Возвратился на родину Александр Александрович только 24 мая 1918 г. в результате обмена военнопленных. Его, совершенно больного, истощенного физически и морально жестокими условиями плена, вывезла в Одессу жена, ставшая в годы войны медсестрой. Октябрьскую революцию 1917 г. А.А. Кованько не принял и вступил в Добровольческую армию. В феврале 1919 г. он стал летчиком 8-го авиационного отряда Вооруженных сил Юга России (ВСЮР). Позже руководил Военной авиационной школой Управления авиации, работал в Авиационном отделе Межведомственной реквизиционной комиссии ВСЮР. С марта 1920 г. исполнял обязанности старшего офицера 4-го авиационного отряда Русской армии П.Н. Врангеля. С июня этого же года командовал 1 -м авиационным генерала Алексеева отрядом. Был избран членом суда чести Крымской боевой авиационной группы. В августе 1920 г. обеспечивал воздушное прикрытие десантной операции на Кубани и за 11 дней «совершил 12разведок и 3 групповых бомбометания». За боевые отличия был произведен в капитаны.
В ноябре 1920 г. красные захватили Крым. А.А. Кованько эвакуировался вместе с генералом Кутеповым в Турцию, в Галлиполи. К тому времени он расстался с Е. Гарут и в эмиграцию выехал со своей новой женой – Еленой Кованько. Вскоре многие бывшие офицеры Императорского военно- воздушного флота приняли предложение правительства Королевства Сербов, Хорватов и Словенцев прибыть в эту страну для оказания помощи в становлении местной армии. Среди них был и А.А. Кованько, который с семьей поселился в сербском г. Нови Сад, где началось формирование королевского воздушного флота.
В доме Георгия Кованько собраны книги, фотографии, документы, реликвии, чудом уцелевшие вещи отца, а также подборка газетных публикаций, в которых широко показана жизнь в Югославии российской военной эмиграции того периода. Есть и фотоснимок, на котором рядом с отцом в авиационной форме стоят известные в то время летчики Янковский, Шаболин, Антонов, Горн. Многие из них служили успешно. Так, Сергей Шаболин стал полковником сербской армии. А.А. Кованько состоял на службе в авиации Королевства, был инструктором в нови-садовской авиационной школе. Российские летчики многое делали для создания и развития авиационного дела в стране. Они объединились в Общество офицеров Российского воздушного флота в Королевстве Сербов, Хорватов и Словенцев. Это общество начало активную деятельность осенью 1922 г. и через год насчитывало 137 действительных членов. Одним из почетных членов был избран авиаконструктор И.И. Сикорский. Общество издавало авиационный журнал «Наша стихия», а также «Авиационный бюллетень», для которых А.А. Кованько писал статьи.
Самолет А.А. Кованько. Гатчина, 1913 г.
А.А. Кованько на своем самолете
Из-за недостаточного финансирования югославской авиации большинству пилотов приходилось летать на старых самолетах, и многие погибали. Это стало одной из причин, побудившей Александра Александровича вновь заняться авиаконструированием. На средства сербского военного министерства он построил в мастерских новисадовского аэродрома учебный самолет. Его первые испытания, проведенные конструктором в феврале 1926 г., дали отличные результаты. К сожалению, в украинских, российских архивах и литературных источниках данных об этой машине пока обнаружить не удалось. И только в архиве Г.А. Кованько сохранилась эмигрантская газета «Возрождение», в которой помещена фотография отца возле его самолета.
Оборвалась жизнь А.А. Кованько 27 сентября 1926 г. Российские историки авиации, основываясь на имеющихся у них данных, считают, что летчик погиб в катастрофе «во время испытания самолета собственной конструкции». Однако югославские публикации того времени свидетельствуют о другом. Так. газета «Политика» от 28 сентября 1926 г сообщала, что пилот подполковник А.А. Кованько и рядовой Мухарем Ахмед Саилович погибли во время полета на польском аппарате типа «Бранденбург» с двигателем Даймлера мощностью 180 л.с. Самолет упал с высоты приблизительно в 150 м через несколько минут после взлета.
До сих пор неизвестно, что именно случилось с самолетом. Опубликовав некролог и биографию летчика, авторы «Русского военного вестника» (№ 62, 10 октября 1926 г.) подчеркивали, что полет проходил при хороших погодных условиях. По одной из версий, пилот-инструктор А.А. Кованько передал управление самолетом курсанту Саиловичу, который резко направил аппарат к земле. Инструктор, по предположению сторонников этой версии, не смог вернуть машину в нормальное положение. Другие исследователи считают, что А.А. Кованько этого сделать не удалось, т.к. выполнявший свой первый полет Саилович то ли потерял сознание, то ли испугался и навалился на органы управления, не позволив инструктору выправить аппарат. Согласно третьей точке зрения, высказанной в газете «Време», сам А.А. Кованько внезапно мог почувствовать себя плохо, что и привело к трагедии. Есть еще одна версия, которой придерживаются родные летчика и некоторые исследователи. Они считают, что гибель А.А. Кованько, не скрывавшего желания вернуться на родину, стала результатом деятельности «Русского общевойскового союза» (РОВС) под руководством П.Н. Врангеля. Подтвердить или категорически отвергнуть любую из этих гипотез за недостатком документальных оснований пока не представляется возможным.