Получив своевременное оповещение о возгорании здания, через несколько минут к нему из пожарной части № 1 тогдашнего Центрального района Севастополя прибыли пажарные под командованием младшего лейтенанта Василия Резниченко. Не имея возможности справиться с огнем из-за того, что водопроводные трубы были разбиты в предшествующие дни вражеских бомбардировок и обстрелов, огнеборцы с помощью пожарных лестниц поднимались наверх внутри здания и разрезали полотно на части, спасая его тем самым от огня. Вот так, по кускам выносилось живописное полотно из горящего и полуразрушенного здания Панорамы. Всего было спасено 83 фрагмента живописного полотна, или две трети от его первоначальной площади. На одном из грузовиков пожарной части № 1 спасенные фрагменты вечером 25 июня 1942 года были вывезены в район причалов Камышовой бухты. Там в ночь с 26 на 27 июня 1942 года они были погружены на борт лидера эсминцев «Ташкент» и на этом последнем крупном корабле, прибывшим в Севастополь, в конце его Второй обороны были отправлены в Новороссийск.
Переход лидера из Севастополя в Новороссийск проходил под непрерывными ударами немецкой авиации. За несколько часов боя с воздушным противником на корабль было сброшено около 300 авиабомб, что стало абсолютным рекордом в мировой военно-морской истории. Но благодаря высокому профессионализму тогдашнего командира корабля капитана 3 ранга Василия Ерошенко ему непрерывным умелым маневрированием, плотным и прицельным зенитным огнем удалось не допустить прямых попаданий авиабомб в корпус корабля, и «Ташкент», хотя и со значительными повреждениями, дошел до Новороссийска.
Из Новороссийска в течение двух месяцев фрагменты полотна были доставлены в Новосибирск и помещены в фонды находившейся там в эвакуации Третьяковской галереи. Опытные художники-реставраторы провели их обследование и затем частичные реставрационно-консервационные работы.
Вскоре после окончания войны в 1945 году вместе с фондами Третьяковской галереи фрагменты живописного полотна были доставлены в город Загорск (Сергиев-Посад) Московской области. Там в 1946–1949 годах происходили реставрационные работы для планировавшегося восстановления Панорамы на основе сохранившихся фрагментов.
Однако из-за тяжелых повреждений красочного слоя сохранившихся частей было принято решение написать для Севастопольской Панорамы живописное полотно заново с максимальным сохранением творческого стиля и сюжетной композиции первоначального автора — Франца Рубо.
Одновременно в Севастополе шла подготовка к восстановлению здания Панорамы. В конце января 1949 года было определено его состояние. Согласно составленным актам степень разрушения стен на различных участках колебалась от 30–40 до 50 %. Требовали замены 40 % металлических балок купола.
Спустя месяц, 23 февраля 1949 года, Комитет культпросветучреждений при Совете Министров РСФСР утвердил технический проект восстановления здания. Общая стоимость была определена в 3 миллиона 500 тысяч рублей, или 350 тысяч долларов по курсу 1961 года. Деньги выделялись из бюджета Министерства культуры РСФСР.
Восстанавливал здания Панорамы трест «Севгорстрой». Архитектурный надзор осуществлял известный уже в то время молодой севастопольский архитектор Виктор Петропавловский.
А тем временем 24 октября 1950 года Совет Министров СССР принимает окончательное решение о восстановлении живописного полотна для Севастопольской панорамы. Через 2 месяца 22 декабря 1950 года поручает вести восстановительные работы Центральной художественной мастерской в Москве.
В январе 1951 года Комитет по делам искусств при Совете Министров СССР предложил народному художнику СССР Василию Николаевичу Яковлеву подготовить план и смету восстановительных работ. А спустя полтора года, 20 июня 1952 года, Дирекция художественных выставок и панорам предложила ему возглавить творческий коллектив для написания нового полотна. Работа началась. В период с октября 1952-го по апрель 1953 года художники создали так называемый «рисунок-картон», или, проще говоря, эскиз будущего полотна. Но положение творческого коллектива внезапно и серьезно осложнила смерть Иосифа Сталина в начале марте 1953 года. Она вызвала оживление разного рода антипатриотических элементов в тогдашнем партийном руководстве и в кругах, руководивших советской культурой. Уже 21 марта 1953 года Дирекция художественных выставок и панорам уведомила Василия Яковлева о прекращении всех работ по воссозданию полотна Панорамы по причине якобы отсутствия финансирования и спустя два дня расторгла договор с творческим коллективом.
Однако, несмотря на это и прекращение выплаты зарплат, художники продолжили работу по своему плану. В ответ Дирекция 30 марта 1954 года вновь уведомила о прекращении договора, но мастера батальной живописи еще больше ускорили работу и 1 апреля 1953 года завершили создание эскиза.
На помощь оказавшемуся в критическом положении творческому коллективу пришел начальник Главного морского штаба Министерства Военно-Морского Флота СССР адмирал Иван Исаков. Благодаря его вмешательству интриги удалось отбить и 18 апреля 1953 года специальная комиссия во главе с президентом Академии художеств СССР А. Герасимовым приняла эскиз.
