Смотри, что у тебя внутри. Как микробы, живущие в нашем теле, определяют наше здоровье и нашу личность [заметки]

Шрифт
Интервал

1

Следует отметить, что последний доклад Американской академии микробиологии снижает это соотношение до 3:1 в основном за счет увеличения числа подсчитанных клеток человека. Но в любом случае численный перевес на стороне микробов. См.: http://academy.asm.org/index.php/faq-series/5122humanmicrobiome.

2

Доступно онлайн: проект “Гутенберг”, www.gutenberg.org/files/1228/1228-h/1228-h.htm.

3

N. O. Verhulst et al., “Composition of Human Skin Microbiota Affects Attractiveness to Malaria Mosquitoes,” PloS One 6, no. 12 (2011): e28991.

4

E. A. Grice et al., “Topographical and Temporal Diversity of the Human Skin Microbiome,” Science 324, no. 5931 (May 29, 2009): 1190–92; E. K. Costello et al., “Bacterial Community Variation in Human Body Habitats Across Space and Time,” Science 326, no. 5960 (December 18, 2009): 1694–97.

5

F. R. Blattner et al., “The Complete Genome Sequence of Escherichia Coli K-12,” Science 277, no. 5331 (September 5, 1997): 1453–62.

6

R. H. MacArthur and E. O. Wil-son, The Theory of Island Biogeography. Princeton, NJ: Princeton University Press, 2001.

7

N. Fierer et al., “Forensic Identification Using Skin Bacterial Communities,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107, no. 14 (April 6, 2010): 6477–81.

8

“Место преступления: Майами”: “CSI: Miami Season 9,” Wikipedia, http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_CSI:_Miami_episodes#Season_9:_2010.E2.80.932011.

9

Для очень познавательного и развлекательного введения в “сад нашего тела” см.: Mary Roach, Stiff: The Curious Lives of Human Cadavers. New York: W. W. Norton, 2004.

10

Meagan B. Gallagher, Sonia Sandhu, and Robert Kimsey, “Variation in Developmental Time for Geographically Distinct Populations of the Common Green Bottle Fly, Lucilia sericata (Meigen),” Journal of Forensic Sciences 55, no. 2 (March 2010): 438–42.

11

O. S. Von Ehrenstein et al., “Reduced Risk of Hay Fever and Asthma Among Children of Farmers,” Clinical and Experimental Allergy: Journal of the British Society for Allergy and Clinical Immunology 30, no. 2 (February 2000): 187–93; E. von Mutius and D. Vercelli, “Farm Living: Effects on Childhood Asthma and Allergy,” Nature Reviews Immunology 10, no. 12 (December 2010): 861–68.

12

E. S. Charlson et al., “Assessing Bacterial Populations in the Lung by Replicate Analysis of Samples from the Upper and Lower Respiratory Tracts,” PloS One 7, no. 9 (2012): e42786; E. S. Charlson et al., “Topographical Continuity of Bacterial Populations in the Healthy Human Respiratory Tract,” American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 184, no. 8 (October 15, 2011): 957–63.

13

J. K. Harris et al., “Molecular Identification of Bacteria in Bronchoalveolar Lavage Fluid from Children with Cystic Fibrosis,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 104, no. 51 (December 18, 2007): 20529–33.

14

E. S. Charlson et al., “Topographical Continuity of Bacterial Populations in the Healthy Human Respiratory Tract,” American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 184, no. 8 (October 15, 2011): 957–63.

15

A. Morris et al., “Comparison of the Respiratory Microbiome in Healthy Nonsmokers and Smokers,” American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 187, no. 10 (May 15, 2013): 1067–75.

16

O. E. Cornejo et al., “Evolutionary and Population Genomics of the Cavity Causing Bacteria Streptococcus Mutans,” Molecular Biology and Evolution 30, no. 4 (April 2013): 881–93.

17

J. Slots, “The Predominant Cultivable Microflora of Advanced Periodontitis,” Scandinavian Journal of Dental Research 85, no. 2 (January/February 1977): 114–21.

18

M. Castellarin et al., “Fusobacterium Nucleatum Infection Is Prevalent in Human Colorectal Carcinoma,” Genome Research 22, no. 2 (February 2012): 299–306; M. R. Rubinstein et al., “Fusobacterium Nucleatum Promotes Colorectal Carcinogenesis by Modulating E-Cadherin/BetaCatenin Signaling via Its FadA Adhesin,” Cell Host & Microbe 14, no. 2 (August 14, 2013): 195–206; A. D. Kostic et al., “Fusobacterium Nucleatum Potentiates Intestinal Tumorigenesis and Modulates the Tumor-Immune Microenvironment,” Cell Host & Microbe 14 (2013): 207–15; R. L. Warren et al., “Co-occurrence of Anaerobic Bacteria in Colorectal Carcinomas,” Microbiome 1, no. 1 (May 15, 2013): 16; L. Flanagan et al., “Fusobacterium Nucleatum Associates with Stages of Colorectal Neoplasia Development, Colorectal Cancer and Disease Outcome,” European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases: Official Publication of the European Society of Clinical Microbiology 33, no. 8 (August 2014): 1381–90.

19

D. Falush et al., “Traces of Human Migrations in Helicobacter Pylori Populations,” Science 299, no. 5612 (March 7, 2003): 1582–85.

20

P. B. Eckburg et al., “Diversity of the Human Intestinal Microbial Flora,” Science 308, no. 5728 (June 10, 2005): 1635–38.

21

M. Hamady and R. Knight, “Microbial Community Profiling for Human Microbiome Projects: Tools, Techniques, and Challenges,” Genome Research 19, no. 7 (July 2009): 1141–52.

22

Human Microbiome Project Consortium, “Structure, Function and Diversity of the Healthy Human Microbiome,” Nature 486, no. 7402 (June 13, 2012): 207–14.

23

Eckburg et al., “Diversity of the Human Intestinal Microbial Flora,” 1635–38.

24

R. E. Ley et al., “Microbial Ecology: Human Gut Microbes Associated with Obesity,” Nature 444, no. 7122 (December 21, 2006): 1022–23; P. J. Turnbaugh et al., “A Core Gut Microbiome in Obese and Lean Twins,” Nature 457, no. 7228 (January 22, 2009): 480–84; J. Henao-Mejia et al., “Inflammasome-Mediated Dysbiosis Regulates Progression of NAFLD and Obesity,” Nature 482, no. 7384 (February 1, 2012): 179–85; V. K. Ridaura et al., “Gut Microbiota from Twins Discordant for Obesity Modulate Metabolism in Mice,” Science 341, no. 6150 (September 6, 2013): 1241214; M. L. Zupancic et al., “Analysis of the Gut Microbiota in the Old Order Amish and Its Relation to the Metabolic Syndrome,” PloS One 7, no. 8 (2012): e43052; D. Knights et al., “HumanAssociated Microbial Signatures: Examining Their Predictive Value,” Cell Host & Microbe 10, no. 4 (October 20, 2011): 292–96; E. Le Chatelier et al., “Richness of Human Gut Microbiome Correlates with Metabolic Markers,” Nature 500, no. 7464 (August 29, 2013): 541–46; A. Cotillard et al., “Dietary Intervention Impact on Gut Microbial Gene Richness,” Nature 500, no. 7464 (August 29, 2013): 585–88.

25

R. A. Koeth et al., “Intestinal Microbiota Metabolism of L–Carnitine, a Nutrient in Red Meat, Promotes Atherosclerosis,” Nature Medicine 19, no. 5 (May 2013): 576–85; W. H. Tang et al., “Intestinal Microbial Metabolism of Phosphatidylcholine and Cardiovascular Risk,” New England Journal of Medicine 368, no. 17 (April 25, 2013): 1575–84.

26

Y. K. Lee et al., “Proinflammatory T-cell Responses to Gut Microbiota Promote Experimental Autoimmune Encephalomyelitis,” supplement 1, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 (March 15, 2011): 4615–22; K. Berer et al., “Commensal Microbiota and Myelin Autoantigen Cooperate to Trigger Autoimmune Demyelination,” Nature 479 (2011): 538–41.

27

E. Y. Hsiao et al., “Microbiota Modulate Behavioral and Physiological Abnormalities Associated with Neurodevelopmental Disorders,” Cell 155, no. 7 (December 19, 2013): 1451–63.

28

P. Gajer et al., “Temporal Dynamics of the Human Vaginal Microbiota,” Science Translational Medicine 4, no. 132 (May 2, 2012): 132ra52; J. Ravel et al., “Daily Temporal Dynamics of Vaginal Microbiota Before, During and After Episodes of Bacterial Vaginosis,” Microbiome 1, no. 1 (December 2, 2013): 29.

29

R. Romero et al., “The Composition and Stability of the Vaginal Microbiota of Normal Pregnant Women Is Different from That of Non-Pregnant Women,” Microbiome 2, no. 1 (Febuary3, 2014): 4.

30

O. Koren et al., “Host Remodeling of the Gut Microbiome and Metabolic Changes During Pregnancy,” Cell 150, no. 3 (August 3, 2012): 470–80.

31

K. Aagaard et al., “The Placenta Harbors a Unique Microbiome,” Science Translational Medicine 6, no. 237 (May 21, 2014): 237ra65.

32

Romero et al., “Composition and Stability of Vaginal Microbiota of Normal Pregnant Women Different from That of Non-Pregnant Women.”

33

Michelle K. Osterman and Joyce A. Martin, “Changes in Cesarean Delivery Rates by Gestational Age: United States, 1996–2011,” NCHS Data Brief, no. 124, June 2013: 1–8; Luz Gibbons et al., The Global Numbers and Costs of Additionally Needed and Unnecessary Cesarean Sections Performed per Year: Overuse as a Barrier to Universal Coverage. Geneva, Switzerland: World Health Organization, 2010.

34

M. G. Dominguez-Bello et al., “Delivery Mode Shapes the Acquisition and Structure of the Initial Microbiota Across Multiple Body Habitats in Newborns,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107, no. 26 (June 29, 2010): 11971–75.

35

G. V. Guibas et al., “Conception via In Vitro Fertilization and Delivery by Caesarean Section Are Associated with Paediatric Asthma Incidence,” Clinical and Experimental Allergy: Journal of the British Society for Allergy and Clinical Immunology 43, no. 9 (September 2013): 1058–66; L. Braback, A. Lowe, and A. Hjern, “Elective Cesarean Section and Childhood Asthma,” American Journal of Obstetrics and Gynecology 209, no. 5 (November 2013): 496; C. Roduit et al., “Asthma at 8 Years of Age in Children Born by Caesarean Section,” Thorax 64, no. 2 (February 2009): 107–13; M. C. Tollanes et al., “Cesarean Section and Risk of Severe Childhood Asthma: A Population-Based Cohort Study,” Journal of Pediatrics 153, no. 1 (July 2008): 112–16; B. Xu et al., “Caesarean Section and Risk of Asthma and Allergy in Adulthood,” Journal of Allergy and Clinical Immunology 107, no. 4 (April 2001): 732–33.

36

M. Z. Goldani et al., “Cesarean Section and Increased Body Mass Index in School Children: Two Cohort Studies from Distinct Socioeconomic Background Areas in Brazil,” Nutrition Journal 12, no. 1 (July 25, 2013): 104; A. A. Mamun et al., “Cesarean Delivery and the Long-term Risk of Offspring Obesity,” Obstetrics and Gynecology 122, no. 6 (December 2013): 1176–83; D. N. Mesquita et al., “Cesarean Section Is Associated with Increased Peripheral and Central Adiposity in Young Adulthood: Cohort Study,” PloS One 8, no. 6 (June 27, 2013): e66827; K. Flemming et al., “The Association Between Caesarean Section and Childhood Obesity Revisited: A Cohort Study,” Archives of Disease in Childhood 98, no. 7 (July 2013): 526–32; E. Svensson et al., “Caesarean Section and Body Mass Index Among Danish Men,” Obesity 21, no. 3 (March 2013): 429–33; H. T. Li, Y. B. Zhou, and J. M. Liu, “The Impact of Cesarean Section on Offspring Overweight and Obesity: A Systematic Review and Meta-Analysis,” International Journal of Obesity 37, no. 7 (July 2013): 893–99; H. A. Goldani et al., “Cesarean Delivery Is Associated with an Increased Risk of Obesity in Adulthood in a Brazilian Birth Cohort Study,” American Journal of Clinical Nutrition 93, no. 6 (June 2011): 1344–47; L. Zhou et al., “Risk Factors of Obesity in Preschool Children in an Urban Area in China,” European Journal of Pediatrics 170, no. 11 (November 2011): 1401–6.

37

T. Marrs et al., “Is There an Association Between Microbial Exposure and Food Allergy? A Systematic Review,” Pediatric Allergy and Immunology: Official Publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology 24, no. 4 (June 2013): 311–20 e8.

38

J. Penders et al., “Establishment of the Intestinal Microbiota and Its Role for Atopic Dermatitis in Early Childhood,” Journal of Allergy and Clinical Immunology 132, no. 3 (September 2013): 601–7 e8; K. Pyrhonen et al., “Caesarean Section and Allergic Manifestations: Insufficient Evidence of Association Found in PopulationBased Study of Children Aged 1 to 4 Years,” Acta Paediatrica 102, no. 10 (October 2013): 982–89; F. A. van Nimwegen et al., “Mode and Place of Delivery, Gastrointestinal Microbiota, and Their Influence on Asthma and Atopy,” Journal of Allergy and Clinical Immunology 128, no. 5 (November 2011): 948–55 e1–3; P. Bager, J. Wohlfahrt, and T. Westergaard, “Caesarean Delivery and Risk of Atopy and Allergic Disease: Meta-Analyses,” Clinical and Experimental Allergy: Journal of the British Society for Allergy and Clinical Immunology 38, no. 4 (April 2008): 634–42; K. Negele et al., “Mode of Delivery and Development of Atopic Disease During the First 2 Years of Life,” Pediatric Allergy and Immunology: Official Publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology 15, no. 1 (February 2004): 48–54.

39

M. B. Azad et al., “Gut Microbiota of Healthy Canadian Infants: Profiles by Mode of Delivery and Infant Diet at 4 Months,” CMAJ: Canadian Medical Association Journal 185, no. 5 (March 19, 2013): 385–94.

40

J. E. Koenig et al., “Succession of Microbial Consortia in the Developing Infant Gut Microbiome,” supplement 1, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 (March 15, 2011): 4578–85.

41

G. D. Wu et al., “Linking Longterm Dietary Patterns with Gut Microbial Enterotypes,” Science 334, no. 6052 (October 7, 2011): 105–8.

42

G. D. Wu et al., “Linking Longterm Dietary Patterns with Gut Microbial Enterotypes,” Science 334, no. 6052 (October 7, 2011): 105–8.

43

J. Qin et al., “A Human Gut Microbial Gene Catalogue Established by Metagenomic Sequencing,” Nature 464, no. 7285 (March 4, 2010): 59–65.

44

T. Yatsunenko et al., “Human Gut Microbiome Viewed Across Age and Geography,” Nature 486, no. 7402 (May 9, 2012): 222–7.

45

J. H. Hehemann et al., “Transfer of Carbohydrate-Active Enzymes from Marine Bacteria to Japanese Gut Microbiota,” Nature 464, no. 7290 (April 8, 2010): 908–12.

46

P. J. Turnbaugh et al., “A Core Gut Microbiome in Obese and Lean Twins,” Nature 457, no. 7228 (Jan. 22, 2009): 480–4.

47

J. Genuneit et al., “The Combined Effects of Family Size and Farm Exposure on Childhood Hay Fever and Atopy,” Pediatric Allergy and Immunology: Official Publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology 24, no. 3 (May 2013): 293–98.

48

S. J. Song et al., “Cohabiting Family Members Share Microbiota with One Another and with Their Dogs,” eLife 2 (April 16, 2013): e00458.

49

J. G. Caporaso et al., “Moving Pictures of the Human Microbiome,” Genome Biology 12, no. 5 (2011): R50.

50

M. J. Claesson et al., “Gut Microbiota Composition Correlates with Diet and Health in the Elderly,” Nature 488, no. 7410 (August 9, 2012): 178–84.

51

P. J. Turnbaugh et al., “DietInduced Obesity Is Linked to Marked but Reversible Alterations in the Mouse Distal Gut Microbiome,” Cell Host & Microbe 3, no. 4 (April 17, 2008): 213–23.

52

M. Vijay-Kumar et al., “Metabolic Syndrome and Altered Gut Microbiota in Mice Lacking Toll-like Receptor 5,” Science 328, no. 5975 (April 9, 2010): 228–31.

53

Ridaura et al., “Gut Microbiota from Twins Discordant for Obesity Modulate Metabolism in Mice.”

54

D. Mozaffarian et al., “Changes in Diet and Lifestyle and Long-term Weight Gain in Women and Men,” New England Journal of Medicine 364, no. 25 (June 23, 2011): 2392–404.

55

L. A. David et al., “Diet Rapidly and Reproducibly Alters the Human Gut Microbiome,” Nature 505, no. 7484 (January 23, 2014): 559–63.

56

D. P. Strachan, “Hay Fever, Hygiene, and Household Size,” British Medical Journal 299, no. 6710 (Nov. 18, 1989): 1259–60.

57

D. P. Strachan, “Is Allergic Disease Programmed in Early Life?”, Clinical & Experimental Allergy 24, no. 7 (July 1994): 603–5.

58

J. Riedler et al., “Exposure to Farming in Early Life and Development of Asthma and Allergy: A Cross-Sectional Study,” The Lancet 358, no. 9288 (Oct. 6, 2001): 1129–33.

59

S. Illi et al., “Protection from Childhood Asthma and Allergy in Alpine Farm Environments – the GABRIEL Advanced Studies,” Journal of Allergy and Clinical Immunology 129, no. 6 (June 2012): 1470–7.

60

Braun-Fahrländer et al., “Environmental Exposure to Endotoxin and Its Relation to Asthma in School-Age Children,” New England Journal of Medicine 347, no. 12 (Sept. 19, 2002): 869–77.

61

J. Douwes et al., “Does Early Indoor Microbial Exposure Reduce the Risk of Asthma? The Prevention and Incidence of Asthma and Mite Allergy Birth Cohort Study,” Journal of Allergy and Clinical Immunology 117, no. 5 (May 2006): 1067–73.

62

S. Lau et al., “Early Exposure to House-Dust Mite and Cat Allergens and Development of Childhood Asthma: a Cohort Study. Multicenter Allergy Study Group,” The Lancet 356, no. 9239 (Oct. 21, 2000): 1392–7.

63

M. J. Ege et al., “Exposure to Environmental Microorganisms and Childhood Asthma,” New England Journal of Medicine 364, no. 8 (Feb. 24, 2011): 701–9.

64

E. Y. Hsiao et al., “Microbiota Modulate Behavioral and Physiological Abnormalities Associated With Neurodevelopmental Disorders,” Cell 155, no. 7 (Dec. 19, 2013): 1451–63.

65

N. Elazab et al., “Probiotic Administration in Early Life, Atopy, and Asthma: a Meta-Analysis of Clinical Trials,” Pediatrics 132, no. 3 (Sept. 2013): 666–76.

66

A. A. Niccoli et al., “Preliminary Results on Clinical Effects of Probiotic Lactobacillus Salivarius LS01 in Children Affected by Atopic Dermatitis,” Journal of Clinical Gastroenterology 48, supplement 1 (Nov-Dec 2014): S34–6.

67

M. C. Arrieta and B. Finlay, “The Intestinal Microbiota and Allergic Asthma,” Journal of Infection 4453, no. 14 (Sept. 25, 2014): 227–8.

68

A. Du Toit, “Microbiome: Clostridia Spp. Combat Food Allergy in Mice,” National Review of Microbiology 12, no. 10 (Sept. 16, 2014): 657.

69

A. T. Stefka et al., “Commensal Bacteria Protect Against Food Allergen Sensitization,” Proceedings of the National Academy of Sciences 111, no. 36 (Sept. 9, 2014): 13145–50.

70

M. Noval Rivas et al., “A Microbiota Signature Associated With Experimental Food Allergy Promotes Allergic Sensitization and Anaphylaxis,” Journal of Allergy and Clinical Immunology 131, no. 1 (Jan. 2013): 201–12.

71

M. S. Kramer et al., “Promotion of Breastfeeding Intervention Trial (PROBIT): a ClusterRandomized Trial in the Republic of Belarus. Design, Follow-Up, and Data Validation,” Advances in Experimental Medicine and Biology 478 (2000): 327–45.

72

H. Kronborg et al., “Effect of Early Postnatal Breastfeeding Support: a Cluster-Randomized Community Based Trial,” Acta Pediatrica 96, no. 7 (July 2007): 1064–70.

73

I. Hanski et al., “Environmental Biodiversity, Human Microbiota, and Allergy Are Interrelated,” Proceedings of the National Academy of Sciences 109, no. 21 (May 22, 2012): 8334–9.

74

C. G. Carson, “Risk Factors for Developing Atopic Dermatitis,” Danish Medical Journal 60, no. 7 (July 2013): B4687.

75

E. von Mutius et al., “The PASTURE Project: E. U. Support for the Improvement of Knowledge About Risk Factors and Preventive Factors for Atopy in Europe,” Allergy 61, no. 4 (April 2006): 407–13.

76

S. J. Song et al., “Cohabiting Family Members Share Microbiota With One Another and With Their Dogs,” eLife 2 (April 16, 2013).

77

B. Brunekreef et al., “Exposure to Cats and Dogs, and Symptoms of Asthma, Rhinoconjunctivitis, and Eczema,” Epidemiology 23, no. 5 (Sept. 2012): 742–50.

78

I. Trehan et al., “Antibiotics as Part of the Management of Severe Acute Malnutrition,” New England Journal of Medicine 368, no. 5 (January 31, 2013): 425–35.

79

M. I. Smith et al., “Gut Microbiomes of Malawian Twin Pairs Discordant for Kwashiorkor,” Science 339, no. 6119 (February 1, 2013): 548–54.

80

Turnbaugh et al., “Core Gut Microbiome in Obese and Lean Twins.”

81

D. N. Frank et al., “MolecularPhylogenetic Characterization of Microbial Community Imbalances in Human Inflammatory Bowel Diseases,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 104, no. 34 (August 21, 2007): 13780–85; M. Tong et al., “A Modular Organization of the Human Intestinal Mucosal Microbiota and Its Association with Inflammatory Bowel Disease,” PloS One 8, no. 11 (November 19, 2013): e80702.

82

J. U. Scher et al., “Expansion of Intestinal Prevotella Copri Correlates with Enhanced Susceptibility to Arthritis,” eLife 2 (November 5, 2013): e01202.

83

P. Bercik, “The MicrobiotaGut-Brain Axis: Learning from Intestinal Bacteria?”, Gut 60, no. 3 (March 2011): 288–89.

84

J. F. Cryan and S. M. O’Mahony, “The Microbiome-Gut-Brain Axis: From Bowel to Behavior,” Neurogastroenterology and Motility: The Official Journal of the European Gastrointestinal Motility Society 23, no. 3 (March 2011): 187–92.

85

A. Naseribafrouei et al., “Correlation Between the Human Fecal Microbiota and Depression,” Neurogastroenterology and Motility: The Official Journal of the European Gastrointestinal Motility Society 26, no. 8 (August 2014): 1155–62.

86

G. A. Rook, C. L. Raison, and C. A. Lowry, “Microbiota, Immunoregulatory Old Friends and Psychiatric Disorders,” Advances in Experimental Medicine and Biology 817 (2014): 319–56.

87

D. W. Kang et al., “Reduced Incidence of Prevotella and Other Fermenters in Intestinal Microflora of Autistic Children,” PLoS One 8, no. 7 (2013): e68322.

88

Hsiao et al., “Microbiota Modulate Behavioral and Physiological Abnormalities Associated with Neurodevelopmental Disorders.”

89

Vijay-Kumar et al., “Metabolic Syndrome and Altered Gut Microbiota in Mice Lacking Tolllike Receptor 5.”

90

P. Bercik et al., “The Intestinal Microbiota Affect Central Levels of Brain-Derived Neurotropic Factor and Behavior in Mice,” Gastroenterology 141, no. 2 (August 2011): 599–609, 609 e1–3.

91

R. Diaz Heijtz et al., “Normal Gut Microbiota Modulates Brain Development and Behavior,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108, no. 7 (February 15, 2011): 3047–52.

92

C. L. Ohland et al., “Effects of Lactobacillus Helveticus on Murine Behavior Are Dependent on Diet and Genotype and Correlate with Alterations in the Gut Microbiome,” Psychoneuroendocrinology 38 (2013): 1738–47.

93

A. R. Mackos et al., “Probiotic Lactobacillus Reuteri Attenuates the Stressor-Enhanced Sensitivity of Citrobacter Rodentium Infection,” Infection and Immunity 81, no. 9 (September 2013): 3253–63.

94

P. A. Kantak, D. N. Bobrow, and J. G. Nyby, “Obsessive-Compulsive-like Behaviors in House Mice Are Attenuated by a Probiotic (Lactobacillus Rhamnosus GG),” Behavioural Pharmacology 25, no. 1 (February 2014): 71–79.

95

Hsiao et al., “Microbiota Modulate Behavioral and Physiological Abnormalities Associated with Neurodevelopmental Disorders.”

96

S. Guandalini et al., “VSL#3 Improves Symptoms in Children with Irritable Bowel Syndrome: A Multicenter, Randomized, Placebo-Controlled, DoubleBlind, Crossover Study,” Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition 51, no. 1 (July 2010): 24–30.

97

M. Dapoigny et al., “Efficacy and Safety Profile of LCR35 Complete Freeze-Dried Culture in Irritable Bowel Syndrome: A Randomized, Double-Blind Study,” World Journal of Gastroenterology 18, no. 17 (May 7, 2012): 2067–75.

98

E. Smecuol et al., “Exploratory, Randomized, Double-Blind, Placebo-Controlled Study on the Effects of Bifidobacterium Infantis Natren Life Start Strain Super Strain in Active Celiac Disease,” Journal of Clinical Gastroenterology 47, no. 2 (February 2013): 139–47.

99

M. Fr mont et al., “HighThroughput 16S rRNA Gene Sequencing Reveals Alterations of Intestinal Microbiota in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome Patients,” Anaerobe 22 (August 2013): 50–56.

100

M. Messaoudi et al., “Beneficial Psychological Effects of a Probiotic Formulation (Lactobacillus Helveticus R0052 and Bifidobacterium Longum R0175) in Healthy Human Volunteers,” Gut Microbes 2, no. 4 (July/August 2011): 256–61.

101

Medical Council, General Board of Health, Report of the Committee for Scientific Inquiries in Relation to the Cholera-Epidemic of 1854 (London, England, 1855).


102

C. A. Lozupone et al., “Diversity, Stability and Resilience of the Human Gut Microbiota,” Nature 489, no. 7415 (September 13, 2012): 220–30.

103

S. H. Duncan et al., “Contribution of Acetate to Butyrate Formation by Human Faecal Bacteria,” British Journal of Nutrition 91 (2004): 915–23.

104

World Gastroenterology Organisation, World Gastroenterology Organisation Practice Guideline: Probiotics and Prebiotics (May 2008). www.worldgastroenterology.org/assets/downloads/en/pdf/guidelines/19_probiotics_prebiotics.pdf.

105

Чтобы вы могли получить представление о результатах клинических испытаний: в перекрестном, плацебоконтролируемом, двойном слепом исследовании потребление 30 граммов в день пребиотика под названием изомальт (смесь полиолов 1-О-Dглюкопиранозила-D-маннитола и 6-О-D-глюкопиранозила-Dсорбитаола) в течение четырех недель привело к увеличению доли бифидобактерий на 65 процентов и увеличению общего количества их клеток на 47 процентов по сравнению с потреблением сахарозы. Другими словами, этот пребиотик увеличил количество представителей вида бактерий, который считается полезным, хотя прямое его воздействие на функции кишечника не изучалось. В другом исследовании, где двенадцать добровольцев принимали по 10 граммов инулина в день в течение шестнадцати дней, доля бактерий вида Bifidobacterium adolescentis увеличилась с 0,89 до 3,9 процента от общего количества микробов по сравнению с контрольным периодом без каких-либо пищевых добавок. A. Gostner, “Effect of Isomalt Consumption on Faecal Microflora and Colonic Metabolism in Healthy Volunteers,” British Journal of Nutrition 95, no. 1 (January 2006): 40–50; C. Ramirez-Farias et al., “Effect of Inulin on the Human Gut Microbiota: Stimulation of Bifidobacterium Adolescentis and Faecalibacterium Prausnitzii,” British Journal of Nutrition 101, no. 4 (February 2009): 541–50.

106

H. Steed et al., “Clinical Trial: The Microbiological and Immunological Effects of Synbiotic Consumption – A Randomized Double-Blind Placebo-Controlled Study in Active Crohn’s Disease,” Alimentary Pharmacology & Therapeutics 32, no. 7 (October 2010): 872–83.

107

D. Linetzky Waitzberg, “Microbiota Benefits After Inulin and Partially Hydrolized Guar Gum Supplementation: A Randomized Clinical Trial in Constipated Women,” Nutricion Hospitalaria 27, no. 1 (January/February 2012): 123–29.

108

Z. Asemi et al., “Effects of Synbiotic Food Consumption on Metabolic Status of Diabetic Patients: A Double-Blind Randomized Crossover Controlled Clinical Trial,” Clinical Nutrition 33, no. 2 (April 2014): 198–203.

109

J. A. Applegate et al., “Systematic Review of Probiotics for the Treatment of Community-Acquired Acute Diarrhea in Children,” supplement 3, BMC Public Health 13 (2013): S16.

110

A. P. Hungin et al., “Systematic Review: Probiotics in the Management of Lower Gastrointestinal Symptoms in Clinical Practice – An Evidence-Based International Guide,” Alimentary Pharmacology & Therapeutics 38, no. 8 (October 2013): 864–86.

111

N. P. McNulty et al., “The Impact of a Consortium of Fermented Milk Strains on the Gut Microbiome of Gnotobiotic Mice and Monozygotic Twins,” Science Translational Medicine 3, no. 106 (October 26, 2011): 106ra106.

112

H. J. Kim et al., “A Randomized Controlled Trial of a Probiotic Combination VSL# 3 and Placebo in Irritable Bowel Syndrome with Bloating,” Neurogastroenterology and Motility: The Official Journal of the European Gastrointestinal Motility Society 17, no. 5 (October 2005): 687–96.

113

D. J. Merenstein, J. Foster, and F. D’Amico, “A Randomized Clinical Trial Measuring the Influence of Kefir on Antibiotic-Associated Diarrhea: The Measuring the Influence of Kefir (MILK) Study,” Archives of Pediatrics & Adolescent Medicine 163, no. 8 (August 2009): 750–54; R. S. Beniwal, “A Randomized Trial of Yogurt for Prevention of Antibiotic-Associated Diarrhea,” Digestive Diseases and Sciences 48, no. 10 (October 2003): 2077–82.

114

“Clostridium Difficile Fact Sheet,” Centers for Disease Control and Prevention, accessed September 2014, www.cdc.gov/hai/eip/pdf/Cdiff-factsheet.pdf.

115

I. Youngster, “Fecal Microbiota Transplant for Relapsing Clostridium Difficile Infection Using a Frozen Inoculum from Unrelated Donors: A Randomized, Open-Label, Controlled Pilot Study,” Clinical Infectious Diseases: An Official Publication of the Infectious Diseases Society of America 58, no. 11 (June 1, 2014): 1515–22; Z. Kassam et al., “Fecal Microbiota Transplantation for Clostridium Difficile Infection: Systematic Review and MetaAnalysis,” American Journal of Gastroenterology 108, no. 4 (April 2013): 500–508.

116

“How Well Do Vaccines Work?”, Vaccines. gov, US Department of Health and Human Services, accessed October 11, 2014, www.vaccines.gov/basics/effectiveness.

117

“Vaccines • Disease,” Immunization Healthcare Branch, accessed October 11, 2014, www.vaccines.mil/Vaccines.

118

Y. Li et al., “On the Origin of Smallpox: Correlating Variola Phylogenics with Historical Smallpox Records,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 104, no. 40 (October 2, 2007): 15787–92.

119

Rob Stein, “Should Last Remaining Known Smallpox Virus Die?”, Washington Post, March 8, 2011.

120

Z. Wang et al., “Gut Flora Metabolism of Phosphatidylcholine Promotes Cardiovascular Disease,” Nature 472, no. 7341 (April 7, 2011): 57–63.

121

A. D. Kostic et al., “Genomic Analysis Identifies Association of Fusobacterium with Colorectal Carcinoma,” Genome Research 22, no. 2 (February 2012): 292–98.

122

Ley, “Microbial Ecology.”

123

C. A. Lowry et al., “Identification of an Immune-Responsive Mesolimbocortical Serotonergic System: Potential Role in Regulation of Emotional Behavior,” Neuroscience 146, no. 2 (May 11, 2007): 756–72.

124

G. A. Rook, C. L. Raison, and C. A. Lowry, “Can We Vaccinate Against Depression?”, Drug Discovery Today 17, nos. 9–10 (May 2012): 451–58.

125

“Conjunctivitis (Pink Eye) in Newborns,” Centers for Disease Control and Prevention, accessed October 11, 2014, www.cdc.gov/conjunctivitis/newborns.html.

126

J. F. Burns, “British Medical Council Bars Doctors Who Linked Vaccine with Autism,” New York Times, May 24, 2010.

127

“Possible Side Effects from Vaccines,” Centers for Disease Control and Prevention, accessed October 11, 2014, www.cdc.gov/vaccines/vacgen/side-effects.htm.

128

New York Times editorial board, “The Rise of Antibiotic Resistance,” New York Times, May 10, 2014.

129

M. J. Blaser, Missing Microbes: How the Overuse of Antibiotics Is Fueling Our Modern Plagues. New York: Henry Holt, 2014.

130

“Battle of the Bugs: Fighting Antibiotic Resistance,” US Food and Drug Administration, last modified August 17, 2011, www.fda.gov/Drugs/ResourcesForYou/Consumers/ucm143568.htm.

131

G. D. Wright, “Mechanisms of Resistance to Antibiotics,” Current Opinion in Chemical Biology 7, no. 5 (October 2003): 563–69.

132

V. J. Paul et al., “Antibiotics in Microbial Ecology: Isolation and Structure Assignment of Several New Antibacterial Compounds from the Insect-Symbiotic Bacteria Xenorhabdus Spp,” Journal of Chemical Ecology 7, no. 3 (May 1981): 589–97.

133

“Use of Antimicrobials Outside Human Medicine and Resultant Antimicrobial Resistance in Humans,” World Health Organization, accessed October 12, 2014, http://web.archive.org/web/20040513120635/, http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs268/en/index.html.

134

R. M. Lowe et al., “Escherichia Coli O157: H7 Strain Origin, Lineage, and Shiga Toxin 2 Expression Affect Colonization of Cattle,” Applied Environmental Microbiology 75, no. 15 (August 2009): 5074–81.

135

I. Cho et al., “Antibiotics in Early Life Alter the Murine Colonic Microbiome and Adiposity,” Nature 488, no. 7413 (August 30, 2012): 621–26.

136

Blaser, Missing Microbes.

137

L. Trasande et al., “Infant Antibiotic Exposures and Early-Life Body Mass,” International Journal of Obesity 37, no. 1 (January 2013): 16–23.

138

S. Foliaki et al., “Antibiotic Use in Infancy and Symptoms of Asthma, Rhinoconjunctivitis, and Eczema in Children 6 and 7 Years Old: International Study of Asthma and Allergies in Childhood Phase III,” Journal of Allergy and Clinical Immunology 124, no. 5 (November 2009): 982–89.

139

A. T. Stefka et al., “Commensal Bacteria Protect Against Food Allergen Sensitization,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 111, no. 36 (September 9, 2014): 13145–50.

140

См. сайт American Gut, www.americangut.org.

141

E. S. Lander et al., “Initial Sequencing and Analysis of the Human Genome,” Nature 409, no. 6822 (February 15, 2001): 860–921.

142

Human Microbiome Project Consortium, “Structure, Function and Diversity.”

143

C. Lozupone and R. Knight, “UniFrac: A New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities,” Applied and Environmental Microbiology 71, no. 12 (December 2005): 8228–35.

144

Turnbaugh et al., “Core Gut Microbiome in Obese and Lean Twins”; M. Hamady et al., “A Core Gut Microbiome in Obese and Lean Twins,” Nature 457, no. 7228 (January 22, 2009): 480–84.

145

Le Chatelier et al., “Richness of Human Gut Microbiome Correlates with Metabolic Markers.”

146

J. L. Dunne, “The Intestinal Microbiome in Type 1 Diabetes,” Clinical and Experimental Immunology 177, no. 1 (July 2014): 30–37.

147

E. Soyucen et al., “Differences in the Gut Microbiota of Healthy Children and Those with Type 1 Diabetes,” Pediatrics International: Official Journal of the Japan Pediatric Society 56, no. 3 (June 2014): 336–43.

148

M. E. Mejia-Leon et al., “Fecal Microbiota Imbalance in Mexican Children with Type 1 Diabetes,” Scientific Reports 4 (2014): 3814.

149

N. Larsen et al. “Gut Microbiota in Human Adults with Type 2 Diabetes Differs from Non-Diabetic Adults,” PloS One 5, no. 2 (2010): e9085.

150

F. H. Karlsson et al., “Gut Metagenome in European Women with Normal, Impaired and Diabetic Glucose Control,” Nature 498, no. 7452 (June 6, 2013): 99–103.

151

J. Sato et al., “Gut Dysbiosis and Detection of ‘Live Gut Bacteria’ in Blood of Japanese Patients with Type 2 Diabetes,” Diabetes Care 37, no. 8 (August 2014): 2343–50.

152

J. Qin et al., “A Metagenomewide Association Study of Gut Microbiota in Type 2 Diabetes,” Nature 490, no. 7418 (October 4, 2012): 55–60.

153

Frank et al., “MolecularPhylogenetic Characterization of Microbial Community Imbalances.”

154

Tong et al., “Modular Organization of Human Intestinal Mucosal Microbiota and Its Association with Inflammatory Bowel Disease.”

155

E. Li et al., “Inflammatory Bowel Diseases Phenotype, C. Difficile and NOD2 Genotype Are Associated with Shifts in Human Ileum Associated Microbial Composition,” PloS One 7, no. 6 (2012): e26284.

156

D. Gevers et al., “The TreatmentNaive Microbiome in New-Onset Crohn’s Disease,” Cell Host & Microbe 15, no. 3 (March 12, 2014): 382–92.

157

C. Manichanh et al., “Anal Gas Evacuation and Colonic Microbiota in Patients with Flatulence: Effect of Diet,” Gut 63, no. 3 (March 13, 2014): 401–8.

158

Castellarin et al., “Fusobacterium Nucleatum Infection Prevalent in Human Colorectal Carcinoma.”

159

Rubinstein et al., “Fusobacterium Nucleatum Promotes Colorectal Carcinogenesis by Modulating ECadherin/Beta-Catenin Signaling via Its FadA Adhesin.”

160

Kostic et al., “Fusobacterium Nucleatum Potentiates Intestinal Tumorigenesis and Modulates Tumor-Immune Microenvironment.”

161

Warren et al., “Co-occurrence of Anaerobic Bacteria in Colorectal Carcinomas.”

162

Flanagan et al., “Fusobacterium Nucleatum Associates with Stages of Colorectal Neoplasia Development, Colorectal Cancer and Disease Outcome,” 1381–90.

163

Koeth et al., “Intestinal Microbiota Metabolism of L–Carnitine.”

164

Tang et al., “Intestinal Microbial Metabolism of Phosphatidylcholine and Cardiovascular Risk.”

165

Scher et al., “Expansion of Intestinal Prevotella Copri Correlates with Enhanced Susceptibility to Arthritis.”

166

F. H. Karlsson et al., “Gut Metagenome in European Women With Normal, Impaired and Diabetic Glucose Control,” Nature 498, no. 7452 (June 6, 2013): 99–103.

167

J. Qin et al., “A MetagenomeWide Association Study of Gut Microbiota in Type 2 Diabetes,” Nature 490, no. 7418 (Oct. 4, 2012): 55–60.

168

D. Knights et al., “HumanAssociated Microbial Signatures: Examining Their Predictive Value,” Cell Host & Microbe 10, no. 4 (Oct. 20, 2011): 292–6.

169

D. Gevers et al., “The TreatmentNaive Microbiome in New-Onset Crohn’s Disease,” Cell Host & Microbe 15, no. 3 (March 12, 2014): 382–92.

170

H. S. Lee et al., “Biomarker Discovery Study Design for Type 1 Diabetes in the Environmental Determinants of Diabetes in the Young (TEDDY) Study,” Diabetes/Metabolism Research and Reviews 30, no. 5 (July 2014): 424–34.

171

Lee et al., “Proinflammatory T-Cell Responses to Gut Microbiota Promote Experimental Autoimmune Encephalomyelitis.”

172

Berer et al., “Commensal Microbiota and Myelin Autoantigen Cooperate to Trigger Autoimmune Demyelination.”

173

Hsiao et al., “Microbiota Modulate Behavioral and Physiological Abnormalities Associated with Neurodevelopmental Disorders.”

174

C. A. Lozupone et al. “Metaanalyses of Studies of the Human Microbiota,” Genome Research 23, no. 10 (October 2013): 1704–14.

175

Hamady and Knight, “Microbial Community Profiling for Human Microbiome Projects.”

176

Z. Liu et al., “Accurate Taxonomy Assignments from 16S rRNA Sequences Produced by Highly Parallel Pyrosequencers,” Nucleic Acids Research 36, no. 18 (October 2008): e120.

177

Z. Liu et al., “Short Pyrosequencing Reads Suffice for Accurate Microbial Community Analysis,” Nucleic Acids Research 35, no. 18 (September 2007): e120.


Рекомендуем почитать
На траверзе — Дакар

Послевоенные годы знаменуются решительным наступлением нашего морского рыболовства на открытые, ранее не охваченные промыслом районы Мирового океана. Одним из таких районов стала тропическая Атлантика, прилегающая к берегам Северо-западной Африки, где советские рыбаки в 1958 году впервые подняли свои вымпелы и с успехом приступили к новому для них промыслу замечательной деликатесной рыбы сардины. Но это было не простым делом и потребовало не только напряженного труда рыбаков, но и больших исследований ученых-специалистов.


Историческое образование, наука и историки сибирской периферии в годы сталинизма

Настоящая монография посвящена изучению системы исторического образования и исторической науки в рамках сибирского научно-образовательного комплекса второй половины 1920-х – первой половины 1950-х гг. Период сталинизма в истории нашей страны характеризуется определенной дихотомией. С одной стороны, это время диктатуры коммунистической партии во всех сферах жизни советского общества, политических репрессий и идеологических кампаний. С другой стороны, именно в эти годы были заложены базовые институциональные основы развития исторического образования, исторической науки, принципов взаимоотношения исторического сообщества с государством, которые определили это развитие на десятилетия вперед, в том числе сохранившись во многих чертах и до сегодняшнего времени.


Интеллигенция в поисках идентичности. Достоевский – Толстой

Монография посвящена проблеме самоидентификации русской интеллигенции, рассмотренной в историко-философском и историко-культурном срезах. Логически текст состоит из двух частей. В первой рассмотрено становление интеллигенции, начиная с XVIII века и по сегодняшний день, дана проблематизация важнейших тем и идей; вторая раскрывает своеобразную интеллектуальную, духовную, жизненную оппозицию Ф. М. Достоевского и Л. Н. Толстого по отношению к истории, статусу и судьбе русской интеллигенции. Оба писателя, будучи людьми диаметрально противоположных мировоззренческих взглядов, оказались “versus” интеллигентских приемов мышления, идеологии, базовых ценностей и моделей поведения.


Князь Евгений Николаевич Трубецкой – философ, богослов, христианин

Монография протоиерея Георгия Митрофанова, известного историка, доктора богословия, кандидата философских наук, заведующего кафедрой церковной истории Санкт-Петербургской духовной академии, написана на основе кандидатской диссертации автора «Творчество Е. Н. Трубецкого как опыт философского обоснования религиозного мировоззрения» (2008) и посвящена творчеству в области религиозной философии выдающегося отечественного мыслителя князя Евгения Николаевича Трубецкого (1863-1920). В монографии показано, что Е.


Технологии против Человека. Как мы будем жить, любить и думать в следующие 50 лет?

Эксперты пророчат, что следующие 50 лет будут определяться взаимоотношениями людей и технологий. Грядущие изобретения, несомненно, изменят нашу жизнь, вопрос состоит в том, до какой степени? Чего мы ждем от новых технологий и что хотим получить с их помощью? Как они изменят сферу медиа, экономику, здравоохранение, образование и нашу повседневную жизнь в целом? Ричард Уотсон призывает задуматься о современном обществе и представить, какой мир мы хотим создать в будущем. Он доступно и интересно исследует возможное влияние технологий на все сферы нашей жизни.


Лес. Как устроена лесная экосистема

Что такое, в сущности, лес, откуда у людей с ним такая тесная связь? Для человека это не просто источник сырья или зеленый фитнес-центр – лес может стать местом духовных исканий, служить исцелению и просвещению. Биолог, эколог и журналист Адриане Лохнер рассматривает лес с культурно-исторической и с научной точек зрения. Вы узнаете, как устроена лесная экосистема, познакомитесь с различными типами леса, характеризующимися по составу видов деревьев и по условиям окружающей среды, а также с видами лесопользования и с некоторыми аспектами охраны лесов. «Когда видишь зеленые вершины холмов, которые волнами катятся до горизонта, вдруг охватывает оптимизм.


Сын террориста. История одного выбора

Автору этой книги было всего семь лет, когда его отец, террорист Эль-Саид Нуссар, совершил свое первое преступление, застрелив в Нью-Йорке раввина Меира Кахане — основателя Лиги защиты евреев. Уже находясь в тюрьме, Нуссар помог спланировать и осуществить первый теракт во Всемирном торговом центре в 1993 году. Сегодня он отбывает пожизненное заключение, но остается примером и героем для мусульманских фанатиков во всем мире.Зак Ибрагим с детства воспитывался в атмосфере фанатизма и ненависти. И все же отец-экстремист не смог заставить сына пойти по пути насилия и террора.


Математика любви. Закономерности, доказательства и поиск идеального решения

Казалось бы, что общего у любви и математики? Автор книги, профессор математики Лондонского университета Ханна Фрай, убедительно доказывает: математические формулы вполне способны рассказать нам что-то новое о любви и отношениях. Пусть наши чувства хаотичны и с трудом поддаются анализу, но ведь математика давно научилась работать с хаосом – идет ли речь о поведении элементарных частиц или демографических проблемах. Как бы причудливы и изменчивы ни были законы любви, математика в состоянии не только описать их, но и предложить ряд практических идей – от теории флирта и оптимального алгоритма поведения на вечеринке до прогнозирования числа гостей на свадьбе и даже их рассадки за столом.