Як-40 также выпускался в административных вариантах повышенного комфорта, так называемых «салонах». Впервые такой вариант был опробован на экземпляре № 04 нулевой серии. Два исходных варианта внутренней компоновки такого рода представляли собой «салон 1 — го класса» на 11 пассажиров и «салон 2-го класса» на 16 пассажиров. В обоих случаях запас топлива 4 т. «Салоны» можно опознать по белым заглушкам в передних окнах пассажирской кабины, где размещались гардероб или кухня. Кроме того, машины с компоновкой «салон 1 — го класса» обычно имели дополнительный запасной выход с правого борта в районе шестого окна. Характерной чертой машин, изначально построенных в такой конфигурации, является окно в служебной двери на левом борту, которое обычно отсутствует.
Некоторые «Салоны» оснащали средствами спецсвязи, в частности, аппаратурой «Татра-М» (согласно правительственному решению от 29 марта 1973 г.). В последние два десятилетия стало популярным конвертирование обычных Як-40 в «Салоны» и наоборот, а число индивидуальных VIP-компоновок весьма выросло.
Во исполнение Постановления ЦК КПСС и Совмина СССР № 1966–1055 от 30 ноября 1965 г., а также совместных решений ВВС, МГА и МАП от 27 августа 1969 г. был создан Як-40ДТС (десантный, транспортный и санитарный). Самолет предназначался для транспортировки мелких грузов общей массой до 2500 кг либо 24 человек посадочного десанта с оружием и снаряжением. Кроме того, была предусмотрена перевозка 26 сидячих или 18 носилочных и 2 сидячих раненых с одним медработником; парашютное десантирование 20 десантников с оружием и снаряжением; парашютное десантирование грузов в стандартной таре по одному грузу за один заход.
В процессе изготовления серийного Як-40 № 0915 вместо пассажирского оборудования были установлены несъемные узлы и детали, позволявшие смонтировать на них ДТС оборудование. Машину также оснастили доработанной кислородной системой, дополнительным радио- и электрооборудованием, приборами для обеспечения десантирования.
Государственные испытания этого самолета проводились в ГК НИИ ВВС с 12 июня по 9 сентября 1971 г Акт по их итогам был утвержден 29 октября. В нем отмечалось, что ЯК-40ДТС и его оборудование в основном соответствуют требованиям протокола макетной комиссии. Переоборудование пассажирского самолета в вариант ДТС в аэродромных условиях может осуществить бригада из шести специалистов средней квалификации за 5 рабочих смен.
ОКБ провело работу по устранению отмеченных в акте дефектов и составлению необходимых инструкций. В следующем году было решено, что со второго квартала 1973 г в серии самолеты Як-40 будут выпускаться в варианте ДТС (те., как следует понимать, в варианте, допускавшем переоборудование в ДТС). На практике было построено два ЯК-40ДТС — один на базе 27-местного и другой на базе 32-местного вариантов. Последний (№ 1528) проходил контрольные испытания в ГК НИИ ВВС.
Один из первых экземпляров конвертируемого грузо-пассажирского самолета Як-40К
Грузовой люк самолета Як-40К
Пилотская кабина Як-40 (борт СССР-88276)
Один из советских интерьеров Як-40 в варианте «Салон» (слева). Современный вариант интерьера «Салона» (борт RA-87216)
Як-40 из состава ВВС СССР
Вверху — хвостовой трап Як-40 «Метео» с блоками отстрела пиропатронов, начиненных реагентом. Внизу — Як-40 «Лирос»
Спецварианты Як-40
На базе Як-40 создали немало вариантов спецприменения. Несколько таких машин находилось на службе метеорологии. Так, в 1986 г. конструкторы Минского АРЗ № 407 ГА по инициативе Украинского НИИ Госкомгидромета создали самолет- метеолабораторию Як-40 «Аква» (зав. № 9740856, СССР-87937). Его назначением было исследование атмосферы, контроль за загрязнением воздушной среды и активное воздействие на облака для стимулирования осадков. Самолет оснастили подкрыльевыми контейнерами системы пиротехнических генераторов воздействия СПВГ-40, в которых применялись патроны ПВ-26.
После нескольких лет службы этот самолет переделали в пассажирский. В 1990-х гг он (борт ЕК-87937) служил в авиакомпании Armenian Airlines и время от времени сдавался в аренду иранским перевозчикам. 17 мая 2001 г этот самолет (уже борт EP-TQP) потерпел катастрофу в Иране, будучи в то время в парке авиакомпании Qeshm Air.
Самолет-метеолаборатория Як-40 «Шторм» (зав. № 9541644, СССР-87992) был создан совместными усилиями Высокогорного геофизического института и АРЗ № 407 ГА. Его оснастили аппаратурой для исследования различных атмосферных явлений и соответствующими контрольно-записывающими устройствами, а также автоматическим устройством АС0-2И, которое использовалось для отстрела патронов со специальным реагентом, воздействовавшим на облака для вызывания осадков. В начале 1990-х гг самолет был возвращен к пассажирскому стандарту и передан в авиакомпанию «Ставрополь Авиа».
Созданный для УкрНИИ Госкомгидромета самолет-метеолаборатория Як-40 «Лирос» (зав. № 9522041, СССР-87536) решал в целом те же задачи с упором на изучение механизма образования искусственно стимулируемых осадков и отработки методики ввода реагентов. В пассажирской кабине размещались рабочие места аэрологов и спецоборудование. На внешней стороне входного трапа были смонтированы аэрозольный генератор САГ-1 и устройства воздействия на облака. Самолет эксплуатировался в ГосНИИ ГА и базировался в аэропорту Шереметьево-1. Позже он был возвращен к пассажирской конфигурации, использовался в Arnnenian Airlines с регистрацией ЕК-87536 и сдавался в аренду иранским авиакомпаниям.