В Академии наук СССР Петр Петрович вел большую научно-организационную работу. Он возглавлял ряд комиссий, которые разрабатывали важные проблемы развития наук о Земле. По его предложению восстанавливается ряд комиссий и комитетов, деятельность которых была прервана войной. Это относится прежде всего к Океанографической комиссии. Ширшов способствовал деятельности Тихоокеанского национального комитета (членом Тихоокеанской ассоциации Академия наук СССР состояла с 1925 года) и утверждается его председателем, он назначается также председателем Оргбюро Гидробиологического общества СССР. Его избирают в 1949 году заместителем академика-секретаря Отделения геолого-географических наук АН СССР, и он активно участвует в развитии деятельности институтов, объединяемых этим отделением.
Петр Петрович никогда не замыкался только в научной и служебной сферах. Он был также активным общественным деятелем. Дважды избирался депутатом Верховного Совета СССР (первый раз избирателями Днепропетровска, второй — Новороссийска) и с чувством полной ответственности выполнял свои депутатские обязанности.
Когда в нашей стране возникло движение за мир, Ширшов принял в нем деятельное участие и был в числе делегатов на Всесоюзной конференции сторонников мира, состоявшейся в Москве в августе 1949 года. За заслуги перед Советской Родиной Петр Петрович помимо Золотой Звезды Героя Советского Союза был награжден семью орденами СССР.
Из всего рассказанного здесь видно, что жизнь Петра Петровича была посвящена науке и выполнению государственных и общественных дел. А была ли у него личная жизнь? Несомненно была, хотя времени для нее явно не хватало. Он очень любил своих детей — у него их было трое. Он любил искусство, пользовался любой возможностью для посещения театров и концертных залов. И еще было два любимых увлечения. Во-первых, книги. Помимо художественной литературы он собрал большую библиотеку о географических исследованиях нашей планеты. Книги не стояли просто на полках, он их внимательно читал, делал на полях пометки. Вторым его увлечением было моделирование морских судов. Дома в его кабинете стоял токарный станок, и Петр Петрович вытачивал на нем детали и собирал из них с большим мастерством и искусством модели различных морских кораблей.
Петр Петрович умер в феврале 1953 года, на 48-м году жизни, в полном расцвете творческих сил. Он оставил после себя богатое научное наследие и внес личный вклад в исследования Арктики, развитие советского морского транспорта и в создание передовой школы отечественной океанологии. Память Ширшова увековечена на географической карте в названиях бухты в архипелаге Земли Франца-Иосифа и подводного хребта в Тихом океане, открытого и нанесенного на карту одной из экспедиций «Витязя». Созданный им Институт океанологии АН СССР носит его имя, а океанские просторы бороздят крупнотоннажный корабль науки с надписью на борту «Академик Ширшов» и танкер «Петр Ширшов».
