…не допускались вовсе секретарем к делам…-- О типичности этого явления см.: Дитятин И. И. Устройство и управление городов России, т. 2. Ярославль, 1877, с. 267.
…отбывали свое трехлетие…-- На выборных должностях купцы были обязаны прослужить три года.
Стр. 344. Шнуровая книга -- прошнурованная.
Стр. 345. …накануне урочного свидетельства…-- то есть очередной ревизии.
Накрыть мокрым рядном -- застать врасплох (рядно -- грубый деревенский холст, идет на мешки, подстилки и т. д.).
Стр. 346. Настольный регистр делам -- "куда вписывают дела, по ходу их, вся сокращенная переписка ("Толковый словарь" В. И. Даля).
Входящий регистр бумагам -- куда "вписаны все вступающие бумаги с отметками исполнения" ("Толковый словарь" В. И. Даля).
Стряпчий -- здесь: чиновник по надзору за ходом дел, связанных с юриспруденцией.
Стр. 347. Главная гауптвахта -- помещение, где находится старший караул города.