Он прождал всю зиму, коротая дни в обществе своего друга – французского посла Филиппа де Сегюра. В первую неделю апреля 1789 года столица была потрясена сообщением о том, что контр-адмирал Джонс попытался изнасиловать десятилетнюю девочку, дочь немецкой иммигрантки, которая владела молочной фермой. В полицию сообщили, что девочка разносила масло, а слуга Джонса сказал, что его хозяин хочет купить у нее немного товара, и отвел ее в квартиру Джонса. Там, по словам девочки, она нашла своего покупателя, которого никогда прежде не видела, одетого в белую форму с золотой звездой на красной ленте. Он купил у нее немного масла, а затем запер дверь, схватил, оттащил в спальню и набросился на нее. Позже девочка убежала домой, где рассказала все матери, а та отправилась в полицию. Сегюр вступился за друга, а некоторое время спустя описал этот случай в своих мемуарах, продолжая оправдывать Джонса. Он сказал, что юная девушка спросила у Джонса, не желает ли он, чтобы она заправила ему постель. Он отказался. «Тогда она стала показывать неприличные жесты, – Сегюр цитировал слова Джонса: – Я посоветовал ей не вступать на путь разврата, дал денег и отослал прочь». Как только она вышла из дома, девочка разорвала платье, закричала: «Насилуют!» и бросилась к матери, которая неожиданно оказалась неподалеку.
Две недели спустя Джонс написал Потемкину обо всем, что ему удалось узнать – мать девочки призналась, что какой-то господин с орденами дал ей денег и велел рассказать эту историю про американца. Она также сообщила, что ее дочери – двенадцать, а не десять лет, и что ее соблазнил слуга Джонса за три месяца до того, как она посетила адмирала. Позднее Джонс говорил, что сразу же после предполагаемого изнасилования, вместо того чтобы сидеть дома, девочка продолжила разносить масло. «Обвинения против меня были всего лишь низким подлогом, – продолжал свое письмо Потемкину Джонс. – Стоит ли мне говорить, что в России распутная женщина, которая оставила мужа, выкрала ребенка, живет в доме, пользующемся дурной репутацией и ведет развратную, разнузданную жизнь, вызывает достаточно доверия, чтобы принимались во внимание ее ничем не подтвержденные жалобы против заслуженного старшего офицера, имеющего прекрасную репутацию, заслуги и награды Америки, Франции и Российской империи? Признаюсь, я люблю женщин и удовольствия, которые дарит нам этот пол, но брать их силой кажется мне ужасным. Я не могу полностью удовлетворить свою страсть без взаимного согласия, даю вам слово солдата и честного человека, что если девочка, о которой идет речь, не побывала ни в чьих больше руках, кроме как в моих, то она все еще невинна».
Однако существует и третья версия случившегося. Прежде чем говорить с Сегюром и писать Потемкину, Джонс дал показания начальнику полиции: «Выдвинутые против меня обвинения ложные. Их придумала мать испорченной девчонки, которая несколько раз приходила ко мне домой и с которой я часто badiner[12], всегда давал ей денег, но на чью девственность я никогда не покушался. Я думал, что ей на несколько лет больше, чем утверждает ваше превосходительство. Каждый раз приходя ко мне домой, она охотно позволяла делать с собой все, что угодно. В последний раз все было, как обычно, она была довольна и спокойна, никто не пытался обидеть ее. Если кому-нибудь придет в голову проверить, не была ли она дефлорирована, я заявляю, что не являюсь автором этого деяния, и могу с легкостью доказать ложность всех обвинений». К письму прилагались письменные показания трех свидетелей, которые клялись, что девочка покинула квартиру Джонса тихо, на ней не было ни крови, ни синяков, ее платье не было разорвано, и она не плакала.
Даже если это и не являлось преступлением, в любом случае подобные отношения между нервным, одиноким мужчиной средних лет и девочкой-подростком кажутся аморальными. Никто не знал точно, что именно случилось, но Джонс был изгнан из петербургского общества. Сегюр считал, что с Джонсом сыграли злую шутку, и стоял за этим Нассау-Зиген. «Пол Джонс виновен не больше, чем я, – заявлял посол, – человек в его положении никогда не подвергался подобному унижению – обвинениям от женщины, чей муж называет ее сводницей, и чья дочь открыто пристает к мужчинам». Обвинения в изнасиловании были сняты с Джонса, но вместе с ними исчезло и предложение встать во главе командования Балтийским флотом (командование перешло к Нассау-Зигену, который вскоре проиграл морскую битву шведскому флоту). Вместо позорного изгнания Екатерина предоставила Джонсу двухлетний отпуск. 26 июня она публично протянула ему на прощание руку для поцелуя и пожелала счастливого пути.
Остаток его жизни был кратким и небогатым на яркие события. Он никогда больше не командовал кораблем и уж тем более целым флотом. Ему было чуть больше сорока, и он пережил в Париже первые годы Французской революции: ни американский посол Говернер Моррис, ни Лафайет не нашли времени увидеться с ним. Он умер 18 июля 1792 года через две недели после своего сорок пятого дня рождения от нефрита и пневмонии. После его смерти Моррис отказался выделить государственные средства для его похорон или избавить Джонса от похорон на кладбище для нищих. Вместо этого Французская национальная ассамблея, которая помнила Джонса как героя, выплатила небольшую сумму, которая была необходима чтобы похоронить его.