Жизнь на скорости света. От двойной спирали к рождению цифровой биологии [заметки]

Шрифт

Интервал

Сноски

Спасибо Патрику Каннингему, главному научному консультанту правительства Ирландии, за то, что указал на это. – В дальнейшем примечания автора обозначаются в тексте цифрами и приводятся в конце книги. Примечания переводчика обозначены астериском (*) и даны внизу соответствующих страниц.

Эукариоты – организмы, в клетке которых есть ядро и внутренние мембранные структуры. К эукариотам относятся все многоклеточные (животные, растения и грибы), а также протисты: амебы, инфузории, жгутиковые и др.

Эмпиризм – одно из важнейших направлений в философии Нового времени, утверждающее, что источником достоверного знания является один только чувственный опыт. В XVII веке эмпиризм стал идеологией нарождающегося естествознания.

Циановая (цианатная) кислота НОСN (не путать с синильной кислотой НСN) при соединении с аммиаком дает цианат аммония NН_>4СN, который при нагревании превращается в мочевину (NН_>2)_>2СО.

В русском переводе А. А. Малиновского, откуда взята основная цитата, значится «шифровальный код».

Один ангстрем – это примерно размер одного атома, одна десятимиллиардная метра.

В опытах Сэнгера синтез ДНК с одинаковых матриц шел параллельно в четырех пробирках, в каждой из которых часть нуклеотидов одного из типов (А, Т, Ц или Г) была представлена дидезоксинуклеотидами, меченными радиоактивным фосфором. Присоединение такого нуклеотида обрывало дальнейший синтез. В результате в каждой пробирке получался набор фрагментов ДНК, оборванных в случайном месте (но всегда – по одному и тому же нуклеотиду). Затем все четыре набора подвергались электрофорезу в акриламидном геле, в ходе которого фрагменты распределялись в соответствии со своей длиной: чем короче фрагмент, тем дальше он успевал продвинуться в геле под действием электрического поля. Наконец, все четыре полоски геля выкладывались рядком на рентгеновскую пленку, и по картине распределения меток восстанавливалась последовательность нуклеотидов во всей цепочке. Скажем, самая дальняя метка на пленке оставлена полоской с меченым А – значит, первый нуклеотид в последовательности – А. Следующая по дальности метка оставлена полоской с меченым Ц – значит, второй нуклеотид – Ц. И так до полной расшифровки последовательности.

Буран-77 – катастрофическая снежная буря на северо-западе штата Нью-Йорк (где расположен город Баффало) 28 января – 1 февраля 1977 года. Скорость ветра достигала 111 км/час, температура опускалась до –57 °C, толщина снежного покрова местами превышала 2,5 м. Буран парализовал транспортное сообщение и работу электросетей.

Экспрессией гена в молекулярной биологии называется реализация закодированной в нем информации; первый этап экспрессии гена – считывание с него матричной РНК.

Библиотека генов, клонотека – коллекция клонов, представляющих генетический материал данного организма.

В русской литературе этод метод называют также «методом дробовика».

Смысловой называется та из двух цепочек в молекуле ДНК, с которой считывается РНК. Вторая (антисмысловая) цепочка комплементарна смысловой и служит матрицей для синтеза смысловой цепочки при удвоении ДНК.

Автор не вполне точен. Российская часть остаточных запасов вируса оспы хранится не в Москве, а в Государственном научном центре вирусологии и биотехнологии «Вектор» в г. Кольцово близ Новосибирска.

Малая оспа (белая оспа, аластрим) – заболевание, вызываемое южноамериканской разновидностью вируса оспы. По клиническим и эпидемиологическим показателям очень сходно с обычной оспой, но в большинстве случаев протекает легче и не оставляет рубцов на коже.

Цитата из Фрэнсиса Бэкона, писавшего, что цель науки – расширение власти человека над природой, «покуда все не станет для него возможным».

«Мусор на входе – мусор на выходе» (Garbage In, Garbage Out, GIGO) – принцип информатики, означающий, что результат обработки неточных или неверных исходных данных неизбежно также будет неточным или неверным, как бы совершенна ни была процедура обработки.

Каждые три нуклеотида в этой записи соответствуют определенной аминокислоте, входящей в состав природных белков. Таких аминокислот всего 20, каждая из них, помимо традиционного химического названия (глицин, аланин и т. д.), обозначается одной из букв латинского алфавита (см. приложение). Этим и воспользовалась группа Вентера, кодируя свои подписи. Если заменить тройки нуклеотидов (кодоны) буквенными обозначениями соответствующих аминокислот, получится надпись LTSNCRAIGVENTERLTSstop. В ее середине (символы 5–15) можно прочесть имя автора – Craig Venter. Символы 1–4 и 16–18 – «тэги», обозначающие начало и конец «водяного знака». Последнему кодону TAA не соответствует никакая аминокислота – это стоп-кодон, знак окончания считывания.

Кб – «килобаза», т. е. тысяча оснований.

Описываемый эксперимент был проведен Шпеманом в 1901 году.

Риккетсии – обширная группа мелких альфа-протеобактерий, значительную часть которой составляют внутриклеточные паразиты. К риккетсиям относятся, в частности, возбудители сыпного тифа и пятнистой лихорадки Скалистых гор.

В данном случае речь идет о кодоне в матричной РНК, с которой непосредственно считывается белок. В смысловой цепочке ДНК этому кодону соответствует кодон АЦТ.

FIGE – гель-электрофорез в инвертируемом поле.

То есть геномы из 10 искусственных и одного природного фрагмента.

Здесь: совершенства (фр.).

Это не совсем верно. Представление о том, что живые организмы не только содержат клетки, но и целиком состоят из них, утвердилось только в XIX веке.

Рибонуклеаза P – комплексный фермент, состоящий из соединенных вместе молекул РНК и белка. Сидней Альтман показал, что РНК-компонент рибонуклеазы P способен выполнять функции фермента (разрезать другие молекулы РНК) и в отсутствие белка.

Транскриптом – совокупность всех молекул РНК данной клетки или организма; протеом – совокупность всех белковых молекул, метаболом – совокупность всех низкомолекулярных соединений, являющихся конечными продуктами обмена веществ (метаболизма).

Домен – крупный участок белковой молекулы, складывание которого во вторичную структуру происходит независимо от других участков. Как правило, домен обладает собственной функцией.

Имеются в виду гены, обеспечивающие апоптоз – запрограммированное самоуничтожение клеток с сильно уклоняющимися свойствами (например, вступивших в процесс злокачественного перерождения).

Этот белковый комплекс часто называют просто «лизин» (lysin), но в русском переводе такое название создало бы путаницу, поскольку точно так же называется одна из штатных аминокислот (lysine).

Комментарии

Walter J. Moore. Schrödinger: Life and Thought (Cambridge University Press, 1989), стр. 66.

Timofeeff-Ressovsky, Nikolai V., Karl G. Zimmer, Max Delbruck (1935). “Uber die Natur der Genmutation und der Genstruktur” [“On the Nature of Gene Mutation and Gene Structure”]. Nachrichten von der Gesellschaft der Wissenschaften zu Gottingen, Mathematisch-physikalische Klasse, Fachgruppe VI, Biologie, Neue Folge, 1, 13, стр. 189–245.

Dawkins, Richard (1995). River Out of Eden. New York: Basic Books. ISBN0–465–06990–8.

Kimura, Motoo (1961). “Natural selection as the process of accumulating genetic information in adaptive evolution.” Genetical Research, 2, стр. 127–140.

Brenner, Sydney. “Life’s Code Script.” Nature 482, стр. 461, 23 февраля 2012.

Kress, W. J., and D. L. Erickson (2008). “DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics.” PNAS105 (8), стр. 2761–2762.

Qian, Lulu, and Erik Winfree. “Scaling Up Digital Circuit Computation with DNA Strand Displacement Cascades.” Science, 3 июня 2011, 332 (6034), стр. 1196–1201.

Church, George M., Yuan Gao, and Sriram Kosuri. “Next-Generation Digital Information Storage in DNA.” Science 28, сентябрь 2012, 337 (6102), стр. 1628. Опубликовано онлайн 16 августа 2012.

http://edge.org/conversation/what-is-life

Benner, Steven. Life, the Universe… and the Scientific Method (2009), стр. 45.

http://archive.org/stream/dynamicslivingm00loebgoog#page/n6/mode/2up

Lemov, Rebecca. World as Laboratory (2005). Hill and Wang.

Книга была опубликована в 1627 году, через год после смерти Бэкона.

http://oregonstate.edu/instruct/phl302/texts/bacon/atlantis.html

With the new knowledge acquired by science, the enlightened mind no longer needs to see the fabrication of protoplasm in order to be convinced of the absence of all essential difference and all absolute discontinuity between living and not-living matter.

Некоторые описывают Берцелиуса как виталиста, но, как указывает Джон Брук, с этим утверждением надо быть поосторожнее. John H. Brooke: “Wöhler’s Urea and its Vital Force – a verdict from the Chemists.” Ambix 15 (1968), 84.114.

Цитата из The Life and Work of Friedrich Wöhler (1800–1882). Edited by Johannes Buttner. Edition Lewicki-Buttner, vol. 2. Verlag T. Bautz GmbH. E-book.

“…denn ich kann, so zu sagen, mein chemisches Wasser nicht halten und mus Ihnen sagen, das ich Harnstoff machen kann, ohne dazu Nieren oder uberhaupt ein Thier, sey es Mensch oder Hund, nothig zu haben.” Otto Wallach, editor, Briefwechsel zwischen J. Berzelius und F. Wöhler (Leipzig: Engelmann, 1901), vol. 1, стр. 206.

The Life and Work of Friedrich Wöhler (1800–1882). Edited by Johannes Buttner. Edition Lewicki-Buttner, vol. 2. (Kindle Locations 1927–1933.) Verlag T. Bautz GmbH. Kindle Edition.

http://www.biodiversitylibrary.org/item/46624#page/20/mode/1up

Ramberg, Peter J. “The Death of Vitalism and the Birth of Organic Chemistry: Wöhler’s Urea Synthesis and the Disciplinary Identity of Organic Chemistry.” Ambix, Vol. 47, Part 3, ноябрь 2000, стр. 174.

Lehrbuch der organischen Chemie (Учебник по органической химии).

http://www.fullbooks.com/Scientific-American-Sup-plement-No-3621.html

Brooke, John H. “Wohler’s Urea and its Vital Force – a verdict from the Chemists.” Ambix 15 (1968) 84.114.

Waller, John. Fabulous Science: Fact and Fiction in the History of Scientific Discovery (Oxford University Press, 2010), стр. 18.

Le Dantec, Felix Alexandre. The Nature and Origin of Life. Trans. Stoddard Dewey. New York: A. S. Barnes, 1906.

Turing, A. M. Phil., Trans. R. Soc. Lond., B237, стр. 37–72 (1952).

Moreno, Jonathan D., Editor-in-Chief of Science Progress: http://scienceprogress.org/2010/05/synbio-ethics/.

Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 284.

Schrodinger, Erwin. What is Life? (1944), стр. 20–21.

Brenner, Sydney, Nature, 482, 461 (2012).

Watson, J. D., and F. H. Crick (April 1953). “Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid.” Nature, 171 (4356), стр. 737–738.

Turing, A. M. “Computing Machinery and Intelligence.” Mind, New Series, Vol. 59, № 236, октябрь 1950, стр. 433–460.

http://www.loebner.net/Prizef/TuringArticle.html

Bedau, Mark A. “Artificial life: organization, adaptation and complexity from the bottom uстр.” Trends in Cognitive Sciences (November 2003). http://people.reed.edu/~mab/publications/papers/BedauTICS03.pdf

Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 3.

http://www.edge.org/3rd_culture/dyson/dyson_p2.html

http://www.mitpressjournals.org/doi/abs/10.1162/106454604773563612

Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 336.

http://edge.org/conversation/a-universe-of-self-replicating-code/

Dyson, George. Turing’s Cathedral: The Origins of the Digital Universe (Allen Lane, London, 2012), стр. 233.

Avery, O. T. Letter quoted by R. D. Hotchkiss. “Gene, transforming principle, and DNA.” In Phage and the Origins of Molecular Biology, edited by J. Cairns, G. S. Stent, and J. D. Watson. Cold Spring Harbor, N. Y.: Cold Spring Harbor Laboratory of Quantitative Biology, 1966.

Darwin, Erasmus. Zoonomia; or the Laws of Organic Life (1794). http://books.google.co.uk/books?id=A0gSAAAAYAAJ

Avery, O. T., Colin M. MacLeod, and Maclyn McCarty. “Studies on the Chemical Nature of the Substance Inducing Transformation of Pneumococcal Types: Induction of Transformation by a Desoxyribonucleic Acid Fraction Isolated from Pneumococcus Type III.” Январь 1944. Exстр. Med., 79, стр. 137–158.

Stegenga, Jacob. “The Chemical Characterization of the Gene: Vicissitudes of Evidential Assessment Hist.” Phil. Life Sci., 33 (2011), стр. 105–127.

Sanger, F., 1952. “The arrangement of amino acids in proteins.” Adv. Protein Chem. 7, стр. 1–66.

Stretton, Antony O. W. “The First Sequence: Fred Sanger and Insulin.” Genetics, October 1, 2002, Vol. 162, № 2, стр. 527–532.

Sanger, F., 1988. “Sequences, sequences, and sequences.” Annu. Rev. Biochem. 57, стр. 1–28.

Hershey, A. D., and M. Chase (1952). “Independent functions of viral protein and nucleic acid in growth of bacteriophage.” J. Gen. Physiol. 36, стр. 39–56.

Фото 51, сделанное Франклином, теперь стало экспонатом в музее истории науки в Институте Крейга Вентера.

Watson, J. D., and F. H. Crick (апрель 1953). “Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid.” Nature 171 (4356), стр. 737–738.

http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinsheimer.pdf

Erling Norrby. Nobel Prizes and Life Sciences. World Scientific Publishing Company; 24 сентября 2010.

Jackson, D. A., R. H. Symons, and P. Berg (1972). “Biochemical method for inserting new genetic information into DNA of simian virus 40: Circular SV40 DNA molecules containing lambda phage genes and the galactose operon of Escherichia coli.” Proceedings of the National Academy of Sciences 69 (10), стр. 2904–2909.

Jaenisch, R., and B. Mintz (1974). “Simian Virus 40 DNA sequences in DNA of helath adult mice derived from preimplantation blastocysts injected with viral DNA.” Proceedings of the National Academy of Sciences 71 (4), стр. 1250–1254.

Lederberg, Joshua. “DNA Splicing: Will Fear Rob Us of Its Benefits?” Prism 3 (ноябрь 1975), стр. 33–37.

https://pictures.royalsociety.org/image-rs-6108

Diechmann, Ute. “ ‘Molecular’ versus ‘Colloidal’: Controversies in Biology and Biochemistry, 1900–1940. ”Bll. Hist. Chem. Vol. 32, № 2 (2007). http://www.scs.illinois.edu/~mainzv/HIST/awards/OPA%20Papers/2009-Deichmann.pdf

Alberts, Bruce. “The Cell as a Collection of Protein Machines: Preparing the Next Generation of Molecular Biologists.” Cell, Vol. 92, стр. 291 (6 февраля 1998).

Piccolino, Marco. “Biological machines: from mills to molecules.” Nature Reviews Molecular Cell Biology 1, стр. 149–152 (ноябрь 2000).

Engel, Gregory S., Tessa R. Calhoun, Elizabeth L. Read, Tae-Kyu Ahn, Tomaš Mancal, Yuan-Chung Cheng, Robert E. Blankenship & Graham R. Fleming. “Evidence for wavelike energy transfer through quantum coherence in photosynthetic systems.” Nature 446, стр. 782–786 (12 апреля 2007).

Fleming, Graham R., Gregory D. Scholes, Yuan-Chung Cheng. “Quantum effects in biology.” Procedia Chemistry, Vol. 3, Issue 1, 2011, стр. 38–57, ISSN1876–6196, 10.1016/j.proche.2011.08.011. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1876619611000507

Martin-Delgado, M. A. “On Quantum Effects in a Theory of Biological Evolution.” Scientific Reports 2, Article number: 302, 12 марта 2012.

Frank, Joachim, and Rajendra Kumar Agrawal. “A ratchet-like inter-subunit reorganization of the ribosome during translocation.” Nature 406, стр. 318–322 (20 июля 2000).

http://library.cshl.edu/oralhistory/interview/cshl/memories/harry-noller-and-ribosome/

Napoli, C., Lemieux, C., Jorgensen, R. (1990). “Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co-Suppression of Homologous Genes in trans.” Plant Cell 2 (4), стр. 279–289.

Eden, E., N. Geva-Zatorsky, I. Issaeva, A. Cohen, E. Dekel, T. Danon, L. Cohen, A. Mayo, U. Alon. “Proteome half-life dynamics in living human cells.” Science, 11 февраля 2011, 331 (6018), стр. 764–768. Опубликовано онлайн 13 января 2011.

Видео про складывание белка можно посмотреть на http://www.youtube.com/watch?v =sD6vyfTtE4U&feature=youtu.be. См. также http://www.ks.uiuc.edu/Research/folding/

Sun, Fei, Zhibao Mi, Steven B. Condliffe, Carol A. Bertrand, Xiaoyan Gong, Xiaoli Lu, Ruilin Zhang, Joseph D. Latoche, Joseph M. Pilewski, Paul D. Robbins, and Raymond A. Frizzell. “Chaperone displacement from mutant cystic fibrosis transmembrane conductance regulator restores its function in human airway epithelia.” The FASEB Journal, Vol. 22, № 9, стр. 3255–3263. 2 сентября 2008.

Varshavsky, Alexander (1997). “The N-end rule pathway of protein degradation.” Genes to Cells 2 (1), стр. 13–28.

Oster, George, and Hongyun Wang. “How Protein Motors Convert Chemical Energy into Mechanical Work” (2003). In Molecular Motors, edited by M. Schliwa (Wiley-VCH). http://users.soe.ucsc.edu/~hongwang/publications/Schliwa_08.pdf

Brenner, Sydney. “Biochemistry Strikes Back.” In The Inside Story, edited by Jan Witkowski, 2005, стр. 367.

Gilbert, Walter, and Allan Maxam. “The Nucleotide Sequence of the lac Operator.” Proc. Nat. Acad. Sci. USA, Vol. 70, № 12, Part I, стр. 3581–3584, 1973.

Holley, R. W., G. A. Everett, J. T. Madison, A. Zamir (май 1965). “Nucleotide Sequences In The Yeast Alanine Transfer Ribonucleic Acid.” J. Biol. Chem. 240 (5), стр. 2122–2128. PMID14299636.

Brownlee, G. G.; F. Sanger, B. G. Barrell (1967). “Nucleotide sequence of 5S-ribosomal RNA from Escherichia coli.” Nature 215 (5102), стр. 735–736.

Sanger, F., G. M. Air, B. G. Barrell, N. L. Brown, A. R. Coulson, C. A. Fiddes, C. A. Hutchinson, P. M. Slocombe, et al. (1977). “Nucleotide sequence of bacteriophage φX174 DNA.” Nature 265 (5596), стр. 687–695.

http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinsheimer.pdf

Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life. Penguin. E-book.

Sanger, Frederick, Nobel lecture, 8 декабря 1980.

Chung, F. Z., K. U. Lentes, J. Gocayne, M. Fitzgerald, D. Robinson, A. R. Kerlavage, C. M. Fraser, J. C. Venter. “Cloning and sequence analysis of the human brain beta-adrenergic receptor. Evolutionary relationship to rodent and avian beta-receptors and porcine muscarinic receptors.” FEBS Lett, 26 января 1987; 211(2), стр. 200–206.

Smith, Lloyd M., Jane Z. Sanders, Robert J. Kaiser, Peter Hughes, Chris Dodd, Charles R. Connell, Cheryl Heiner, Stephen B. H. Kent & Leroy E. Hood. “Fluorescence detection in automated DNA sequence analysis.” Nature 321, стр. 674–679 (12 июня 1986).

Adams, M. D., J. M. Kelley, J. D. Gocayne, M. Dubnick, M. H. Polymeropoulos, H. Xiao, C. R. Merril, A. Wu, B. Olde, R. F. Moreno, et al. “Complementary DNA sequencing: Expressed sequence tags and human genome project.” Science 252, стр. 1651–1656 (1991).

Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life. Penguin. E-book.

Fraser, C. M., J. D. Gocayne, O. White, M. D. Adams, R. A. Clayton, R. Fleischmann, C. J. Bult, A. R. Kerlavage, G. Sutton, J. M. Kelley, J. L. Fritchman, J. F. Weidman, K. V. Small, M. Sandusky, J. Fuhrmann, D. Nguyen, T. R. Utterback, D. M. Saudek, C. A. Phillips, J. M. Merrick, J. Tomb, B. A. Dougherty, K. F. Bott, P. Hu, T. S. Lucier, S. N. Peterson, H. O. Smith, C. A. Hutchison, J. C. Venter. “The Minimal Gene Complement of Mycoplasma genitalium.” Science 270, стр. 397–403 (1995).

Lee, M. G., and P. Nurse. “Complementation used to clone a human homologue of the fission yeast cell cycle control gene cdc2.” Nature 327, стр. 31–35 (1987).

Koonin, Eugene V., Arcady R. Mushegian, and Kenneth E. Rudd. “Sequencing and analysis of bacterial genomes.” Current Biology 1996, Vol. 6, № 4, стр. 404–416.

Woese, Carl R.; George E. Fox (1977). “Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 74 (11), стр. 5088–5090.

Bult, C. J., White, O., Olsen, G. J., Zhou, L., Fleischmann, R. D., Sutton, G. G., Blake, J. A., FitzGerald, L. M., Clayton, R. A., Gocayne, J. D., Kerlavage, A. R., Dougherty, B. A., Tomb, J. F., Adams, M. D., Reich, C. I., Overbeek, R., Kirkness, E. F., Weinstock, K. G., Merrick, J. M., Glodek, A., Scott, J. L., Geoghagen, S. M., Weidman, J. F., Fuhrmann, J. L., Nguyen, D., Utterback, T. R., Kelley, J. M., Peterson, J. D., Sadow, P. W., Hanna, M. C., Cotton, M. D., Roberts, K. M. Hurst, M. A., Kaine, B. P., Borodovsky, M., Klenk, H. P., Fraser, C. M., Smith, H. O., Woese, C. R and Venter, J. C. “Complete Genome Sequence of the Methanogenic Archaeon, Methanococcus jannaschii.” Science 372, стр. 1058–1073 (1996).

Venter, J. Craig (18.10.2007). A Life Decoded: My Genome: My Life (Kindle Locations 3971–3975). Penguin. Kindle Edition.

Simonetta Gribaldo, Anthony M. Poole, Vincent Daubin, Patrick Forterre & Celine Brochier-Armanet. “The origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?” Nature Reviews Microbiology 8, стр. 743–752 (октябрь 2010). DOI: 10.1038/nrmicro2426

Raoult, D., M. Drancourt, S. Azza, et al. (февраль 2008). “Nanobacteria Are Mineralo Fetuin Complexes.” PLoS Pathog. 4 (2): e41. Garcia-Ruiz, J. M., Melero-Garcia, E., Hyde, S. T. (январь 2009). “Morphogenesis of self-assembled nanocry-stalline materials of barium carbonate and silica.” Science 323 (5912), стр. 362–365.

Tomb, J.-F., O. White, A. R. Kerlavage, R. A. Clayton, G. G. Sutton, R. D. Fleischmann, K. A. Ketchum, H. Р. Klenk, S. Gill, B. A. Dougherty, K. Nelson, J. Quackenbush, L. Zhou, E. F. Kirkness, Peterson, B. Loftus, D. Richardson, R. Dodson, H. G. Khalak, A. Glodek, McKenney, K., L. M. Fitzgerald, N. Lee, M. D. Adams, E. K. Hickey, D. E. Berg, J. D. Gocayne, T. R. Utterback, J. D. Peterson, J. M. Kelley, M. D. Cotton, J. M. Weidman, C. Fujii, C. Bowman, L. Whatthey, E. Wallin, W. S. Hayes, M. Borodovsky, Р. D. Karp, H. O. Smith, C. M. Fraser, and J. C. Venter. “The Complete Genome Sequence of the Gastric Pathogen Helicobacter pylori.” Nature 388, стр. 539–547 (1997).

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2005/marshall-cv.html

Klenk, et al. “The Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic, Sulphate-Reducing Archaeon Archae-oglobus fulgidu.” Nature 390, стр. 364–370, 1997.

100

Goffeau, A., B. G. Barrell, H. Bussey, R. W. Davis, B. Dujon, H. Feldmann, F. Galibert, J. D. Hoheisel, C. Jacq, M. Johnston, E. J. Louis, H. W. Mewes, Y. Murakami, P. Philippsen, H. Tettelin, and S. G. Oliver (1996). “Life with 6000 genes.” Science 274 (5287), стр. 546, стр. 563–567.

101

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1983/press.html

102

http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=28606

103

Синшаймер: «Два самых маленьких бактериальных вируса, согласно литературным данным, – это открытый в Англии S13 и открытый во Франции phi X 174. Вы можете спросить: «И как же они были открыты?» Ну, люди просто вроде как классифицировали вирусы. Они брали немного стоков из парижской канализации и смотрели: сколько там можно найти вирусов, на каких хозяевах, то есть клетках, их можно растить и на что будут похожи образуемые ими пятна лизиса. Название «phi X 174» означает, что это был 174-й полученный ими вирус в десятой серии фагов – и только. Ничего, кроме этого, оно не значит. Это была десятая серия проводимых ими экспериментов; X – это просто “десять”».

http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinshei-mer.pdf

104

http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=28606#axzz1ufDunxa6

105

The Arthur Kornberg Papers. “Creating Life in the Test Tube,” 1959–1970. National Library of Medicine. Kornberg DNA synthesis references: “Closer to Synthetic Life.” Time, 90 (22 декабря 1967), стр. 66. “Viable Synthetic DNA.” Science News, 92 (30 декабря 1967), стр. 629–630.

106

Nagata, S., H. Taira, A. Hall, L. Johnsrud, M. Streuli, J. Ecsodi, et al. “Synthesis in E. coli of a polypeptide with human leukocyte interferon activity.” Nature, 1980, 284, стр. 316–320.

107

Billeter, M. A., J. E. Dahlberg, H. M. Goodman, J. Hindley, and C. Weissmann. “Sequence of the first 175 nucleotides from the 5 terminus of Qbeta RNA synthesized in vitro.” Nature, 1969, 224, стр. 1083–1086.

108

Weissmann, Charles. “End of the Road.” Prion, 1 апреля 2012; 6 (2), стр. 97–104. DOI: 10.4161/pri.19778

109

Taniguchi, T., M. Palmieri, and C. Weissmann. “QB DNA-containing hybrid plasmids giving rise to QB phage formation in the bacterial host.” Nature, 1978, 274, стр. 223–228.

110

Racaniello, V. R., and D. Baltimore. (1981a). “Molecular cloning of poliovirus cDNA and determination of the complete nucleotide sequence of the viral genome.” Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, стр. 4887–4891.

111

См. 9-ю сноску в “Efficient Initiation of HCV RNA Replication in Cell Culture.” Keril J. Blight, Alexander A. Kolykhalov, and Charles M. Rice. Science 8, декабрь 2000, 290 (5498), стр. 1972–1974.

112

Wimmer, Eckard, Steffen Mueller, Terrence M. Tumpey, and Jeffery K. Taubenberger. “Synthetic viruses: a new opportunity to understand and prevent viral disease.” Nat. Biotechnol., декабрь 2009; 27 (12), стр. 1163.

113

Venter, J. Craig, Karin Remington, John F. Heidelberg, Aaron L. Halpern, Doug Rusch, Jonathan A. Eisen, Dongying Wu, Ian Paulsen, Karen E. Nelson, William Nelson, Derrick E. Fouts, Samuel Levy, Anthony H. Knap, Michael W. Lomas, Ken Nealson, Owen White, Jeremy Peterson, Jeff Hoffman, Rachel Parsons, Holly Baden-Tillson, Cynthia Pfannkoch, Yu-Hui Rogers, and Hamilton O. Smith. “Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea.” Science, 2 апреля 2004, 304 (5667), стр. 66–74.

114

http://oralhistories.library.caltech.edu/33/0/OH_Sinsheimer.pdf

115

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228366280031X

116

Cello, Jeronimo, Aniko V. Paul, and Eckard Wimmer. “Chemical Synthesis of Poliovirus cDNA: Generation of Infectious Virus in the Absence of Natural Template.” Science, 9 августа 2002, 297 (5583), стр. 1016–1018. Опубликовано онлайн 11 июля 2002. DOI: 10.1126/science.1072266

117

http://www.fbi.gov/about-us/history/famous-cases/anthrax-amerithrax/amerithrax-investigation

118

http://www.umass.edu/legal/derrico/amherst/lord_jeff.html

119

http://www.who.int/mediacentre/factsheets/smallpox/en/

120

Cho, Mildred K., David Magnus, Arthur L. Caplan, Daniel McGee, and the Ethics of Genomics Grouстр. “Ethical Considerations in Synthesizing a Minimal Genome.” Science, 10 декабря 1999, 286 (5447), стр. 2087–2090.

121

Church, George, and Ed Regis. Regenesis: How Synthetic Biology Will Reinvent Nature and Ourselves. Basic, New York, 2012, стр. 9.

122

123

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/482153a.html

124

Butler, Samuel. Erewhon, 1872, стр. 318–319.

125

Mirel, или полигидроксибутират. Биоразлагаемый полимер.

126

http://www.scarabgenomics.com/

127

Isaacs, Farren J., Peter A. Carr, Harris H. Wang, Marc J. Lajoie, Bram Sterling, Laurens Kraal, Andrew C. Tolonen, Tara A. Gianoulis, Daniel B. Goodman, Nikos B. Reppas, Christopher J. Emig, Duhee Bang, Samuel J. Hwang, Michael C. Jewett, Joseph M. Jacobson, and George M. Church. Science, 15 июля 2011, 333 (6040), стр. 348–353.

128

Moon, Tae Seok, Chunbo Lou, Alvin Tamsir, Brynne C. Stanton, and Christopher A. Voigt. “Genetic programs constructed from layered logic gates in single cells.” Nature, 491, стр. 249–253 (8 ноября 2012).

129

Siuti, Piro, John Yazbek, and Timothy K. Lu. “Synthetic circuits integrating logic and memory in living cells.” Nature Biotechnology (2013). DOI: 10.1038/nbt.2510

130

Wuchty, S., B. F. Jones, and B. Uzzi. “The increasing dominance of teams in production of knowledge.” Science, 316 (5827), стр. 1036–1039 (2007).

131

Weissman, Kira J., and Peter F. Leadlay. “Combinatorial biosynthesis of reduced polyketides.” Nature Reviews Microbiology 3, стр. 925–936 (декабрь 2005).

132

Green, Richard E., Johannes Krause, Adrian W. Briggs, Tomislav Maricic, Udo Stenzel, Martin Kircher, Nick Patterson, Heng Li, Weiwei Zhai, Markus Hsi-Yang Fritz, Nancy F. Hansen, Eric Y. Durand, Anna-Sapfo Malaspinas, Jeffrey D. Jensen, Tomas Marques-Bonet, Can Alkan, Kay Prufer, Matthias Meyer, Hernan A. Burbano, Jeffrey M. Good, Rigo Schultz, Ayinuer Aximu-Petri, Anne Butthof, Barbara Hober, Barbara Hoffner, Madlen Siegemund, Antje Weihmann, Chad Nusbaum, Eric S. Lander, Carsten Russ, Nathaniel Novod, Jason Affourtit, Michael Egholm, Christine Verna, Pavao Rudan, Dejana Brajkovic, Zeljko Kucan, Ivan Gušic, Vladimir B. Doronichev, Liubov V. Golovanova, Carles Lalueza-Fox, Marco de la Rasilla, Javier Fortea, Antonio Rosas, Ralf W. Schmitz, Philip L. F. Johnson, Evan E. Eichler, Daniel Falush, Ewan Birney, James C. Mullikin, Montgomery Slatkin, Rasmus Nielsen, Janet Kelso, Michael Lachmann, David Reich, and Svante Paabo. “A Draft Sequence of the Neandertal Genome.” Science, 7 мая 2010, 328 (5979), стр. 710–722.

133

http://mammoth.psu.edu/index.html

134

Church, George, and Ed Regis. Regenesis: How Synthetic Biology Will Reinvent Nature and Ourselves. Basic, New York, 2012, стр. 11.

135

White, O., J. A. Eisen, J. F. Heidelberg, E. K. Hickey, J. D. Peterson, R. J. Dodson, D. H. Haft, M. L. Gwinn, W. C. Nelson, D. L. Richardson, K. S. Moffat, H. Qin, L. Jiang, W. Pamphile, M. Crosby, M. Shen, J. J. Vamathevan, P. Lam, L. McDonald, T. Utterback, C. Zalewski, K. S. Makarova, L. Aravind, M. J. Daly, K. W. Minton, R. D. Fleischmann, K. A. Ketchum, K. E. Nelson, S. Salzberg, H. O. Smith, J. C. Venter, C. M. Fraser, “Complete Genome Sequencing of the Radioresistant Bacterium, Deinococcus radiodurans R1.” Science, 19 ноября 1999, 286 (5444), стр. 1571–1577.

136

Venter, J. C., and C. Yung, eds. Target-Size Analysis of Membrane Proteins. Alan R. Liss, New York, 1987.

137

Itaya, Mitsuhiro, Kenji Tsuge, Maki Koizumi, and Kyoko Fujita. “Combining two genomes in one cell: Stable cloning of the Synechocystis PCC6803 genome in the Bacillus subtilis 168 genome.” PNAS, 2005, 102 (44), стр. 15971–15976. Опубликовано онлайн 18 октября 2005. DOI: 10.1073/pnas.0503868102

138

Larionov, V., N. Kouprina, J. Graves, X. N. Chen, J. R. Koren-berg, and M. A. Resnick. “Specific cloning of human DNA as yeast artificial chromosomes by transformation-associated recombination.” PNAS, 1996, 93 (1), стр. 491–496.

139

The Structure of Scientific Revolutions (1962), стр. 84–85.

140

Lartigue, C., J. I. Glass, N. Alperovich, R. Pieper, P. P. Parmar, C. A. Hutchison III, H. O. Smith, J. C. Venter. “Genome transplantation in bacteria: changing one species to another.” Science, 3 августа 2007, 317 (5838): стр. 632–638.

141

Wilmut, I., A. E. Schnieke, J. McWhir, A. J. Kind, K. H. Campbell (1997).

“Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells.” Nature 385 (6619), стр. 810–813.

142

Wilmut, I., and R. Highfield. After Dolly: The Uses and Misuses of Human Cloning. Norton, 2006.

143

Willadsen, S. M. Nature 320, 6 марта 1986, стр. 63–65. http://www.nature.com/nature/journal/v320/n6057/abs/320063a0.html

144

Spemann, H. (1938). Embryonic Development and Induction. Yale University Press, New Haven.

145

Gurdon, J. B. “The developmental capacity of nuclei taken from intestinal epithelium cells of feeding tadpoles.” J. Embryol. Exстр. Morphol. 34, стр. 93–112 (1962).

146

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2012/press.html#. См. также: Wilmut, I., and R. Highfield. After Dolly: The Uses and Misuses of Human Cloning. Norton, 2006.

147

Heidelberg, J. F., J. A. Eisen, W. C. Nelson, R. A. Clayton, M. L. Gwinn, R. J. Dodson, D. H. Haft, E. K. Hickey, J. D. Peterson, L. Umayam, S. R. Gill, K. E. Nelson, T. D. Read, H. Tettelin, D. Richardson, M. D. Ermolaeva, J. Vamathevan, S. Bass, H. Qin, I. Dragoi, P. Sellers, L. McDonald, T. Utterback, R. D. Fleishmann, W. C. Nierman, O. White, S. L. Salzberg, H. O. Smith, R. R. Colwell, J. J. Mekalanos, J. C. Venter, C. M. Fraser. “DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae.” Nature, 3 августа 2000, 406 (6795), стр. 477–483.

148

World Health Organisation. “Cholera Fact Sheet № 107” (август 2011). http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs107/en/index.html

149

Fischer, A., B. Shapiro, C. Muriuki, M. Heller, C. Schnee, et al. (2012). “The Origin of the ‘Mycoplasma mycoides Cluster’ Coincides with Domestication of Ruminants.” PLoS ONE7 (4), e36150.

150

ДНК может быть в сверхспиральном состоянии, только если она совершенно целая. Любые порезы или нехватки заставляют ее разворачиваться.

151

Идея, как полагают, восходит по крайней мере к Лапласу, который сказал: «Вес доказательств для чрезвычайного заявления должны быть соразмерен его странности».

152

“In ‘The Value of Science,’ What Do You Care What Other People Think?” (1988, 2001), стр. 247. Collected in The Pleasure of Finding Things Out (2000).

153

Gardner, H. Creating Minds: An Anatomy of Creativity Seen through the Lives of Freud, Einstein, Picasso, Stravinsky, Eliot, Graham, and Ghandi. New York: Harper Collins, 1993.

154

http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2008/shimomura.html

155

Lartigue, C., S. Vashee, M. A. Algire, R. Y. Chuang, G. A. Benders, L. Ma, V. N. Noskov, E. A. Denisova, D. G. Gibson, N. Assad-Garcia, N. Alperovich, D. W. Thomas, C. Merryman, C. A. Hutchison, III, H. O. Smith, J. C. Venter, J. I. Glass. “Creating bacterial strains from genomes that have been cloned and engineered in yeast.” Science, 25 сентября 2009, 325 (5948), стр. 1693–1696. DOI: 10.1126/science.1173759. Benders, Gwynedd A., Vladimir N. Noskov, Evgeniya A. Denisova, Carole Lartigue, Daniel G. Gibson, Nacyra Assad-Garcia, Ray-Yuan Chuang, William Carrera, Monzia Moodie, Mikkel A. Algire, Quang Phan, Nina Alperovich, Sanjay Vashee, Chuck Merryman, J. Craig Venter, Hamilton O. Smith, John I. Glass, and Clyde A. Hutchison, III. “Cloning whole bacterial genomes in yeast.” Nucleic Acids Res., май 2010; 38(8), стр. 2558–2569. Опубликовано онлайн 6 марта 2010. DOI: 10.1093/nar/gkq119

156

Lartigue, Carole, Sanjay Vashee, Mikkel A. Algire, Ray-Yuan Chuang, Gwynedd A. Benders, Li Ma, Vladimir N. Noskov, Evgeniya A. Denisova, Daniel G. Gibson, Nacyra Assad-Garcia, Nina Alperovich, David W. Thomas, Chuck Merryman, Clyde A. Hutchison, III, Hamilton O. Smith, J. Craig Venter, and John I. Glass. “Creating Bacterial Strains from Genomes That Have Been Cloned and Engineered in Yeast.” Science, 25 сентября 2009, 325 (5948), стр. 1693–1696. Опубликовано онлайн 20 августа 2009.

157

Например, у Windows XP примерно 45 миллионов строк кода. http://www.facebook.com/windows/posts/155741344475532

158

Gibson, Daniel G., John I. Glass, Carole Lartigue, Vladimir N. Noskov, Ray-Yuan Chuang, Mikkel A. Algire, Gwynedd A. Benders, Michael G. Montague, Li Ma, Monzia M. Moodie, Chuck Merryman, Sanjay Vashee, Radha Krishnakumar, Nacyra Assad-Garcia, Cynthia Andrews-Pfannkoch, Evgeniya A. Denisova, Lei Young, Zhi-Qing Qi, Thomas H. Segall-Shapiro, Christopher H. Calvey, Prashanth P. Parmar, Clyde A. Hutchison, III, Hamilton O. Smith, and J. Craig Venter. “Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome.” Science, 2 июля 2010, 329 (5987), стр. 52–56. Опубликовано онлайн 20 мая 2010.

159

Koshland, Jr., Daniel E. “The Seven Pillars of Life.” Science, 22 марта 2002, 295 (5563), стр. 2215–2216. DOI: 10.1126/science.1068489

160

The Feynman Lectures on Physics, Vol. I, 8–2.

161

“Craig Venter creates synthetic life form,” Guardian, 20 мая 2010. http://www.guardian.co.uk/science/2010/may/20/craig-venter-synthetic-life-form

162

Schewe, Phillip F. Maverick Genius: The Pioneering Odyssey of Freeman Dyson. Thomas Dunne, 2013.

163

“Researchers Say They Created a ‘Synthetic Cell,’ ” http://www.nytimes.com/2010/05/21/science/21cell.html

164

См. опрос Leveson Inquiry: http://www.levesoninquiry.org.uk/

165

http://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-1279988/Artificial-life-created-Craig-Venter – wipe-humanity.html

166

http://www.bioethics.gov/documents/synthetic-biology/PCSBI-Synthetic-Biology-Report-12.16.10.pdf

167

http://www.vatican.va/news_services/or/home_eng.html

168

http://life.ou.edu/pubs/fatm/

169

Nurse, Paul. “Wee beasties.” Nature 432 (7017), стр. 557 (декабрь 2004).

170

Jun Du, Shao, Zhiyuan Gong, Garth L. Fletcher, Margaret A. Shears, Madonna J. King, David R. Idler, and Choy L. Hew (1992). “Growth Enhancement in Transgenic Atlantic Salmon by the Use of an ‘All Fish’ Chimeric Growth Hormone Gene Construct.” Bio/Technology 10 (2), стр. 176–181.

171

Whitman, William B., David C. Coleman, and William J. Wiebe (1998). “Prokaryotes: The unseen majority.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (12), стр. 6578–6583. DOI: 10.1073/pnas.95.12.6578

172

Crick, Francis (1981). Life Itself: Its Origin and Nature. New York: Simon and Schuster. ISBN0–671–25562–2.

173

Price, C. C. Chem. Eng. News, 43 (39), стр. 90 (1965).

174

Miller, Stanley L. (мaй 1953). “Production of Amino Acids Under Possible Primitive Earth Conditions.” Science 117 (3046), стр. 528–529.

175

Oro, J., and A. Р. Kimball (август 1961). “Synthesis of purines under possible primitive earth conditions. I. Adenine from hydrogen cyanide.” Archives of Biochemistry and Biophysics 94, стр. 217–227. Oro, J., and S. S. Kamat (апрель 1961). “Amino-acid synthesis from hydrogen cyanide under possible primitive earth conditions.” Nature 190 (4774), стр. 442–443. Oro, J. (Fox, S. W., ed.). Origins of Prebiological Systems and of Their Molecular Matrices. New York Academic Press, 1967, стр. 137.

176

http://cshperspectives.cshlстр. org/content/4/7/a006742

177

Wöese, Carl. The Genetic Code. New York: Harper and Row, 1967.

178

Kruger, K., Р. J. Grabowski, A. J. Zaug, J. Sands, D. E. Gottsch-ling, T. R. Cech (ноябрь 1982). “Self-splicing RNA: autoexcision and autocyclization of the ribosomal RNA intervening sequence of Tetrahymena.” Cell 31 (1), стр. 147–157.

179

Guerrier-Takada, C., K. Gardiner, T. Marsh, N. Pace, S. Altman (1983). “The RNA moiety of ribonuclease P is the catalytic subunit of the enzyme.” Cell 35 (3 Pt 2), стр. 849–857.

180

Нобелевская премия 1989 года по химии была вручена Томасу Чеку и Сиднею Альтману «за открытие ими каталитических свойств РНК».

181

За свежим обзором я отсылаю читателей к David Deamer. First Life: Discovering the Connections Between Stars, Cells and How Life Began (University of California Press, 2011).

182

Джек Шостак был награжден Нобелевской премией 2009 года по физиологии и медицине вместе с Элизабет Блэкбёрн и Кэрол Грейдер за открытие теломерной защиты хромосом.

183

Szostak, Jack W., David P. Bartel, and Р. Luigi Luisi. “Synthesi-zing life.” Nature 409, стр. 387–390 (18 января 2001).

184

Рич Робертс, ныне работающий в New England Biolabs, разделил Нобелевскую премию 1993 года по физиологии и медицине с Филипом Шарпом за открытие интронов в ДНК эукариотов и механизма генного сплайсинга.

185

Chen, I. A., R. W. Roberts, J. W. Szostak. “The emergence of competition between model protocells.” Science, 3 сентября 2004, 305, стр. 1474–1476.

186

Isselbacher, Kurt J. “Paul C. Zamecnik (1912–2009).” Science, 4 декабря 2009, 326 (5958), стр. 1359.

187

Nirenberg, M. W., and H. J. Matthaei (1961). “The Dependence Of Cell-Free Protein Synthesis In E. coli Upon Naturally Occurring Or Synthetic Polyribonucleotides.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 47 (10), стр. 1588–1602.

188

Shimizu, Y., et al. (2001). “Cell-free translation reconstituted with purified components.” Nat. Biotechnol. 19, стр. 751–755.

189

Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I. Kitney, Karen Polizzi, and Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012, стр. 142.

190

Srivastava, Mansi, Oleg Simakov, Jarrod Chapman, Bryony Fahey, Marie E. A. Gauthier, Therese Mitros, Gemma S. Richards, Cecilia Conaco, Michael Dacre, Uffe Hellsten, Claire Larroux, Nicholas H. Putnam, Mario Stanke, Maja Adamska, Aaron Darling, Sandie M. Degnan, Todd H. Oakley, David C. Plachetzki, Yufeng Zhai, Marcin Adamski, Andrew Calcino, Scott F. Cummins, David M. Goodstein, Christina Harris, Daniel J. Jackson, et al. “The Amphimedon queenslandica genome and the evolution of animal complexity.” Nature 466, стр. 720–726 (5 августа 2010). DOI: 10.1038/nature09201

191

K. W. Jeon, I. J. Lorch, and J. F. Danielli. “Reassembly of Living Cells from Dissociated Components.” Science, 20 марта 1970, 167 (3925), стр. 1626–1627.

192

Darwin, Charles. On the Origin of Species (1859).

193

http://ec.europa.eu/information_society/activities/health/docs/projects/fp7/vph_projects_portofolio_2011.pdf

194

Noble, D. “Cardiac Action and Pacemaker Potentials based on the Hodgkin-Huxley Equations.” Nature 188, стр. 495–497 (5 ноября 1960).

195

Noble, D. “From the Hodgkin – Huxley axon to the virtual heart.” J. Physiol., 1 апреля 2007, 580 (1), стр. 15–22. Предпечатная публикация 5 октября 2006. DOI: 10.1113/jphysiol.2006.119370

196

http://www.humanbrainproject.eu/

197

http://europa.eu/rapid/press-release_IP-13–54_en.htm

198

Ishii, Nobuyoshi, Kenji Nakahigashi, Tomoya Baba, Martin Robert, Tomoyoshi Soga, Akio Kanai, Takashi Hirasawa, Miki Naba, Kenta Hirai, Aminul Hoque, Pei Yee Ho, Yuji Kakazu, Kaori Sugawara, Saori Igarashi, Satoshi Harada, Takeshi Masuda, Naoyuki Sugiyama, Takashi Togashi, Miki Hasegawa, Yuki Takai, Katsuyuki Yugi, Kazuharu Arakawa, Nayuta Iwata, Yoshihiro Toya, Yoichi Nakayama, Takaaki Nishioka, Kazuyuki Shimizu, Hirotada Mori, and Masaru Tomita. “Multiple High-Throughput Analyses Monitor the Response of E. coli to Perturbations.” Science 316, 27 апреля 2007 (5824), стр. 593.

199

http://wholecell.stanford.edu/

200

http://wholecellkb.stanford.edu/

201

Nierman, W. C., T. V. Feldblyum, M. T. Laub, I. T. Paulsen, K. E. Nelson, J. A. Eisen, J. F. Heidelberg, M. R. Alley, N. Ohta, J. R. Maddock, I. Potocka, W. C. Nelson, A. Newton, C. Stephens, N. D. Phadke, B. Ely, R. T. DeBoy, R. J. Dodson, A. S. Durkin, M. L. Gwinn, D. H. Haft, J. F. Kolonay, J. Smit, M. B. Craven, H. Khouri, J. Shetty, K. Berry, T. Utterback, K. Tran, A. Wolf, J. Vamathevan, M. Ermolaeva, O. White, S. L. Salzberg, J. C. Venter, L. Shapiro, and C. M. Fraser. “Complete genome sequence of Caulobacter crescentus.” Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 27 марта 2001, 98 (7), стр. 4136–4141. Erratum in Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 22 мая 2001, 98(11), стр. 6533. Eisen, J. [corrected to Eisen, J. A.].

202

Christen, Beat, Eduardo Abeliuk, John M. Collier, Virginia S. Kalogeraki, Ben Passarelli, John A. Coller, Michael J. Fero, Harley H. McAdams, and Lucy Shapiro. “The essential genome of a bacterium.” Molecular Systems Biology 7, article number: 528.

203

Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I Kitney, Karen Polizzi, and Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012.

204

Gardner, T. S., C. R. Cantor, and J. J. Collins (20 января 2000). “Construction of a genetic toggle switch in Escherichia coli.” Nature 403 (6767), стр. 339–342.

205

Tabor, J. J., H. Salis, Z. B. Simpson, A. A. Chevalier, A. Levskaya, E. M. Marcotte, C. A. Voigt, and A. D. Ellington. “A Synthetic Genetic Edge Detection Program.” Cell, 137 (7), стр. 1272–1281 (2009).

206

Danino, Tal, Octavio Mondragon-Palomino, Lev Tsimring, and Jeff Hasty. “A synchronized quorum of genetic clocks.” Nature 463, стр. 326–330 (21 января 2010).

207

www.clothocad.org

208

Baldwin, Geoff, Travis Bayer, Robert Dickinson, Tom Ellis, Paul S. Freemont, Richard I. Kitney, Karen Polizzi, Guy-Bart Stan. Synthetic Biology: A Primer. Imperial College Press, London, 2012, стр. 121.

209

http://www.jbioleng.org/content/2/1/8

210

Parasight, Imperial College London.

211

212

http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n3/full/nbt.1802.html

213

http://www.nature.com/nnano/journal/v7/n6/full/nna№ 2012.65.html

214

http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2012/lc/c2lc40098g

215

Noireaux, V., R. Bar-Ziv, and A. Libchaber (2003). “Principles of cell-free genetic circuit assembly.” PNAS100, стр. 12672–12677.

216

http://library.cshl.edu/oralhistory/interview/cshl/research/zing-finger-proteins-discovery-and-application/

217

Miller, J., A. D. McLachlan, A. Klug (Июнь 1985). “Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes.” EMBO J. 4 (6), стр. 1609–1614.

218

Khalil, Ahmad S., Timothy K. Lu, Caleb J. Bashor, Cherie L. Ramirez, Nora C. Pyenson, J. Keith Joung, James J. Collins. “A Synthetic Biology Framework for Programming Eukaryotic Transcription Functions.” Cell, 3 августа 2012, Vol. 150, Issue 3, стр. 647–658.

219

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867412007805

220

http://www.synbiosafe.eu/uploads///pdf/Synthetic%20Genomics%20Options%20for%20Governance.pdf

221

http://www.edinethics.co.uk/synbio/synbio%20democs%20report.pdf http://www.nuffieldbioethics.org/emerging-biotechnologies

222

“Bridging Science and Security for Biological Research:

A Discussion about Dual Use Review and Oversight at Research Institutions. Отчет о встрече 13–14 сентября 2012.” American Association for the Advancement of Science in conjunction with the Association of American Universities, Association of Public and Land-Grant Universities, and the Federal Bureau of Investigation.

223

http://www.biofab.org/

224

Wohlsen, Marcus. Biopunk: DIY Scientists Hack the Sofware of Life. Current, New York, 2011. стр. 65 и 155.

225

Dyson, Freeman. “Our Biotech Future.” The New York Review of Books. 19 июля 2007.

226

http://www.cdc.gov/phpr/documents/Lancet_Article_Sept2011.pdf and “Bridging Science and Security for Biological Research: A Discussion about Dual Use Review and Oversight at Research Institutions. Отчет о встрече 13–14 сентября 2012.” American Association for the Advancement of Science in conjunction with the Association of American Universities, Association of Public and Land-Grant Universities, and the Federal Bureau of Investigation.

227

“Biotechnology Research in an Age of Terrorism: Confronting the ‘Dual Use’ Dilemma.” National Academies Press, Washington, D. C., 2004. http://www.naстр. edu/catalog.php?record_id=10827#toc

228

Wohlsen, Marcus. Biopunk: DIY Scientists Hack the Sofware of Life. Current, New York, 2011.

229

230

Есть много формулировок. См. Foster, Kenneth R., Vecchia, Paolo, Repacholi, Michael H. (2000). “Science and the Precautionary Principle.” Science 288 (5468), стр. 979–981.

231

http://www.bioethics.gov/documents/synthetic-biology/PCSBI-Synthetic-Biology-Report-12.16.10.pdf

232

Asimov, Isaac. Introduction, The Rest of the Robots. Doubleday, 1964. ISBN0–385–09041–2.

233

http://gutenberg.net.au/ebooks06/0601391h.html

234

Капитан Кирк, “The Gamesters of Triskelion,” Star Trek, 5 января 1968. (Хотя фразу «Подними меня лучом, Скотти» давно связывают с сериалом и фильмами, она никогда не произносилась ни в одной из серий Star Trek или в фильмах.)

235

“It’s Such a Beautiful Day.” Star Science Fiction Stories, № 3, 1954.

236

Bennett, C. H., G. Brassard, C. Crepeau, R. Jozsa, A. Peres, and W. K. Wootters. “Teleporting an Unknown Quantum State via Dual Classical and Einstein-Podolsky-Rosen Channels.” Phys. Rev. Lett. 70 (1993), стр. 1895–1899.

237

Ma, Xiao-Song, Thomas Herbst, Thomas Scheidl, Daqing Wang, Sebastian Kropatschek, William Naylor, Bernhard Wittmann, Alexandra Mech, Johannes Kofler, Elena Anisimova, Vadim Makarov, Thomas Jennewein, Rupert Ursin, and Anton Zeilinger. “Quantum teleportation over 143 kilometres using active feed-forward.” Nature, 2012. DOI: 10.1038/nature11472

238

Awschalom, David D., Bassett, Lee C., Dzurak, Andrew S., Hu, Evelyn L., and Petta, Jason R. “Quantum Spintronics: Engineering and Manipulating Atom-Like Spins in Semiconductors.” Science, vol. 339, № 6124 (2013), стр. 1174–1179. DOI: 10.1126/science.1231364

239

Furusawa, A., J. L. Sorensen, S. L. Braunstein, C. A. Fuchs, H. J. Kimble, and E. S. Polzik. “Unconditional Quantum Teleportation.” Science 23, октябрь 1998, 282 (5389), стр. 706–709. DOI: 10.1126/science.282.5389.706

240

http://arxiv.org/abs/1211.2892

241

Scientific American, 14 февраля 2008. http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=why-teleporting-is-nothing-like-star-trek&page=2

242

«Фермионы» названы в честь великого Энрико Ферми (1901–1954), этот термин введен английским физиком Полем Дираком (1902–1984), поделившим Нобелевскую премию по физике за 1933 год с Эрвином Шрёдингером «за открытие новых плодотворных форм атомной теории».

243

Sasselov, Dimitar, в личной беседе 6 августа 2012.

244

Townes, Charles H. “The first laser.” In A Century of Nature: Twenty-One Discoveries that Changed Science and the World. Laura Garwin and Tim Lincoln, eds. University of Chicago Press (2003), стр. 107–112.

245

Chain, E., H. W. Florey, A. D. Gardner, N. G. Heatley, B. M. Jennings, J. Orr-Ewing, A. G. Sanders. “Penicillin as a chemotherapeutic Agent.” Lancet, 236 (6104), 24 августа 1940, стр. 226–228. Originally published as vol. 2, issue 6104.

246

Topp, Edward, Ralph Chapman, Marion Devers-Lamrani, Alain Hartmann, Romain Marti, Fabrice Martin-Laurent, Lyne Sabourin, Andrew Scott, and Mark Sumarah. “Accelerated Biodegradation of Veterinary Antibiotics in Agricultural Soil following Long-Term Exposure, and Isolation of a Sulfamethazine-degrading Microbacterium sстр.” Journal of Environmental Quality, 6 декабря 2012. DOI: 10.2134/jeq2012.0162

247

Fajardo, A., N. Martinez-Martin, M. Mercadillo, J. C. Galan, B. Ghysels, et al. (2008). “The Neglected Intrinsic Resistome of Bacterial Pathogens.” PLoS ONE3 (2), e1619.

248

Wright, Gerard D. “The antibiotic resistome: the nexus of chemical and genetic diversity.” Nature Reviews Microbiology, Vol. 5 (март 2007), стр. 175–186.

249

Lederberg, J., and E. L. Tatum (1946). “Gene recombination in E. coli.” Nature 158 (4016), стр. 558.

250

Carrs, Otto. “Meeting the challenge of antibiotic resistance.” British Medical Journal, 2008, 337, a1438.

251

Marx, Jean. “New Bacterial Defense Against Phage Invaders Identified.” Science, 23 марта 2007, 315 (5819), стр. 1650–1651.

252

Cairns, J., Gunther Stent, and James Watson. Phage and the Origins of Molecular Biology. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007, стр. 5.

253

http://newsarchive.asm.org/sep01/animalcule.asp

254

Sulakvelidze, Alexander, Zemphira Alavidze, and J. Glenn Morris, Jr. “Bacteriophage Therapy.” Antimicrob. Agents Chemother. март 2001; 45 (3), стр. 649–659. DOI: 10.1128/AAC.45.3.649–659.2001

255

d’Herelle, F. “Sur un microbe invisible antagoniste des bacillus dysenterique.” Comptes rendus Acad. Sci. Paris 1917; 165, стр. 373–375.

256

Hankin, E. H. (1896). “L’action bactericide des eaux de la Jumna et du Gange sur le vibrion du cholera.” Annales de l’Institut Pasteur 10, стр. 511–523.

257

http://www.eliava-institute.org/?rid=2

258

Cairns, J., Gunther Stent, and James Watson. Phage and the Origins of Molecular Biology. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007, стр. 5.

259

Editorial, “Limitations of bacteriophage therapy.” JAMA 1931; 96, стр. 693. Editorial, “Commercial aspects of bacteriophage therapy.” JAMA 1933; 100, стр. 1603–1604.

260

Summers, William C. “The Strange History of Phage Therapy.” Bacteriophage 2:2, 2012, стр. 130–133.

261

Stent, G. S. Molecular Biology of Bacterial Viruses. San Francisco and London: W. H. Freeman, 1963, стр. 8–9.

262

Summers, William C. “The Strange History of Phage Therapy.” Bacteriophage 2:2, 2012, стр. 130–133.

263

Gravitz, Lauren. “Turning a new phage.” Nature Medicine 18, 2012, стр. 1318–1320. DOI: 10.1038/nm0912–1318

264

Browning, Christopher, Mikhail Shneider, Valorie Bowman, David Schwarzer, and Petr Leiman. “Phage Pierces the Host Cell Membrane with the Iron-Loaded Spike.” Structure, Vol. 20, Issue 2, 8 февраля 2012, стр. 326–339.

265

Zahid, M. S., S. M. Udden, A. S. Faruque, S. B. Calderwood, J. J. Mekalanos, et al. (2008). “Effect of phage on the infectivity of Vibrio cholerae and emergence of genetic variants.” Infect. Immun. 76: стр. 5266–5273. Marx, Jean. “New Bacterial Defense Against Phage Invaders Identified.” Science 23, март 2007, 315 (5819), стр. 1650–1651.

266

McGowan, Sheena, Ashley M. Buckle, Michael S. Mitchell, James T. Hoopes, D. Travis Gallagher, Ryan D. Heselpoth, Yang Shen, Cyril F. Reboul, Ruby H. P. Law, Vincent A. Fischetti, James C. Whisstock and Daniel C. Nelson. “X-ray crystal structure of the streptococcal specific phage lysin PlyC.” PNAS, 17 июля 2012.

267

Wright, A., C. H. Hawkins, E. E. Anggard, and D. R. Harper.

“A controlled clinical trial of a therapeutic bacteriophage preparation in chronic otitis due to antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa; a preliminary report of efficacy.” Clin. Otolaryngol., август 2009, 34 (4), стр. 349–357.

268

Marinelli, L. J., et al. “Propionibacterium acnes bacteriophages display limited genetic diversity and broad killing activity against bacterial skin isolates.” mBio 3 (5), e00279, декабрь 2012.

269

Opticks, 2nd edition (1718), Book 3, Query 30, 349.

270

Gladman, Brett J., Joseph A. Burns, Martin Duncan, Pascal Lee, and Harold F. Levison. “The exchange of impact ejecta between terrestrial planets.” Science, 8 марта 1996, Vol. 271, № 5254, стр. 1387(6).

271

McKay, David S., et al. “Search for Past Life on Mars: Possible Relic Biogenic Activity in Martian Meteorite ALH84001.” Science, 273 (5277), стр. 924–930, 1996.

272

Wright, I. P., M. M. Grady, and C. T. Pillinger. “Organic materials in a martian meteorite.” Nature 340, 20 июля 1989, стр. 220–222.

273

The Carnegie Institution Geophysical Laboratory Seminar. “Analysis of evidence of Mars life.” Проводился 14 мая 2007; summary of the lecture given by Gilbert V. Levin, Ph.D., at http://arxiv.org/abs/0705.3176, published in Electroneuro-biologίa, Vol. 15 (2), стр. 39–47.

274

Paepe, Ronald (2007). “The Red Soil on Mars as a proof for water and vegetation (PDP).” Geophysical Research Abstracts 9 (1794). Исправлено 14 августа 2008.

275

Navarro-Gonzalez, R., et al. (2006). “The limitations on organic detection in Mars-like soils by thermal volatilization – gas chromatography – MS and their implications for the Viking results.” PNAS103 (44): стр. 16089–16094. См. также: http://www.earth.northwestern.edu/individ/seth/438/mckay.viking.pdf

276

http://www.nasa.gov/mission_pages/msl/multimedia/pia16576.html

277

http://news.nationalgeographic.com/news/2012/09/120927-nasa-marsscience-laboratory-curiosity-rover-water-life-jpl/

278

McCubbin, Francis M., Erik H. Hauri, Stephen M. Elardo, Kathleen E. Vander Kaaden, Jianhua Wang and Charles K. Shearer Jr.. “Hydrous melting of the Martian mantle produced both depleted and enriched shergottites.” Geology, G33242.1 (первая публикация 15 июня 2012).

279

Conference on the Geophysical Detection of Subsurface Water on Mars (2001).

280

www.lpi.usra.edu/meetings/marsconcepts2012/pdf/4385.pdf

281

Allentoft, Morten E., Matthew Collins, David Harker, James Haile, Charlotte L. Oskam, Marie L. Hale, Paula F. Campos, Jose A. Samaniego, M. Thomas P. Gilbert, Eske Willerslev, Guojie Zhang, R. Paul Scofield, Richard N. Holdaway, and Michael Bunce. “The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils.” Proc. R. Soc. B7, декабрь 2012, Vol. 279, № 1748, стр. 4724–4733.

282

http://news.sciencemag.org/scienceinsider/2012/02/failure-to-launch-mars-missions. html?ref=hp

283

http://www.bis.gov.uk/assets/ukspaceagency/docs/space-science/beagle-2-commission-of-inquiry-report.pdf

284

http://acquisition.jpl.nasa.gov/rfp/msr01/MSRArch-Paper.pdf

285

http://www.oosa.unvienna.org/oosa/SpaceLaw/outerspt.html

Еще от автора Крейг Вентер

Крейг Вентер

Расшифрованная жизнь. Мой геном, моя жизнь

Крейг Вентер – один из ведущих ученых нашего времени, внесший огромный вклад в развитие геномики. В феврале 2001 года Вентер опубликовал полностью секвенированный геном человека. Его замечательные мемуары – честный, откровенный рассказ о своей жизни, в которой было и небогатое детство, и война во Вьетнаме, и общение с выдающимися учеными, научившими его любить науку и честно служить ей. «Расшифрованная жизнь» – еще и рассказ о том, как сегодня делаются открытия и как нелегко приходится тем, кто пытается отстаивать новое.