D., Sadow, P. W., Hanna, M. C., Cotton, M. D., Roberts, K. M. Hurst, M. A., Kaine, B. P., Borodovsky, M., Klenk, H. P., Fraser, C. M., Smith, H. O., Woese, C. R and Venter, J. C. “Complete Genome Sequence of the Methanogenic Archaeon, Methanococcus jannaschii.” Science 372, стр. 1058–1073 (1996).
94
Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life (Kindle Locations 3971–3975). Penguin. Kindle Edition.
95
Simonetta Gribaldo, Anthony M. Poole, Vincent Daubin, Patrick Forterre & Celine Brochier-Armanet. “The origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?” Nature Reviews Microbiology 8, стр. 743–752 (октябрь 2010). DOI: 10.1038/nrmicro2426
96
Raoult, D., M. Drancourt, S. Azza, et al. (февраль 2008). “Nanobacteria Are Mineralo Fetuin Complexes.” PLoS Pathog. 4 (2): e41. Garcia-Ruiz, J. M., Melero-Garcia, E., Hyde, S. T. (январь 2009). “Morphogenesis of self-assembled nanocry-stalline materials of barium carbonate and silica.” Science 323 (5912), стр. 362–365.
97
Tomb, J.-F., O. White, A. R. Kerlavage, R. A. Clayton, G. G. Sutton, R. D. Fleischmann, K. A. Ketchum, H. Р. Klenk, S. Gill, B. A. Dougherty, K. Nelson, J. Quackenbush, L. Zhou, E. F. Kirkness, Peterson, B. Loftus, D. Richardson, R. Dodson, H. G. Khalak, A. Glodek, McKenney, K., L. M. Fitzgerald, N. Lee, M. D. Adams, E. K. Hickey, D. E. Berg, J. D. Gocayne, T. R. Utterback, J. D. Peterson, J. M. Kelley, M. D. Cotton, J. M. Weidman, C. Fujii, C. Bowman, L. Whatthey, E. Wallin, W. S. Hayes, M. Borodovsky, Р. D. Karp, H. O. Smith, C. M. Fraser, and J. C. Venter. “The Complete Genome Sequence of the Gastric Pathogen Helicobacter pylori.” Nature 388, стр. 539–547 (1997).
98
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2005/marshall-cv.html
99
Klenk, et al. “The Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic, Sulphate-Reducing Archaeon Archae-oglobus fulgidu.” Nature 390, стр. 364–370, 1997.
100
Goffeau, A., B. G. Barrell, H. Bussey, R. W. Davis, B. Dujon, H. Feldmann, F. Galibert, J. D. Hoheisel, C. Jacq, M. Johnston, E. J. Louis, H. W. Mewes, Y. Murakami, P. Philippsen, H. Tettelin, and S. G. Oliver (1996). “Life with 6000 genes.” Science 274 (5287), стр. 546, стр. 563–567.
101
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1983/press.html
102
http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=28606
103
Синшаймер: «Два самых маленьких бактериальных вируса, согласно литературным данным, – это открытый в Англии S13 и открытый во Франции phi X 174. Вы можете спросить: «И как же они были открыты?» Ну, люди просто вроде как классифицировали вирусы. Они брали немного стоков из парижской канализации и смотрели: сколько там можно найти вирусов, на каких хозяевах, то есть клетках, их можно растить и на что будут похожи образуемые ими пятна лизиса. Название «phi X 174» означает, что это был 174-й полученный ими вирус в десятой серии фагов – и только. Ничего, кроме этого, оно не значит. Это была десятая серия проводимых ими экспериментов; X – это просто “десять”».
http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinshei-mer.pdf
105
The Arthur Kornberg Papers. “Creating Life in the Test Tube,” 1959–1970. National Library of Medicine. Kornberg DNA synthesis references: “Closer to Synthetic Life.” Time, 90 (22 декабря 1967), стр. 66. “Viable Synthetic DNA.” Science News, 92 (30 декабря 1967), стр. 629–630.
106
Nagata, S., H. Taira, A. Hall, L. Johnsrud, M. Streuli, J. Ecsodi, et al. “Synthesis in E. coli of a polypeptide with human leukocyte interferon activity.” Nature, 1980, 284, стр. 316–320.
107
Billeter, M. A., J. E. Dahlberg, H. M. Goodman, J. Hindley, and C. Weissmann. “Sequence of the first 175 nucleotides from the 5 terminus of Qbeta RNA synthesized in vitro.” Nature, 1969, 224, стр. 1083–1086.
108
Weissmann, Charles. “End of the Road.” Prion, 1 апреля 2012; 6 (2), стр. 97–104. DOI: 10.4161/pri.19778
109
Taniguchi, T., M. Palmieri, and C. Weissmann. “QB DNA-containing hybrid plasmids giving rise to QB phage formation in the bacterial host.” Nature, 1978, 274, стр. 223–228.
110
Racaniello, V. R., and D. Baltimore. (1981a). “Molecular cloning of poliovirus cDNA and determination of the complete nucleotide sequence of the viral genome.” Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, стр. 4887–4891.
111
См. 9-ю сноску в “Efficient Initiation of HCV RNA Replication in Cell Culture.” Keril J. Blight, Alexander A. Kolykhalov, and Charles M. Rice. Science 8, декабрь 2000, 290 (5498), стр. 1972–1974.
112
Wimmer, Eckard, Steffen Mueller, Terrence M. Tumpey, and Jeffery K. Taubenberger. “Synthetic viruses: a new opportunity to understand and prevent viral disease.” Nat. Biotechnol., декабрь 2009; 27 (12), стр. 1163.
113
Venter, J. Craig, Karin Remington, John F. Heidelberg, Aaron L. Halpern, Doug Rusch, Jonathan A. Eisen, Dongying Wu, Ian Paulsen, Karen E. Nelson, William Nelson, Derrick E. Fouts, Samuel Levy, Anthony H. Knap, Michael W. Lomas, Ken Nealson, Owen White, Jeremy Peterson, Jeff Hoffman, Rachel Parsons, Holly Baden-Tillson, Cynthia Pfannkoch, Yu-Hui Rogers, and Hamilton O. Smith. “Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea.” Science, 2 апреля 2004, 304 (5667), стр. 66–74.
114
http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinsheimer.pdf
115
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228366280031X
116
Cello, Jeronimo, Aniko V. Paul, and Eckard Wimmer. “Chemical Synthesis of Poliovirus cDNA: Generation of Infectious Virus in the Absence of Natural Template.” Science, 9 августа 2002, 297 (5583), стр. 1016–1018. Опубликовано онлайн 11 июля 2002. DOI: 10.1126/science.1072266
117
http://www.fbi.gov/about-us/history/famous-cases/anthrax-amerithrax/amerithrax-investigation
118
http://www.umass.edu/legal/derrico/amherst/lord_jeff.html
119
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/smallpox/en/
120
Cho, Mildred K., David Magnus, Arthur L. Caplan, Daniel McGee, and the Ethics of Genomics Grouстр. “Ethical Considerations in Synthesizing a Minimal Genome.” Science, 10 декабря 1999, 286 (5447), стр. 2087–2090.
121
Church, George, and Ed Regis. Regenesis: How Synthetic Biology Will Reinvent Nature and Ourselves. Basic, New York, 2012, стр. 9.
122
Cho, Mildred K., David Magnus, Arthur L. Caplan, Daniel McGee, and the Ethics of Genomics Grouстр. “Ethical Considerations in Synthesizing a Minimal Genome.” Science, 10 декабря 1999, 286 (5447), стр. 2087–2090.
123
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/482153a.html
124
Butler, Samuel. Erewhon, 1872, стр. 318–319.
125
Mirel, или полигидроксибутират. Биоразлагаемый полимер.
126
http://www.scarabgenomics.com/
127
Isaacs, Farren J., Peter A. Carr, Harris H. Wang, Marc J. Lajoie, Bram Sterling, Laurens Kraal, Andrew C. Tolonen, Tara A. Gianoulis, Daniel B. Goodman, Nikos B. Reppas, Christopher J. Emig, Duhee Bang, Samuel J. Hwang, Michael C. Jewett, Joseph M. Jacobson, and George M. Church. Science, 15 июля 2011, 333 (6040), стр. 348–353.
128
Moon, Tae Seok, Chunbo Lou, Alvin Tamsir, Brynne C. Stanton, and Christopher A. Voigt. “Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells.” Nature, 491, стр. 249–253 (8 ноября 2012).
129
Siuti, Piro, John Yazbek, and Timothy K. Lu. “Synthetic circuits integrating logic and memory in living cells.” Nature Biotechnology (2013). DOI: 10.1038/nbt.2510
130
Wuchty, S., B. F. Jones, and B. Uzzi. “The increasing dominance of teams in production of knowledge.” Science, 316 (5827), стр. 1036–1039 (2007).
131
Weissman, Kira J., and Peter F. Leadlay. “Combinatorial biosynthesis of reduced polyketides.” Nature Reviews Microbiology 3, стр. 925–936 (декабрь 2005).
132
Green, Richard E., Johannes Krause, Adrian W. Briggs, Tomislav Maricic, Udo Stenzel, Martin Kircher, Nick Patterson, Heng Li, Weiwei Zhai, Markus Hsi-Yang Fritz, Nancy F. Hansen, Eric Y. Durand, Anna-Sapfo Malaspinas, Jeffrey D. Jensen, Tomas Marques-Bonet, Can Alkan, Kay Prufer, Matthias Meyer, Hernan A. Burbano, Jeffrey M. Good, Rigo Schultz, Ayinuer Aximu-Petri, Anne Butthof, Barbara Hober, Barbara Hoffner, Madlen Siegemund, Antje Weihmann, Chad Nusbaum, Eric S. Lander, Carsten Russ, Nathaniel Novod, Jason Affourtit, Michael Egholm, Christine Verna, Pavao Rudan, Dejana Brajkovic, Zeljko Kucan, Ivan Gušic, Vladimir B. Doronichev, Liubov V. Golovanova, Carles Lalueza-Fox, Marco de la Rasilla, Javier Fortea, Antonio Rosas, Ralf W. Schmitz, Philip L. F. Johnson, Evan E. Eichler, Daniel Falush, Ewan Birney, James C. Mullikin, Montgomery Slatkin, Rasmus Nielsen, Janet Kelso, Michael Lachmann, David Reich, and Svante Paabo. “A Draft Sequence of the Neandertal Genome.” Science, 7 мая 2010, 328 (5979), стр. 710–722.
133
http://mammoth.psu.edu/index.html
134
Church, George, and Ed Regis. Regenesis: How Synthetic Biology Will Reinvent Nature and Ourselves. Basic, New York, 2012, стр. 11.
135
White, O., J. A. Eisen, J. F. Heidelberg, E. K. Hickey, J. D. Peterson, R. J. Dodson, D. H. Haft, M. L. Gwinn, W. C. Nelson, D. L. Richardson, K. S. Moffat, H. Qin, L. Jiang, W. Pamphile, M. Crosby, M. Shen, J. J. Vamathevan, P. Lam, L. McDonald, T. Utterback, C. Zalewski, K. S. Makarova, L. Aravind, M. J. Daly, K. W. Minton, R. D. Fleischmann, K. A. Ketchum, K. E. Nelson, S. Salzberg, H. O. Smith, J. C. Venter, C. M. Fraser, “Complete Genome Sequencing of the Radioresistant Bacterium, Deinococcus radiodurans R1.” Science, 19 ноября 1999, 286 (5444), стр. 1571–1577.
136
Venter, J. C., and C. Yung, eds. Target-Size Analysis of Membrane Proteins. Alan R. Liss, New York, 1987.
137
Itaya, Mitsuhiro, Kenji Tsuge, Maki Koizumi, and Kyoko Fujita. “Combining two genomes in one cell: Stable cloning of the Synechocystis PCC6803 genome in the Bacillus subtilis 168 genome.” PNAS, 2005, 102 (44), стр. 15971–15976. Опубликовано онлайн 18 октября 2005. DOI: 10.1073/pnas.0503868102
138
Larionov, V., N. Kouprina, J. Graves, X. N. Chen, J. R. Koren-berg, and M. A. Resnick. “Specific cloning of human DNA as yeast artificial chromosomes by transformation-associated recombination.” PNAS, 1996, 93 (1), стр. 491–496.
139
The Structure of Scientific Revolutions (1962), стр. 84–85.
140
Lartigue, C., J. I. Glass, N. Alperovich, R. Pieper, P. P. Parmar, C. A. Hutchison III, H. O. Smith, J. C. Venter. “Genome transplantation in bacteria: changing one species to another.” Science, 3 августа 2007, 317 (5838): стр. 632–638.
141
Wilmut, I., A. E. Schnieke, J. McWhir, A. J. Kind, K. H. Campbell (1997).
“Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells.” Nature 385 (6619), стр. 810–813.
142
Wilmut, I., and R. Highfield. After Dolly: The Uses and Misuses of Human Cloning. Norton, 2006.
143
Willadsen, S. M. Nature 320, 6 марта 1986, стр. 63–65. http://www.nature.com/nature/journal/v320/n6057/abs/320063a0.html
144
Spemann, H. (1938). Embryonic Development and Induction. Yale University Press, New Haven.
145
Gurdon, J. B. “The developmental capacity of nuclei taken from intestinal epithelium cells of feeding tadpoles.” J. Embryol. Exстр. Morphol. 34, стр. 93–112 (1962).
146
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2012/press.html#. См. также: Wilmut, I., and R. Highfield. After Dolly: The Uses and Misuses of Human Cloning. Norton, 2006.
147
Heidelberg, J. F., J. A. Eisen, W. C. Nelson, R. A. Clayton, M. L. Gwinn, R. J. Dodson, D. H. Haft, E. K. Hickey, J. D. Peterson, L. Umayam, S. R. Gill, K. E. Nelson, T. D. Read, H. Tettelin, D. Richardson, M. D. Ermolaeva, J. Vamathevan, S. Bass, H. Qin, I. Dragoi, P. Sellers, L. McDonald, T. Utterback, R. D. Fleishmann, W. C. Nierman, O. White, S. L. Salzberg, H. O. Smith, R. R. Colwell, J. J. Mekalanos, J. C. Venter, C. M. Fraser. “DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae.” Nature, 3 августа 2000, 406 (6795), стр. 477–483.
148
World Health Organisation. “Cholera Fact Sheet № 107” (август 2011). http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs107/en/index.html
149
Fischer, A., B. Shapiro, C. Muriuki, M. Heller, C. Schnee, et al. (2012). “The Origin of the ‘Mycoplasma mycoides Cluster’ Coincides with Domestication of Ruminants.” PLoS ONE7 (4), e36150.
150
ДНК может быть в сверхспиральном состоянии, только если она совершенно целая. Любые порезы или нехватки заставляют ее разворачиваться.
151
Идея, как полагают, восходит по крайней мере к Лапласу, который сказал: «Вес доказательств для чрезвычайного заявления должны быть соразмерен его странности».
152
“In ‘The Value of Science,’ What Do You Care What Other People Think?” (1988, 2001), стр. 247. Collected in The Pleasure of Finding Things Out (2000).
153
Gardner, H. Creating Minds: An Anatomy of Creativity Seen through the Lives of Freud, Einstein, Picasso, Stravinsky, Eliot, Graham, and Ghandi. New York: Harper Collins, 1993.
154
http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/shimomura.html
155
Lartigue, C., S. Vashee, M. A. Algire, R. Y. Chuang, G. A. Benders, L. Ma, V. N. Noskov, E. A. Denisova, D. G. Gibson, N. Assad-Garcia, N. Alperovich, D. W. Thomas, C. Merryman, C. A. Hutchison, III, H. O. Smith, J. C. Venter, J. I. Glass. “Creating bacterial strains from genomes that have been cloned and engineered in yeast.” Science, 25 сентября 2009, 325 (5948), стр. 1693–1696. DOI: 10.1126/science.1173759. Benders, Gwynedd A., Vladimir N. Noskov, Evgeniya A. Denisova, Carole Lartigue, Daniel G. Gibson, Nacyra Assad-Garcia, Ray-Yuan Chuang, William Carrera, Monzia Moodie, Mikkel A. Algire, Quang Phan, Nina Alperovich, Sanjay Vashee, Chuck Merryman, J. Craig Venter, Hamilton O. Smith, John I. Glass, and Clyde A. Hutchison, III. “Cloning whole bacterial genomes in yeast.” Nucleic Acids Res., май 2010; 38(8), стр. 2558–2569. Опубликовано онлайн 6 марта 2010. DOI: 10.1093/nar/gkq119
156
Lartigue, Carole, Sanjay Vashee, Mikkel A. Algire, Ray-Yuan Chuang, Gwynedd A. Benders, Li Ma, Vladimir N. Noskov, Evgeniya A. Denisova, Daniel G. Gibson, Nacyra Assad-Garcia, Nina Alperovich, David W. Thomas, Chuck Merryman, Clyde A. Hutchison, III, Hamilton O. Smith, J. Craig Venter, and John I. Glass. “Creating Bacterial Strains from Genomes That Have Been Cloned and Engineered in Yeast.” Science, 25 сентября 2009, 325 (5948), стр. 1693–1696. Опубликовано онлайн 20 августа 2009.
157
Например, у Windows XP примерно 45 миллионов строк кода. http://www.facebook.com/windows/posts/155741344475532
158
Gibson, Daniel G., John I. Glass, Carole Lartigue, Vladimir N. Noskov, Ray-Yuan Chuang, Mikkel A. Algire, Gwynedd A. Benders, Michael G. Montague, Li Ma, Monzia M. Moodie, Chuck Merryman, Sanjay Vashee, Radha Krishnakumar, Nacyra Assad-Garcia, Cynthia Andrews-Pfannkoch, Evgeniya A. Denisova, Lei Young, Zhi-Qing Qi, Thomas H. Segall-Shapiro, Christopher H. Calvey, Prashanth P. Parmar, Clyde A. Hutchison, III, Hamilton O. Smith, and J. Craig Venter. “Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome.” Science, 2 июля 2010, 329 (5987), стр. 52–56. Опубликовано онлайн 20 мая 2010.
159
Koshland, Jr., Daniel E. “The Seven Pillars of Life.” Science, 22 марта 2002, 295 (5563), стр. 2215–2216. DOI: 10.1126/science.1068489
160
The Feynman Lectures on Physics, Vol. I, 8–2.
161
“Craig Venter creates synthetic life form,” Guardian, 20 мая 2010. http://www.guardian.co.uk/science/2010/may/20/craig-venter-synthetic-life-form
162
Schewe, Phillip F. Maverick Genius: The Pioneering Odyssey of Freeman Dyson. Thomas Dunne, 2013.
163
“Researchers Say They Created a ‘Synthetic Cell,’ ” http://www.nytimes.com/2010/05/21/science/21cell.html
164
См. опрос Leveson Inquiry: http://www.levesoninquiry.org.uk/
165
http://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-1279988/Artificial-life-created-Craig-Venter – wipe-humanity.html
166
http://www.bioethics.gov/documents/synthetic-biology/PCSBI-Synthetic-Biology-Report-12.16.10.pdf
167
http://www.vatican.va/news_services/or/home_eng.html
168
http://life.ou.edu/pubs/fatm/
169
Nurse, Paul. “Wee beasties.” Nature 432 (7017), стр. 557 (декабрь 2004).
170
Jun Du, Shao, Zhiyuan Gong, Garth L. Fletcher, Margaret A. Shears, Madonna J. King, David R. Idler, and Choy L. Hew (1992). “Growth Enhancement in Transgenic Atlantic Salmon by the Use of an ‘All Fish’ Chimeric Growth Hormone Gene Construct.” Bio/Technology 10 (2), стр. 176–181.
171
Whitman, William B., David C. Coleman, and William J. Wiebe (1998). “Prokaryotes: The unseen majority.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (12), стр. 6578–6583. DOI: 10.1073/pnas.95.12.6578
172
Crick, Francis (1981). Life Itself: Its Origin and Nature. New York: Simon and Schuster. ISBN0–671–25562–2.
173
Price, C. C. Chem. Eng. News, 43 (39), стр. 90 (1965).
174
Miller, Stanley L. (мaй 1953). “Production of Amino Acids Under Possible Primitive Earth Conditions.” Science 117 (3046), стр. 528–529.
175
Oro, J., and A. Р. Kimball (август 1961). “Synthesis of purines under possible primitive earth conditions. I. Adenine from hydrogen cyanide.” Archives of Biochemistry and Biophysics 94, стр. 217–227. Oro, J., and S. S. Kamat (апрель 1961). “Amino-acid synthesis from hydrogen cyanide under possible primitive earth conditions.” Nature 190 (4774), стр. 442–443. Oro, J. (Fox, S. W., ed.). Origins of Prebiological Systems and of Their Molecular Matrices. New York Academic Press, 1967, стр. 137.
176
http://cshperspectives.cshlстр. org/content/4/7/a006742
177
Wöese, Carl. The Genetic Code. New York: Harper and Row, 1967.
178
Kruger, K., Р. J. Grabowski, A. J. Zaug, J. Sands, D. E. Gottsch-ling, T. R. Cech (ноябрь 1982). “Self-splicing RNA: autoexcision and autocyclization of the ribosomal RNA intervening sequence of Tetrahymena.” Cell 31 (1), стр. 147–157.
179
Guerrier-Takada, C., K. Gardiner, T. Marsh, N. Pace, S. Altman (1983). “The RNA moiety of ribonuclease P is the catalytic subunit of the enzyme.” Cell 35 (3 Pt 2), стр. 849–857.
180
Нобелевская премия 1989 года по химии была вручена Томасу Чеку и Сиднею Альтману «за открытие ими каталитических свойств РНК».
181
За свежим обзором я отсылаю читателей к David Deamer. First Life: Discovering the Connections Between Stars, Cells and How Life Began (University of California Press, 2011).
182
Джек Шостак был награжден Нобелевской премией 2009 года по физиологии и медицине вместе с Элизабет Блэкбёрн и Кэрол Грейдер за открытие теломерной защиты хромосом.
183
Szostak, Jack W., David P. Bartel, and Р. Luigi Luisi. “Synthesi-zing life.” Nature 409, стр. 387–390 (18 января 2001).
184
Рич Робертс, ныне работающий в New England Biolabs, разделил Нобелевскую премию 1993 года по физиологии и медицине с Филипом Шарпом за открытие интронов в ДНК эукариотов и механизма генного сплайсинга.
185
Chen, I. A., R. W. Roberts, J. W. Szostak. “The emergence of competition between model protocells.” Science, 3 сентября 2004, 305, стр. 1474–1476.
186
Isselbacher, Kurt J. “Paul C. Zamecnik (1912–2009).” Science, 4 декабря 2009, 326 (5958), стр. 1359.
187
Nirenberg, M. W., and H. J. Matthaei (1961). “The Dependence Of Cell-Free Protein Synthesis In E. coli Upon Naturally Occurring Or Synthetic Polyribonucleotides.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 47 (10), стр. 1588–1602.
188
Shimizu, Y., et al. (2001). “Cell-free translation reconstituted with purified components.” Nat. Biotechnol. 19, стр. 751–755.
189
Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I. Kitney, Karen Polizzi, and Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012, стр. 142.
190
Srivastava, Mansi, Oleg Simakov, Jarrod Chapman, Bryony Fahey, Marie E. A. Gauthier, Therese Mitros, Gemma S. Richards, Cecilia Conaco, Michael Dacre, Uffe Hellsten, Claire Larroux, Nicholas H. Putnam, Mario Stanke, Maja Adamska, Aaron Darling, Sandie M. Degnan, Todd H. Oakley, David C. Plachetzki, Yufeng Zhai, Marcin Adamski, Andrew Calcino, Scott F. Cummins, David M. Goodstein, Christina Harris, Daniel J. Jackson, et al. “The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity.” Nature 466, стр. 720–726 (5 августа 2010). DOI: 10.1038/nature09201
191
K. W. Jeon, I. J. Lorch, and J. F. Danielli. “Reassembly of Living Cells from Dissociated Components.” Science, 20 марта 1970, 167 (3925), стр. 1626–1627.
192
Darwin, Charles. On the Origin of Species (1859).
193
http://ec.europa.eu/information_society/activities/health/docs/projects/fp7/vph_projects_portofolio_2011.pdf
194
Noble, D. “Cardiac Action and Pacemaker Potentials based on the Hodgkin-Huxley Equations.” Nature 188, стр. 495–497 (5 ноября 1960).
195
Noble, D. “From the Hodgkin – Huxley axon to the virtual heart.” J. Physiol., 1 апреля 2007, 580 (1), стр. 15–22. Предпечатная публикация 5 октября 2006. DOI: 10.1113/jphysiol.2006.119370
196
http://www.humanbrainproject.eu/
197
http://europa.eu/rapid/press-release_IP-13–54_en.htm
198
Ishii, Nobuyoshi, Kenji Nakahigashi, Tomoya Baba, Martin Robert, Tomoyoshi Soga, Akio Kanai, Takashi Hirasawa, Miki Naba, Kenta Hirai, Aminul Hoque, Pei Yee Ho, Yuji Kakazu, Kaori Sugawara, Saori Igarashi, Satoshi Harada, Takeshi Masuda, Naoyuki Sugiyama, Takashi Togashi, Miki Hasegawa, Yuki Takai, Katsuyuki Yugi, Kazuharu Arakawa, Nayuta Iwata, Yoshihiro Toya, Yoichi Nakayama, Takaaki Nishioka, Kazuyuki Shimizu, Hirotada Mori, and Masaru Tomita. “Multiple High-Throughput Analyses Monitor the Response of E. coli to Perturbations.” Science 316, 27 апреля 2007 (5824), стр. 593.
199
http://wholecell.stanford.edu/
200
http://wholecellkb.stanford.edu/
201
Nierman, W. C., T. V. Feldblyum, M. T. Laub, I. T. Paulsen, K. E. Nelson, J. A. Eisen, J. F. Heidelberg, M. R. Alley, N. Ohta, J. R. Maddock, I. Potocka, W. C. Nelson, A. Newton, C. Stephens, N. D. Phadke, B. Ely, R. T. DeBoy, R. J. Dodson, A. S. Durkin, M. L. Gwinn, D. H. Haft, J. F. Kolonay, J. Smit, M. B. Craven, H. Khouri, J. Shetty, K. Berry, T. Utterback, K. Tran, A. Wolf, J. Vamathevan, M. Ermolaeva, O. White, S. L. Salzberg, J. C. Venter, L. Shapiro, and C. M. Fraser. “Complete genome sequence of Caulobacter crescentus.” Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 27 марта 2001, 98 (7), стр. 4136–4141. Erratum in Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 22 мая 2001, 98(11), стр. 6533. Eisen, J. [corrected to Eisen, J. A.].
202
Christen, Beat, Eduardo Abeliuk, John M. Collier, Virginia S. Kalogeraki, Ben Passarelli, John A. Coller, Michael J. Fero, Harley H. McAdams, and Lucy Shapiro. “The essential genome of a bacterium.” Molecular Systems Biology 7, article number: 528.
203
Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I Kitney, Karen Polizzi, and Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012.
204
Gardner, T. S., C. R. Cantor, and J. J. Collins (20 января 2000). “Construction of a genetic toggle switch in Escherichia coli.” Nature 403 (6767), стр. 339–342.
205
Tabor, J. J., H. Salis, Z. B. Simpson, A. A. Chevalier, A. Levskaya, E. M. Marcotte, C. A. Voigt, and A. D. Ellington. “A Synthetic Genetic Edge Detection Program.” Cell, 137 (7), стр. 1272–1281 (2009).
206
Danino, Tal, Octavio Mondragon-Palomino, Lev Tsimring, and Jeff Hasty. “A synchronized quorum of genetic clocks.” Nature 463, стр. 326–330 (21 января 2010).
207
www.clothocad.org
208
Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I. Kitney, Karen Polizzi, Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012, стр. 121.
209
http://www.jbioleng.org/content/2/1/8
210
Parasight, Imperial College London.
211
Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I. Kitney, Karen Polizzi, Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012, стр. 121.
212
http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n3/full/nbt.1802.html
213
http://www.nature.com/nnano/journal/v7/n6/full/nna№ 2012.65.html
214
http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2012/lc/c2lc40098g
215
Noireaux, V., R. Bar-Ziv, and A. Libchaber (2003). “Principles of cell-free genetic circuit assembly.” PNAS100, стр. 12672–12677.
216
http://library.cshl.edu/oralhistory/interview/cshl/research/zing-finger-proteins-discovery-and-application/
217
Miller, J., A. D. McLachlan, A. Klug (Июнь 1985). “Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes.” EMBO J. 4 (6), стр. 1609–1614.
218
Khalil, Ahmad S., Timothy K. Lu, Caleb J. Bashor, Cherie L. Ramirez, Nora C. Pyenson, J. Keith Joung, James J. Collins. “A Synthetic Biology Framework for Programming Eukaryotic Transcription Functions.” Cell, 3 августа 2012, Vol. 150, Issue 3, стр. 647–658.
219
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867412007805
220
http://www.synbiosafe.eu/uploads///pdf/Synthetic%20Genomics%20Options%20for%20Governance.pdf
221
http://www.edinethics.co.uk/synbio/synbio%20democs%20report.pdf http://www.nuffieldbioethics.org/emerging-biotechnologies
222
“Bridging Science and Security for Biological Research:
A Discussion about Dual Use Review and Oversight at Research Institutions. Отчет о встрече 13–14 сентября 2012.” American Association for the Advancement of Science in conjunction with the Association of American Universities, Association of Public and Land-Grant Universities, and the Federal Bureau of Investigation.
223
http://www.biofab.org/
224
Wohlsen, Marcus. Biopunk: DIY Scientists Hack the Sofware of Life. Current, New York, 2011. стр. 65 и 155.
225
Dyson, Freeman. “Our Biotech Future.” The New York Review of Books. 19 июля 2007.
226
http://www.cdc.gov/phpr/documents/Lancet_Article_Sept2011.pdf and “Bridging Science and Security for Biological Research: A Discussion about Dual Use Review and Oversight at Research Institutions. Отчет о встрече 13–14 сентября 2012.” American Association for the Advancement of Science in conjunction with the Association of American Universities, Association of Public and Land-Grant Universities, and the Federal Bureau of Investigation.
227
“Biotechnology Research in an Age of Terrorism: Confronting the ‘Dual Use’ Dilemma.” National Academies Press, Washington, D. C., 2004. http://www.naстр. edu/catalog.php?record_id=10827#toc
228
Wohlsen, Marcus. Biopunk: DIY Scientists Hack the Sofware of Life. Current, New York, 2011.
229
Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I. Kitney, Karen Polizzi, Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012, стр. 139.
230
Есть много формулировок. См. Foster, Kenneth R., Vecchia, Paolo, Repacholi, Michael H. (2000). “Science and the Precautionary Principle.” Science 288 (5468), стр. 979–981.
231
http://www.bioethics.gov/documents/synthetic-biology/PCSBI-Synthetic-Biology-Report-12.16.10.pdf
232
Asimov, Isaac. Introduction, The Rest of the Robots. Doubleday, 1964. ISBN0–385–09041–2.
233
http://gutenberg.net.au/ebooks06/0601391h.html
234
Капитан Кирк, “The Gamesters of Triskelion,” Star Trek, 5 января 1968. (Хотя фразу «Подними меня лучом, Скотти» давно связывают с сериалом и фильмами, она никогда не произносилась ни в одной из серий Star Trek или в фильмах.)
235
“It’s Such a Beautiful Day.” Star Science Fiction Stories, № 3, 1954.
236
Bennett, C. H., G. Brassard, C. Crepeau, R. Jozsa, A. Peres, and W. K. Wootters. “Teleporting an Unknown Quantum State via Dual Classical and Einstein-Podolsky-Rosen Channels.” Phys. Rev. Lett. 70 (1993), стр. 1895–1899.
237
Ma, Xiao-Song, Thomas Herbst, Thomas Scheidl, Daqing Wang, Sebastian Kropatschek, William Naylor, Bernhard Wittmann, Alexandra Mech, Johannes Kofler, Elena Anisimova, Vadim Makarov, Thomas Jennewein, Rupert Ursin, and Anton Zeilinger. “Quantum teleportation over 143 kilometres using active feed-forward.” Nature, 2012. DOI: 10.1038/nature11472
238
Awschalom, David D., Bassett, Lee C., Dzurak, Andrew S., Hu, Evelyn L., and Petta, Jason R. “Quantum Spintronics: Engineering and Manipulating Atom-Like Spins in Semiconductors.” Science, vol. 339, № 6124 (2013), стр. 1174–1179. DOI: 10.1126/science.1231364
239
Furusawa, A., J. L. Sorensen, S. L. Braunstein, C. A. Fuchs, H. J. Kimble, and E. S. Polzik. “Unconditional Quantum Teleportation.” Science 23, октябрь 1998, 282 (5389), стр. 706–709. DOI: 10.1126/science.282.5389.706
240
http://arxiv.org/abs/1211.2892
241
Scientific American, 14 февраля 2008. http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=why-teleporting-is-nothing-like-star-trek&page=2
242
«Фермионы» названы в честь великого Энрико Ферми (1901–1954), этот термин введен английским физиком Полем Дираком (1902–1984), поделившим Нобелевскую премию по физике за 1933 год с Эрвином Шрёдингером «за открытие новых плодотворных форм атомной теории».
243
Sasselov, Dimitar, в личной беседе 6 августа 2012.
244
Townes, Charles H. “The first laser.” In A Century of Nature: Twenty-One Discoveries that Changed Science and the World. Laura Garwin and Tim Lincoln, eds. University of Chicago Press (2003), стр. 107–112.
245
Chain, E., H. W. Florey, A. D. Gardner, N. G. Heatley, B. M. Jennings, J. Orr-Ewing, A. G. Sanders. “Penicillin as a chemotherapeutic Agent.” Lancet, 236 (6104), 24 августа 1940, стр. 226–228. Originally published as vol. 2, issue 6104.
246
Topp, Edward, Ralph Chapman, Marion Devers-Lamrani, Alain Hartmann, Romain Marti, Fabrice Martin-Laurent, Lyne Sabourin, Andrew Scott, and Mark Sumarah. “Accelerated Biodegradation of Veterinary Antibiotics in Agricultural Soil following Long-Term Exposure, and Isolation of a Sulfamethazine-degrading Microbacterium sстр.” Journal of Environmental Quality, 6 декабря 2012. DOI: 10.2134/jeq2012.0162
247
Fajardo, A., N. Martinez-Martin, M. Mercadillo, J. C. Galan, B. Ghysels, et al. (2008). “The Neglected Intrinsic Resistome of Bacterial Pathogens.” PLoS ONE3 (2), e1619.
248
Wright, Gerard D. “The antibiotic resistome: the nexus of chemical and genetic diversity.” Nature Reviews Microbiology, Vol. 5 (март 2007), стр. 175–186.
249
Lederberg, J., and E. L. Tatum (1946). “Gene recombination in E. coli.” Nature 158 (4016), стр. 558.
250
Carrs, Otto. “Meeting the challenge of antibiotic resistance.” British Medical Journal, 2008, 337, a1438.
251
Marx, Jean. “New Bacterial Defense Against Phage Invaders Identified.” Science, 23 марта 2007, 315 (5819), стр. 1650–1651.
252
Cairns, J., Gunther Stent, and James Watson. Phage and the Origins of Molecular Biology. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007, стр. 5.
253
http://newsarchive.asm.org/sep01/animalcule.asp
254
Sulakvelidze, Alexander, Zemphira Alavidze, and J. Glenn Morris, Jr. “Bacteriophage Therapy.” Antimicrob. Agents Chemother. март 2001; 45 (3), стр. 649–659. DOI: 10.1128/AAC.45.3.649–659.2001
255
d’Herelle, F. “Sur un microbe invisible antagoniste des bacillus dysenterique.” Comptes rendus Acad. Sci. Paris 1917; 165, стр. 373–375.
256
Hankin, E. H. (1896). “L’action bactericide des eaux de la Jumna et du Gange sur le vibrion du cholera.” Annales de l’Institut Pasteur 10, стр. 511–523.
257
http://www.eliava-institute.org/?rid=2
258
Cairns, J., Gunther Stent, and James Watson. Phage and the Origins of Molecular Biology. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007, стр. 5.
259
Editorial, “Limitations of bacteriophage therapy.” JAMA 1931; 96, стр. 693. Editorial, “Commercial aspects of bacteriophage therapy.” JAMA 1933; 100, стр. 1603–1604.
260
Summers, William C. “The Strange History of Phage Therapy.” Bacteriophage 2:2, 2012, стр. 130–133.
261
Stent, G. S. Molecular Biology of Bacterial Viruses. San Francisco and London: W. H. Freeman, 1963, стр. 8–9.
262
Summers, William C. “The Strange History of Phage Therapy.” Bacteriophage 2:2, 2012, стр. 130–133.
263
Gravitz, Lauren. “Turning a new phage.” Nature Medicine 18, 2012, стр. 1318–1320. DOI: 10.1038/nm0912–1318
264
Browning, Christopher, Mikhail Shneider, Valorie Bowman, David Schwarzer, and Petr Leiman. “Phage Pierces the Host Cell Membrane with the Iron-Loaded Spike.” Structure, Vol. 20, Issue 2, 8 февраля 2012, стр. 326–339.
265
Zahid, M. S., S. M. Udden, A. S. Faruque, S. B. Calderwood, J. J. Mekalanos, et al. (2008). “Effect of phage on the infectivity of Vibrio cholerae and emergence of genetic variants.” Infect. Immun. 76: стр. 5266–5273. Marx, Jean. “New Bacterial Defense Against Phage Invaders Identified.” Science 23, март 2007, 315 (5819), стр. 1650–1651.
266
McGowan, Sheena, Ashley M. Buckle, Michael S. Mitchell, James T. Hoopes, D. Travis Gallagher, Ryan D. Heselpoth, Yang Shen, Cyril F. Reboul, Ruby H. P. Law, Vincent A. Fischetti, James C. Whisstock and Daniel C. Nelson. “X-ray crystal structure of the streptococcal specific phage lysin PlyC.” PNAS, 17 июля 2012.
267
Wright, A., C. H. Hawkins, E. E. Anggard, and D. R. Harper.
“A controlled clinical trial of a therapeutic bacteriophage preparation in chronic otitis due to antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa; a preliminary report of efficacy.” Clin. Otolaryngol., август 2009, 34 (4), стр. 349–357.
268
Marinelli, L. J., et al. “Propionibacterium acnes bacteriophages display limited genetic diversity and broad killing activity against bacterial skin isolates.” mBio 3 (5), e00279, декабрь 2012.
269
Opticks, 2nd edition (1718), Book 3, Query 30, 349.
270
Gladman, Brett J., Joseph A. Burns, Martin Duncan, Pascal Lee, and Harold F. Levison. “The exchange of impact ejecta between terrestrial planets.” Science, 8 марта 1996, Vol. 271, № 5254, стр. 1387(6).
271
McKay, David S., et al. “Search for Past Life on Mars: Possible Relic Biogenic Activity in Martian Meteorite ALH84001.” Science, 273 (5277), стр. 924–930, 1996.
272
Wright, I. P., M. M. Grady, and C. T. Pillinger. “Organic materials in a martian meteorite.” Nature 340, 20 июля 1989, стр. 220–222.
273
The Carnegie Institution Geophysical Laboratory Seminar. “Analysis of evidence of Mars life.” Проводился 14 мая 2007; summary of the lecture given by Gilbert V. Levin, Ph.D., at http://arxiv.org/abs/0705.3176, published in Electroneuro-biologίa, Vol. 15 (2), стр. 39–47.
274
Paepe, Ronald (2007). “The Red Soil on Mars as a proof for water and vegetation (PDP).” Geophysical Research Abstracts 9 (1794). Исправлено 14 августа 2008.
275
Navarro-Gonzalez, R., et al. (2006). “The limitations on organic detection in Mars-like soils by thermal volatilization – gas chromatography – MS and their implications for the Viking results.” PNAS103 (44): стр. 16089–16094. См. также: http://www.earth.northwestern.edu/individ/seth/438/mckay.viking.pdf
276
http://www.nasa.gov/mission_pages/msl/multimedia/pia16576.html
277
http://news.nationalgeographic.com/news/2012/09/120927-nasa-marsscience-laboratory-curiosity-rover-water-life-jpl/
278
McCubbin, Francis M., Erik H. Hauri, Stephen M. Elardo, Kathleen E. Vander Kaaden, Jianhua Wang and Charles K. Shearer Jr.. “Hydrous melting of the Martian mantle produced both depleted and enriched shergottites.” Geology, G33242.1 (первая публикация 15 июня 2012).
279
Conference on the Geophysical Detection of Subsurface Water on Mars (2001).
280
www.lpi.usra.edu/meetings/marsconcepts2012/pdf/4385.pdf
281
Allentoft, Morten E., Matthew Collins, David Harker, James Haile, Charlotte L. Oskam, Marie L. Hale, Paula F. Campos, Jose A. Samaniego, M. Thomas P. Gilbert, Eske Willerslev, Guojie Zhang, R. Paul Scofield, Richard N. Holdaway, and Michael Bunce. “The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils.” Proc. R. Soc. B7, декабрь 2012, Vol. 279, № 1748, стр. 4724–4733.
282
http://news.sciencemag.org/scienceinsider/2012/02/failure-to-launch-mars-missions. html?ref=hp
283
http://www.bis.gov.uk/assets/ukspaceagency/docs/space-science/beagle-2-commission-of-inquiry-report.pdf
284
http://acquisition.jpl.nasa.gov/rfp/msr01/MSRArch-Paper.pdf
285
http://www.oosa.unvienna.org/oosa/SpaceLaw/outerspt.html
![Расшифрованная жизнь. Мой геном, моя жизнь](/storage/book-covers/2c/2c70ac7eaac2d5e5ff7d6fe8f28ed6c565791a1b.jpg)
Крейг Вентер – один из ведущих ученых нашего времени, внесший огромный вклад в развитие геномики. В феврале 2001 года Вентер опубликовал полностью секвенированный геном человека. Его замечательные мемуары – честный, откровенный рассказ о своей жизни, в которой было и небогатое детство, и война во Вьетнаме, и общение с выдающимися учеными, научившими его любить науку и честно служить ей. «Расшифрованная жизнь» – еще и рассказ о том, как сегодня делаются открытия и как нелегко приходится тем, кто пытается отстаивать новое.
![Дажьбог - прародитель славян](/storage/book-covers/6e/6ee252dd5251ca10357b1b97c6c9db0f75612887.jpg)
У наших далеких предков уже на самой заре истории был миф, и миф этот был столь всеобъемлющ, что пронизал почти все стороны материальной и духовной жизни и в конечном итоге сформировал уникальное мировоззрение. Миф этот был о Дажьбоге и о происхождении от него великого племени славян. Наши предки твердо знали, как и для чего рождены на Земле, каковы их истинная сущность и подлинное предназначение. Миф давал им целостную систему мирочувствования и указывал направление движения, наполнял жизнь высшим смыслом.
![Погода интересует всех](/storage/book-covers/65/65390ce868269029345200ea700ab5f669403e30.jpg)
Когда у собеседников темы для разговора оказываются исчерпанными, как правило, они начинают говорить о погоде. Интерес к погоде был свойствен человеку всегда и надо думать, не оставит его и в будущем. Метеорология является одной из древнейших областей знания Книга Пфейфера представляет собой очерк по истории развития метеорологии с момента ее зарождения и до современных исследований земной атмосферы с помощью ракет и спутников. Но, в отличие от многих популярных книг, освещающих эти вопросы, книга Пфейфера обладает большим достоинством — она знакомит читателя с интереснейшими проблемами, которые до сих пор по тем или иным причинам незаслуженно мало затрагиваются в популярной литературе.
![Предвидение науки и пророчества религии (Наука и религия о предвидении будущего)](/storage/book-covers/69/694a9e30c05a3fa1e754f84ee68ff108e13dc137.jpg)
Наряду с действительным знанием в сознании людей возникало немало и ошибочных догадок, фантастических вымыслов в объяснении различных явлений. Таким искаженным отражением окружающей первобытного человека действительности явилась религия.
![Вулканы Ставрополья](/storage/book-covers/60/609f3d36946cd389c6ebd130e16ff464b0fb9198.jpg)
Второе, переработанное и дополненное, издание книги, удостоенной в 1955 году второй премии на конкурсе на лучшую научно-художественную и научно-популярную книгу для детей. Рассказ о природе Ставрополья, ее красоте и богатстве, о возможностях изысканий и открытий в природе родного края. Книга содержит интересные загадочные рассказы, викторины, удивительные рассказы о природе. Она учит любить и охранять природу, воспитывает навыки исследования и успешного использования природных богатств края.
![Не все ли равно, что думают другие?](/storage/book-covers/db/db3dd1ced1c80fb43337968b24a59057f5322571.jpg)
Эту книгу можно назвать своеобразным продолжением замечательной автобиографии «Вы, конечно, шутите, мистер Фейнман!», выдержавшей огромное количество переизданий по всему миру. Знаменитый американский физик рассказывает, из каких составляющих складывались его отношение к работе и к жизни, необычайная работоспособность и исследовательский дух. Поразительно откровенны страницы, посвященные трагической истории его первой любви. Уже зная, что невеста обречена, Ричард Фейнман все же вступил с нею в брак вопреки всем протестам родных.