Это предложение рассматривалось в Главном управлении ГВФ в сентябре 1963 г и нашло благоприятный отклик. Работа над Як-40 в варианте СВВП продолжалась еще некоторое время. Был разработан еще один проект. Он предусматривал использование двух маршевых ТРДД по бокам хвостовой части фюзеляжа в сочетании с восемью подъемными двигателями РД-36-35, которые размещались в фюзеляже двумя группами по четыре впереди и позади 15-местной пассажирской кабины. Однако затем концепция пассажирского СВВП была отставлена в сторону.
Модель Як-40 в первом варианте СВВП (проект)
Рисунок второго варианта СВВП
В августе 1964 г ЦК КПСС и Совмин СССР совместным постановлением поручили ОКБ-473 О. К. Антонова и ОКБ-40 ГМ. Бериева заняться совместной разработкой регионального 24-местного пассажирского самолета, получившего обозначение Ан-Бе-20. Его силовую установку должны были составить три ТРДД АИ-25, расположенные в хвостовой части фюзеляжа. Этот двухконтурный двигатель взлетной тягой 1500 кгс находился в тот момент на стадии разработки в Запорожском КБ А.Г. Ивченко.
Аналогичное задание было выдано в ту пору и ОКБ-115, которое тоже занялось проектированием самолета под три двигателя АИ-25. В архиве яковлевской фирмы хранится «Эскизный проект пассажирского самолета Як-40 для местных линий. Техническое описание», утвержденный А.С. Яковлевым 15 августа 1964 г, т. е. в том же месяце, когда все три ОКБ получили вышеупомянутое задание. Вероятно, разработка эскизного проекта велась еще до его выхода.
В проекте в качестве силовой установки указаны три двигателя АИ-25, однако на рисунках изображен самолет, почти идентичный будущему Як-40, но с мотогондолами небольшого диаметра, которые скорее годятся для Р19-300. В более поздней графике вид мотогондол изменился. Интересны и такие детали, как плавный переход от воздухозаборника среднего двигателя к килю, отсутствие пулеобразного обтекателя на вершине киля и носовой конус большей длины по сравнению с более поздним реальным вариантом. Важно подчеркнуть, что в этот проект уже заложена фирменная черта будущего Як-40 — встроенный хвостовой трап. В целом неудивительно, что уже 9 сентября 1964 г был издан приказ ГКАТ, который предписывал ОКБ-115 начать разработку рабочих чертежей самолета и оснастки с параллельной доработкой макета (отсюда следует, что макет к тому времени уже был готов).
Имеет хождение мнение, что в ОКБ- 115 была передана документация по проекту Ан-Бе-20, который так и не получил «зеленый свет» от МАП, пришедшего на смену ГКАТ. Несмотря на внешнюю схожесть двух проектов, некоторые исследователи считают эту версию сомнительной и утверждают, что ОКБ А.С. Яковлева при создании Як-40 шло своим путем. В частности, в пользу этой версии говорит то, что макет Ан-Бе-20 был построен в 1965 г., на год позже, чем первый макет Як-40.
В августе 1964 г ОКБ-115 приступило к доработке эскизного проекта Як-40. Руководителем темы стал зам. главного конструктора Е.Г Адлер (некоторое время этим занимался М.Г Бендерский, с 1967 г — первый зам. Генерального конструктора). Ведущими инженерами были Р.С. Петров и М.А. Щербина. Эскизный проект Як-40 в полном объеме Генеральный конструктор утвердил 5 мая 1965 г., через несколько дней после выхода Постановления Совмина от 30 апреля 1965 г, согласно которому ОКБ-115 официально получило задание на создание пассажирского самолета Як-40 для местных авиалиний. По существу, это постановление дало ход уже рабочему проектированию на основе созданного ранее задела.
Так как самолет создавали в расчете на эксплуатацию с небольших аэродромов, в т. ч. грунтовых, потребовалось обеспечить высокие взлетно-посадочные характеристики. Кроме того, с учетом специфики местных авиалиний конструкторы стремились упростить машину и повысить ее надежность. На Як-40 использовали прямое крыло большой площади, что дало возможность отказаться от сложных многощелевых закрылков и предкрылков. Шасси снабдили колесами необычно большого диаметра, что позволило Як-40 спокойно взлетать и садиться на аэродромах с прочностью грунта 5–6 кг/cм². На упрощение и повышение надежности было также направленно решение использовать безбустерное управление. Соображениями надежности определялся и выбор трехдвигательной силовой установки. Считалось, что при отказе одного двигателя самолет сможет уверенно продолжить взлет, а в горизонтальном полете не страшен отказ даже двух двигателей.
С 19 по 26 июля 1965 г макетная комиссия рассмотрела доработанный макет и составила предварительное заключение с замечаниями. После их устранения совместная комиссия МГА и ВВС еще раз изучила макет, и 6 января 1966 г утвердила соответствующий Акт, хотя и на этот раз не без замечаний. Правительственными решениями постройка первого летного экземпляра, статмашины, предсерийных самолетов и натурных стендов была возложена на авиазаводы №№ 115, 292 и 475 (ОКБ А.С. Яковлева, Саратовский и Смоленский соответственно), а также на завод № 149.
Сборка первого летного прототипа была завершена в июле 1966 г., в соответствии с графиком МАП. Опытный Як-40 (борт СССР-1966) изначально не имел боковой служебной двери. Более поздние снимки показывают эту машину с новым бортовым номером СССР-19661 и уже с боковой дверью. Еще одной особенностью исходного СССР-1966, а также двух последующих предсерийных экземпляров (№ 01, СССР-1967 и № 02, СССР- 19672) был аварийный люк для спасения экипажа в критической ситуации. Воздухозаборники среднего двигателя на этих машинах имел прямой срез.