Вирусы: Скорее друзья, чем враги - [126]
Мы собрали образцы кала у разных доноров и реципиентов на начальном этапе терапии, на более поздних временны́х точках – от нескольких месяцев до пяти лет, чтобы зафиксировать изменения в составе микроорганизмов, для чего используется современная методика – секвенирование микробиома. Данный подход позволяет получать информацию одновременно обо всех бактериях и всех прочих микроорганизмах, не делая между ними различий. В образце кала нужно выявить общее количество аминокислот, что оказалось гораздо труднее, чем ожидалось, так как это не совсем стандартная процедура для биохимической лаборатории! Последовательности, полученные из образцов, можно сравнивать с известными последовательностями микроорганизмов, хранящимися в обширных базах данных. Кроме того, мы изучали виром – все вирусы одновременно. Объем полученных данных оказался действительно гигантским. Я сама перевозила жесткий диск с несколькими сотнями мегабайт информации между Цюрихом и Берлином. Я везла его в дамской сумочке и очень следила за его сохранностью. Самые большие компьютеры Швейцарского федерального технологического института и Общества Макса Планка много дней обрабатывали эти данные. Состав флоры кишечника представлял собой смесь микрофлоры пациента и донора, а исчезла. Здоровые кишечные бактерии донора разрастаются, замещая опасные. Это нормальное защитное поведение бактерий – здоровые бактерии вытесняют опасные. При этом под «здоровыми» подразумеваются «наши» бактерии, то есть бактерии, являющиеся частью сформировавшейся экосистемы, хотя для этого явления нет универсального определения. Здоровые бактерии поддерживают наше здоровье!
В каждом образце кала мы обнаружили около 100 типов бактерий, то есть лишь десятую часть от ожидавшегося мною числа. Затем мы выявили некоторое число архей. Функции архей в нашем кишечнике не вполне понятны, но они могут играть важную роль в пищеварении. Их и ранее находили в фекалиях, что свидетельствует о том, что не все археи являются экстремофилами. Более того, мы дополнительно идентифицировали 22 вируса: 21 фаг и один – нечто вроде вируса хлореллы, гигантского вируса морских водорослей. Мы не ожидали обнаружить такой вирус, так же как и Джеймс ван Иттен, занимающийся изучением данного типа вируса, был очень удивлен, когда мы рассказали ему об этом по телефону. Это был первый случай обнаружения гигантского вируса в образце кала человека. Это заставило пациентку нервничать, хотя для этого не было никаких оснований, поскольку нет данных, что гигантские вирусы являются болезнетворными. Мы спросили ее, есть ли у нее какие-нибудь пищевые предпочтения, например суши. Она дала отрицательный ответ, но и в обычной питьевой воде из-под крана можно обнаружить этот гигантский вирус. Мы ожидали выявить в 100 раз больше фагов, а не так, как оказалось, – совсем мало. Объяснялось ли это тем, что мы подготовили образцы не в оптимальных условиях, – мы использовали методы, предназначенные для более крупных бактериальных геномов, а не для небольших геномов фага? Позднее другие исследователи показали, что в микробиоме здорового человека содержатся фаги, интегрированные в геном бактерий, и что они не ведут себя как свободные фаги, за исключением случаев, когда имеют место заболевания. Таким образом, это, возможно, еще одно свидетельство нормализованного бактериального содержимого кишечника пациента. Мы наблюдали за пациенткой в течение пяти лет, и у нее больше не возникало никаких проблем. А два курса приема антибиотиков по другим показаниям не причинили ее здоровью никакого вреда. Было проведено системное исследование с наличием контрольных групп, результаты которого в 2013 г. опубликованы голландскими исследователями. Было показано, что фекальная передача оказалась более эффективной по сравнению с терапией, упомянутой в предыдущих историях болезни, что является легитимным обоснованием для использования этого терапевтического подхода.
