За время пребывания Достоевского в Сибири в жизни страны произошли важные перемены. Россия проиграла Крымскую войну. Стало ясно, что многое в экономике и общественном устройстве надо менять, новый император – Александр II – решил отменить крепостное право и провести ряд других важных реформ. Но решительно настроенная часть общества, возглавляемая Н. Г. Чернышевским, Н. А. Добролюбовым и другими революционными демократами, считала, что этого недостаточно – в России нужна революция. Конечно, будут жертвы, прольется кровь, но зато потом, по их мнению, наступит счастливая жизнь. В то же время усиливалась вера в достижения науки, которая действительно тогда очень быстро развивалась. У многих возникала иллюзия, что наука уже знает о человеке все, что поведение людей можно рассчитать «по табличке». А значит, можно построить и «правильное» общество, где человек будет счастлив. Все это не могло не волновать Достоевского, который за долгие годы испытаний и раздумий в Сибири познал совсем другую истину о человеке и понял, чем может закончиться претворение в жизнь «передовых» революционных теорий.
Вслед за «Записками из Мертвого дома», романом «Униженные и оскорбленные» он создает одно из самых сложных и трагических своих произведений – повесть «Записки из подполья». На примере ее героя он показывает, что человек никогда не станет жить «по табличке», какие бы блага такая жизнь ни обещала. Он совершит любой безумный и даже вредный для себя поступок, лишь бы заявить свою волю, ибо самое большое благо для человека – поступать по собственной свободной воле. Даже из «хрустального дворца» человек тут же убежит в «курятник», если ему скажут: «Ты должен жить во дворце». Но человек, живущий лишь для удовлетворения собственных желаний, тоже не будет счастлив, ибо разрушает мир вокруг себя. Только вера и любовь к людям наполняют жизнь подлинным смыслом и радостью.
В эти годы в личной жизни Достоевского произошли большие перемены. В 1864 году от тяжелой болезни скончалась его жена М. Д. Исаева, а вскоре умер и его брат Михаил, наиболее близкий ему человек. Сам Достоевский тоже был очень болен, ему приходилось с большим трудом рассчитываться с долгами. Издаваемый им вместе с братом журнал оказался убыточным, и после смерти Михаила ему пришлось заботиться и о семье брата. Работал он много и тяжело, вновь и вновь влезая в долги, очень мучился от одиночества. Но в конце 1866 года он знакомится с молодой стенографисткой Анной Григорьевной Сниткиной, а спустя полгода женится на ней. Жизнь его несколько налаживается. От этого брака у Достоевского было четверо детей: Соня и Алеша умерли в раннем детстве, а Федор и Люба прожили до двадцатых годов ХХ века. Правнук и правнучка Достоевского и их дети сейчас живут в Санкт-Петербурге. Достоевский очень любил детей, и не только своих. Он относился к ним всегда с нежностью, но в то же время серьезно и с уважением. И всегда помнил слова Христа: если не станете как дети (то есть не станете так же чисты и ясны душой и умом), не войдете в Царствие Небесное.
В 1865–1866 годах Достоевский пишет первый из пяти своих великих романов, принесших ему мировую славу, – «Преступление и наказание». Герой его – студент Родион Раскольников, страдающий от собственной бедности, от невозможности помочь своим близким, матери и сестре, от нищенской жизни окружающих его людей, в частности, семьи пьяницы чиновника Мармеладова. А неподалеку от Раскольникова живет старуха-процентщица, дающая в долг деньги под залог ценных вещей. Она очень богата, но из дому почти не выходит, семьи у нее нет, единственную свою сестру, робкую и смирную Лизавету, заставляет работать на соседей.
Раскольникову это кажется ужасно несправедливым. Он решает убить «бесполезную и вредную» старуху, завладеть ее богатством и совершить на эти деньги много добрых дел: помочь родным и другим бедным людям, самому закончить курс в университете. Всеми этими добрыми и полезными делами, по его мнению, «загладится» преступление. Он совершает задуманное, чудом остается незамеченным, но выясняется, что в его расчетах была огромная ошибка. Во-первых, случилось так, что вслед за старухой-процентщицей он убивает неожиданно вернувшуюся в квартиру Лизавету. А придя в себя после убийства (несколько дней он был в горячечном бреду), понимает, что пролитая кровь навсегда отгородила его от обычных людей. Еще никто не догадывается, что он убийца, но он сам уже не может жить прежней жизнью, не может даже общаться с матерью и сестрой. Ту небольшую часть драгоценностей старухи, которую ему удалось захватить, убегая, он зарывает под камнем в одном из дворов и больше не вспоминает о них. Он пытается помочь семье раздавленного лошадью на улице Мармеладова из последних оставшихся у него денег, когда-то присланных матерью.
Но старшая дочь Мармеладова, Соня, к которой Раскольников приходит в надежде найти понимание и сочувствие, когда он признается ей в убийстве, ужасается при мысли о том, что деньги, данные Раскольниковым, могли быть из тех денег. Соня убеждает Раскольникова, что единственное спасение для него – признаться в убийстве, покаяться прилюдно перед всеми за свой грех и принять заслуженное наказание. Но Раскольников, хотя и понимает, что потерпел крах, думает еще, что его теория была верна, только он сам оказался слаб и не выдержал. А вот если бы он был по-настоящему великой личностью – каким был, по его мнению, Наполеон, – то не остановился бы ни перед какими жертвами на пути к цели. Здесь он прав, ведь если рассуждать так, как он, то есть что можно убить одного человека ради счастья нескольких, можно убить десять – ради счастья сотни, тысячу – ради миллиона, миллион – ради всего народа и человечества.