Прототип Me 323V-2 стал эталоном для установочной серии Me 323D-0
Серийный Me 323D-1. Характерная особенность – пулеметы в фюзеляже за крылом
Me 323Е-1 в испытательном полете с двумя выключенными двигателями
Дальнейшим развитием стал Me 323D-6. На нем опять вернулись к капотам от BlGch 175 и трехлопастным винтам переменного шага «Ратиер» или «Шанваир». Существенно усилили оборонительное вооружение, Над кабиной бортрадиста установили дополнительный фонарь, в котором смонтировали два 13-мм пулемета MG 131, один из которых предназначался для стрельбы вперёд, а второй – назад. Кроме радиста, в этой небольшой кабине пришлось разместить стрелка. В блистерах грузовых дверей также установили MG 131. Как и все «Гиганты» вариантов Dr он имел оборудование для подвески стартовых ускорителей, но их почти не применяли из-за взрывоопасности, В целом, эта версия получилась довольно удачной и широко использовалась люфтваффе,
В начале 1943 г построили еще 2 прототипа: Me 323V-13 и Me 323V-14. Второй из них имел 4 рядных двигателя «Юмо 211F» мощностью по 1350 л.с., но из-за их дефицита предпочтение отдали шестимоторному Me 323V-13. Он оснащался все теми же «Гном-Ронами 14N», однако были доработаны капоты, радиаторы, а ёмкость баков увеличили до 10740 л. Усилили некоторые элементы конструкции планера, что увеличило его ресурс Убрали систему подвески ускорителей. Самолёт получил дополнительное оборудование для полетов над морем, в т.ч. спасательные средства на случай посадки на воду. Опять изменили оборонительное вооружение. Так как кабина бортрадиста была тесна для двух человек, то в ней оставили лишь пулемёт, стрелявший назад. Имевшие небольшие углы обстрела пулемёты в блистерах грузовых дверей сняли. Вместо них в самом носу этих дверей сделали большие плоские окна с шарнирами под MG 131, а для стрелков установили специальный настил. По бортам фюзеляжа за крылом смонтировали две установки под 13-мм пулемёты. Таким образом, общее количество стволов достигло пяти. Самолёт в такой конфигурации получил серийное обозначение Me 323Е-1. Небольшое количество таких машин выпустили на заводе фирмы «Люфтшбау Цеппелин» в г. Фридрихсхафен.
Вскоре «Мессершмитт» представила следующую модификацию «Гиганта». Идя навстречу пожеланиям военных, требовавших усиления оборонительного вооружения, в Лепхейме построили прототип Me 323V-15, имевший две дополнительные огневые установки. Каждая из них представляла собой поворотную башню HDL 151 с гидравлическим приводом, оснащенную 20-мм пушкой MG 151. Их разместили на верхних поверхностях крыла между средним и внешним двигателями. Полёты показали, что башни дают большое аэродинамическое сопротивление, которое существенно снижает лётные данные самолёта. Поэтому их заменили на более низкие башни EDL с электроприводом и той же пушкой. К этим установкам провели электропроводку, в местах их размещения изменили силовой набор крыла, оборудовали снизу аварийные люки, а полотняную обшивку заменили на фанерную, что позволило при обслуживании подходить к башне по крылу и защитить его от дульных газов при стрельбе. Пулемёты остались на месте. Эти доработки привели к дальнейшему росту веса пустого самолёта и, естественно, к снижению веса перевозимого груза, который не превышал теперь 10000 кг. Тем не менее, машину запустили в серию под обозначением Me 323Е-2. Точное количество «Гигантов» этой версии выяснить не удалось, однако известно, что самолёт по многочисленности превзошёл Me 323D-6.
Многоколесное шасси – особенность всех Me 323
Пулеметы MG 131 в носовой части Me 323D-6
На крыле Me 323Е-2 были установлены башни с 20-мм пушками MG 151
Утыканный пушками и пулеметами «Носитель оружия» Me 323E-2/WT
Учитывая большие потери «Гигантов» от истребителей противника, конструкторы из Лепхейма решили создать «воздушный крейсер». Незагруженный и оснащенный мощным вооружением, он должен был сопровождать транспортники и защищать их от истребителей, Для проверки идеи один Me 323Е-2 переделали в «Носитель оружия» Me 323E-2/WT. К существовавшим башням EDL 151 добавили ещё две – между фюзеляжем и внутренними двигателями. Грузовые двери заделали, а в самом носу установили поворотную башню с пушкой MG 151. Еще по 3 таких орудия разместили с каждого борта фюзеляжа. Таким образом, число 20-мм стволов достигло 11, Этот арсенал дополняли четыре пулемёта MG 131, установленные также по бортам. Для защиты стрелков служили 90-мм бронестекла и 20-мм бронеплиты. Экипаж «Носителя оружия» состоял из 17 человек: двух пилотов, 12 стрелков, стрелка-радиста и двух механиков, причем трое последних во время боя тоже вели огонь. Из-за малой боевой эффективности в серию этот вариант не передавали.
В конце 1942 – начале 1943 гг. производство «Гигантов» постепенно передали фирме «Цеппелин». Туда же перевели часть конструкторов, Это было связано с тем, что «Мессершмитт» оказалась сильно загруженной производством истребителей, В дальнейшем прототипы, созданные в Фридрихсхафене, имели индекс «Z». Так, в конце 1943 г. там построили и облетали прототип ZMe 323V-16. Он был оснащён шестью рядными двигателями «Юмо 221 R» мощностью по 1480 л,с. Новые моторы позволили увеличить взлётную массу машины почти на 4 т и довести ее до 54 т.