К сентябрю 1961 г. проект самолета был завершен. Однако разработчики комплекса С-23 не смогли вовремя передать на испытания ни РЛС, ни ракеты, поэтому на Е-8 решили установить обычную ЦД-30ТП инфракрасный визир Самоцвет и две серийные ракеты К-13 Пушечное вооружение не предусматривалось Самолет стали Обозначать МиГ-21 М
Всего построили 2 летных экземпляра Е-8: в январе 1962 г. Е-8 I и в мае Е-8,2 (красные бортовые номера «81» и «82 ), причем на обоих вместо РЛС были установлены их габаритно-весовые макеты и КЗА 17 апреля летчик-испытатель ОКБ-155 Г.К Мосолов поднял в воздух Е-8 1 В этом и последующих полетах, кроме определения характеристик устойчивости и управляемости самолета, снятия скоростных и высотных показателей, уточнялись алгоритмы управления воздухозаборником, отрабатывался механизм ПГО, решались другие задачи. В целом новый истребитель обнадеживал Однако все портила ненадежная работа силовой установки: чуть ли не в каждом полете случались помпажи, перегревы и т.п. Не менее 6 раз двигатель самопроизвольно останавливался.
11 сентября 1962 г. в сороковом полете Е-8/1 разбился в 60 км юго-восточнее аэродрома ЛИИ – двигатель разрушился при скорости, соответствующей числу М-1.7, на высоте 10000 м Осмотр обломков показал, что причиной аварии стало разрушение диска шестой ступени компрессора. Ее осколок пробил корпус двигателя, повредил обе гидросистемы и топливный бак, что привело к потере управления и пожару Далее осколок ударил по правому элерону, разрушил его, после чего самолет начал спиральное падение. Мосолов катапультировался из перевернутого положения с высоты около 8000 М, повредив руку и ногу. При приземлении он был еще больше травмирован. Его обнаружили лишь через 2 с половиной часа и в тяжелом состоянии доставили в больницу Врачам с трудом удалось спасти летчика.
Первый и второй летные экземпляры МиГ-21 И
29 июня впервые поднялся в небо Е-8,/2. Его пилотировал А В Федотов К 4 сентября на машине выполнили 13 полетов по отработке силовой установки, снятию летных характеристик с подвеской макетов ракет К-13 и исследованию тряски дестабилизатора были достигнуты статический потолок 19650 м и максимальная скорость 2050 км/ч на высоте 15000 м Однако после потери первого экземпляра полеты на втором были также прекращены. Через некоторое время ввиду отсутствия надежного двигателя, но главным образом потому, что зеркало станции -Сапфир- удалось существенно уменьшить и вписать в носовой конус серийного МиГ-21, тему и вовсе закрыли. Е-8 долгое время простоял без дела на летной станции ОКБ в Жуковском, а затем использовался для наземной отработки некоторых элементов будущего МиГ-23.
Второе заметное ответвление от главной линии развития "двадцать первого" также было связано с темой МиГ-23. требования к которому предусматривали существенное улучшение ВПХ. Одним из способов Сокращения взлет ной и посадочной дистанций в середине 1960-х гг считалось оснащение самолета дополнительными подъемными двигателями. К тому времени такие двигатели РД-36-35 с тягой по 2350 кгс были разработаны в ОКБ-36 под руководством главного конструктора П.А. Колесова. Ими решили оснастить летающую лабораторию Е-7ПД. построенную на базе МиГ-21ПФМ. поэтому машина получила сразу дна заводских шифра: изделие 23-31» (по программе МиГ-23) и «изделие 92» (по программе МиГ-21). В литературе можно встретить и еще одно, но уже неофициальное обозначение этого экспериментального самолета – МиГ-21 ПД ( ПД» – подъемные двигатели). Для размещения «подъемников» в фюзеляже «лээфэма» сделали вставку увеличенного сечения длиной 900 мм. Два РД-36-35 установили друг за другом почти вертикально Подвод воздуха осуществлялся через открывавшийся на взлете и посадке воздухозаборник, который закрывался в полете крышкой, а на нижней поверхности фюзеляжа находились жалюзи, отклоняющие газовые струи на углы от 5 вперед до 10° назад. "Подъемники» заняли почти весь объем центральной части фюзеляжа, поэтому шасси пришлось сделать неубираемым. В качестве маршевого двигателя применили привычный Р- 13Ф-300 Несмотря на удлинение фюзеляжа, запас топлива резко уменьшился, поэтому продолжительность полета не превышала 15-17 минут.
Первый вылет Е-7ПД состоялся 16 июня 1966 г под управлением летчика испытателя ОКБ П.М. Остапенко. В последующих полетах участвовал еще один заводской летчик – Б.А. Орлов. -Взлет и посадка на этой машине. – рассказывал он позже, были непростыми. Выхлопная струя подъемных двигателей у земли растекалась в стороны создавая под крылом подсасывающий эффект. С изменением скорости и высоты влияние газовых струй сказывалось по-разному и на подъемной силе самолета, и на его устойчивости и управляемости. Если на взлете проблем было меньше (всего лишь небольшая перебалансировка при неподвижной ручке управления, парирование которой после отрыва не представляло трудностей), то на посадке этот подсос дополнительно вызывал энергичное снижение машины и такое же торможение. Поэтому непосредственно перед приземлением приходилось увеличивать тягу основного двигателя до "максимала». а иногда даже включать форсаж».