В Нижнем Юрий со слугой останавливаются у боярина Истомы-Туренина, приятеля Шалонского. Туренин, как и Шалонский, люто ненавидит «крамольный городишко» и мечтает, чтобы перевешали всех нижегородских зачинщиков, но, в отличие от приятеля, умеет скрывать свои чувства и слывет уважаемым в Новгороде человеком.Он должен свести Юрия со здешними почетными гражданами, чтобы тот уговорил их быть покорными «русскому царю» Владиславу.
Но на душе у Юрия смутно. Как ни старается уверить он себя, что в его миссии заключено спасение отечества от «бедствий междуцарствия», он чувствует, что отдал бы половину жизни, лишь бы предстать перед новгородцами простым воином, готовым умереть в их рядах за свободу и независимость Руси.
Его душевные муки усугубляются, когда он становится свидетелем величайшего патриотического подъема новгородцев, по призыву «бессмертного» Козьмы Минина отдающих свое имущество «для содержания людей ратных», готовых выступить на помощь «сиротствующей Москве». На площади, где происходит это знаменательное событие, главою земского ополчения всенародно избран Димитрий Пожарский, а хранителем казны нижегородской – Минин. Исполнив на боярском совете свой долг посланника Гонсевского, Юрий уже не может сдержать своих чувств: если бы он был гражданином новгородским, а не целовал крест Владиславу, говорит он боярам, то счел бы за счастье положить свою голову за святую Русь.
Прошло четыре месяца. Около отчины Шалонского, от коей осталось одно пепелище, случайно встречаются Алексей и Кирша, возглавляющий отряд казаков. Алексей, худой и бледный, рассказывает запорожцу, как на его хозяина напали разбойники, когда они возвращались с боярского совета. Он, Алексей, получил удар ножом – четыре недели был между жизнью и смертью, а тела Юрия так и не нашли. Но Кирша не верит в смерть Милославского. Вспоминая подслушанный у Кручины разговор, он уверен, что Юрий в плену у Шалонского. Кирша и Алексей решают его найти.
У Кудимыча Кирша выведывает, что Шалонский с Турениным скрываются в Муромском лесу на хуторе Теплый Стан, но тут же попадает в руки Омляша и его сотоварищей. И вновь смекалка приходит ему на помощь: пользуясь своей славой колдуна, он ищет разбойникам зарытый в лесу клад до тех пор, пока на помощь к нему не приходят его казаки.
Теперь в руках у Кирши и Алексея есть проводник до Теплого Стана. Они прибывают на хутор вовремя – на следующий день Ту-ренин и Шалонский собирались покинуть хутор, а Юрия, которого держат в цепях в подземелье, ожидала неминуемая смерть.Едва живой, истомленный голодом Юрий освобожден. Он намерен ехать в Сергиеву лавру: связанный клятвой, которую не может нарушить, Юрий собирается постричься в монахи.
В лавре, встретившись с отцом келарем Авраамием Палицыным, Юрий в исповеди облегчает свою душу и дает обет посвятить свою жизнь «покаянию, посту и молитве». Теперь он, послушник старца Авраамия, выполняя волю своего пастыря, должен ехать в стан Пожарского и ополчиться «оружием земным против общего врага» Русской земли.
По дороге в стан Пожарского Юрий и Алексей попадают к разбойникам. Их предводитель отец Еремей, хорошо знавший и любивший Димитрия Милославского, собирается с почетом отпустить его сына, да один из казаков приходит с вестью, что захвачена дочь изменника Шалонского, она же невеста пана Гонсевского. Разбойники жаждут немедленной расправы над невестой «еретика». Юрий в отчаянии. И тут ему на помощь приходит отец Еремей: якобы на исповедь он ведет молодых в церковь и там их венчает. Теперь Анастасия – законная супруга Юрия Милославского, и никто не смеет поднять на нее руку.
Юрий отвез Анастасию в Хотьковский монастырь. Их прощание полно горя и слез – Юрий рассказал Анастасии о своем обете принять иноческий сан, а значит, он не может быть ее супругом.
Единственное, что остается Юрию, – это утопить мучительную тоску свою в крови врагов или в своей собственной. Он участвует в решающей битве с гетманом Хотчевичем 22 августа 1612 г., помогая новгородцам вместе со своей дружиной переломить ход битвы в пользу русских. Вместе с ним бок о бок сражаются Алексей и Кирша
Юрий ранен. Его выздоровление совпадает с завершением осады Кремля, где два месяца отсиживался польский гарнизон. Как и все русские, он спешит в Кремль. С печалью и тоской переступает Юрий порог храма Спаса на Бору – горестные воспоминания терзают его. Но Авраамий Палицын, с которым юноша встречается в храме, освобождает его от иноческого обета – поступок Юрия, женившегося на Анастасии, не клятвопреступление, а спасение ближнего от смерти.
Прошло тридцать лет. У стен Троицкого монастыря встретилиськазацкий старшина Кирша и Алексей – он теперь слуга молодого боярина Владимира Милославского, сына Юрия и Анастасии. А Юрий и Анастасия похоронены здесь же, в стенах монастыря, они умерли в 1622 г. в один день.
