Для улучшения управляемости на малых высотах с увеличенным полетным весом модифицировали хвостовое оперение. На самолет установили киль, разработанный для двухместных F-104B/D, площадь которого была на 20% больше, что позволило убрать демпфер рыскания. Была значительно увеличена мощность привода стабилизатора.
В связи с отмеченной тенденцией к резкому кабрированию на срывных режимах пришлось доработать систему предотвращения выхода на закритические углы атаки. Систему управления закрылками также переделали, чтобы они могли отклоняться и во время маневрирования. В результате радиус виража на высоте 1500 м уменьшился на 33%.
На самолет установили двигатель J79- GE-11 Астягой на форсаже7082,4 кгс. Воздухозаборники снабдили электрической противообледенительной системой.
Модернизировали вооружение. Так, для увеличения темпа стрельбы пушки М61А1 установили новую систему подачи снарядов. Предусмотрели быструю замену пушки на топливный бак емкостью 454 л. Номенклатуру подвешиваемого вооружения существенно расширили. F-104G мог применять обычные бомбы и НАР, а также управляемые ракеты «воздух-земля» Nord AS.30 и AGM-12A Bullpap. Возможность нести ядерное оружие была сохранена.
Бортовое оборудование F-104G существенно отличалось от оборудования американских самолетов. Важнейшей составной частью новой электронной системы стал универсальный радиолокационный прицел NASARR F-15A (North American Search and Ranging Radar). Он состоял из моноимпульсной РЛС и вычислителя системы управления огнем. Станция работала в двух основных режимах: обзора местности (для бомбометания и навигации) и обзора воздушного пространства (для перехвата воздушных целей). В первом случае летчик получал дальность до цели для визуального бомбометания, плановое радиолокационное изображение местности для бомбометания в сложных метеоусловиях и рельефное отображение местности для навигации и обнаружения препятствий по курсу. В режиме обзора воздушного пространства обеспечивались поиск, обнаружение и автоматическое сопровождение воздушных целей, необходимые для автоматического запуска FIAP на встречно-пересекающихся курсах, прицельной стрельбы из пушки или запуска AIM-9 при атаке из задней полусферы. Ведение стрельбы из пушки и пуск «Сайдвиндеров» ночью облегчал теплопеленгатор. Бомбардировочный вычислитель обеспечивал бомбометание в четырех режимах: с пикирования, с полупетли вперед, с полупетли назад и с горизонтального полета.
Важнейшим элементом бортового оборудования являлась система воздушных сигналов (СВС), которая при определении скорости и высоты полета учитывала не только статическое и динамическое давление от ПВД, но и температуру воздуха и угол атаки. На самолете впервые в истории истребительной авиации установили инерциальную навигационную систему Litton LN-3. Она измеряла пройденное расстояние, координаты места и путевой угол. В комплексе с радиотехнической системой ближней навигации TACAN она обеспечивала полет по заранее запрограммированному маршруту с пятью поворотными пунктами. Резервным режимом счисления пройденного пути была работа навигационного вычислителя от СВС.
F-104G быстро набирал вес, что заставило конструкторов усилить шасси. Внесли изменения и в конструкцию колес, установив тормозные диски большей энергоемкости. Кроме того, шасси снабдили автоматами растормаживания. Это позволило исключить движение самолета юзом на скользкой ВПП. Диаметр купола тормозного парашюта увеличили с 4,9 м до 5,5 м. Посадочная скорость самолета без включения СПС составляла 350 км/ч, со сдувом — 315 км/ч.
Длина пробега с СПС и тормозным парашютом — 1500-1800 м.
Первый опытный образец машины построили на базе серийного F-104A (№ 56-0770). 1 сентября 1960 г. он поднялся в воздух. «Настоящий» F-104G взлетел 5 октября. Это был первый из 66-ти заказанных немцами истребителей американского производства, остальные 210 самолетов планировалось строить в Германии на основе лицензионного соглашения.
Норвежский F-104G (№ 62-12237), вооруженный ракетами AGM-12A «Буллпап»
Немецкий F-104G во время испытаний с противокорабельной ракетой «Корморан». 1972 г.
Звено испанских F-104G. Воздушные силы Испании не потеряли ни одного «Старфайтера»
Самолет-разведчик RF-104G из немецкой эскадры MFG 2. В него угодила молния, в результате чего произошел несанкционированный сброс трех ПТБ. Четвертый бак получил повреждения и застрял под большим углом. Самолет успешно приземлился
Кроме ФРГ и Канады, новый самолет решили взять на вооружение Бельгия, Италия и Нидерланды. Затем к программе присоединились Испания и Норвегия. Такой успех объяснялся не только коррупционной составляющей, но и сравнительной дешевизной истребителя. Не последнюю роль играли также передовые летные характеристики. Ведь не каждый раз на вооружение предлагается обладатель множества мировых рекордов с новейшим оборудованием и вооружением.
Для серийного производства F-104G в Европе при помощи американских специалистов были созданы 4 мощных производственных объединения. В них вошли все ведущие авиационные фирмы того времени: Dornier, Heinkel, Messerschmitt (позже Messerschmitt-Bolkow-Blohm, или MBB), BMW, Fokker, Focke Wulf, Hamburger Flugzeugbau, Fiat, Aerfer-Macchi, Piaggio, SIAI- Marchetti и многие другие. Группы получили названия по своему географическому расположению: Южная, Северная, Западная, Итальянская. Первый серийный истребитель Южной группы поднялся в воздух 5 октября 1960 г., Северной—11 ноября 1961 г., Западной —3 августа 1961 г., а Итальянской — 9 июня 1962 г. За каждый построенный за пределами США «Старфайтер» «Локхид» получала около 15% от его стоимости.