В тот период экипажи «Русланов» выполняли и оперативные перевозки по спецзаданиям правительства и МО как внутри страны, так и за рубежом (Австралия, Марокко, Вьетнам, ГДР, Дания, Швейцария, Малайзия и др.). Например, во Вьетнам доставляли вооружение и различное промышленное оборудование. В другие страны летали эпизодически, в частности, для оказания помощи пострадавшим от наводнений, доставки техники для проведения совместных учений, оборудования для тушения пожаров на нефтепромыслах и т.д. Экипажи обоих полков также перебрасывали военную технику, оборудование и другие изделия российских предприятий для участия в международных выставках и авиасалонах.
Военные летчики приняли эстафету установления рекордов на «Русланах». Так, 1 декабря 1990 г. начался кругосветный перелет на Ан-124 №05-07 по маршруту: Австралия (Мельбурн)-Южный полюс-Северный полюс-Австралия с промежуточными посадками в Бразилии (Рио-де- Жанейро, Марокко (Касабланка) и СССР (Воздвиженка). Экипаж под командованием начальника ГНИКИ ВВС генерал-л-та Л.В.Козлова состоял из летчиков и специалистов 235-го ВТАП. Кругосветный полет Ан-124 проходил вдали от международных авиатрасс, причем более 90% пути приходилось на безориентирные акватории четырех океанов, еще несколько процентов – на пустынную заснеженную Антарктиду. Таким образом, наземное радиотехническое и навигационное обеспечение почти полностью исключалось. «Б кругосветной экспедиции нам представилась уникальная возможность, – подчеркивал Козлов, – строго проверить работоспособность всех узлов, агрегатов и систем «Руслана» в различных географических широтах Мирового океана, при быстрой смене метеорологических и геофизических условий». Перелет протяженностью 50005 км был осуществлен за 72 часа 16 мин со средней скоростью 680 км/ч. Во время «кругосветки» экипажу удалось установить 7 мировых рекордов скорости полета.
В 1992-94 гг. «Русланы» стали применяться по своему основному назначению: перевозке военной техники и грузов. В эти годы экипажи 235-го ВТАП участвовали в перевозках авиатехники из Закавказья в Россию по маршрутам Вазиани-Моздок и Гянджа-Ульяновск. В период с 14 декабря 1994 г. по 13 января следующего самолеты этого же полка осуществили 35 рейсов по перевозкам грузов, военной техники и личного состава войск на Северный Кавказ в зону боевых действий в Чечне (аэропорт Моздок). Налет машин составил 1274 часа, перебазировано 1833 военнослужащих и 2247 т военных грузов. С апреля 1994 г. Ан-124 выполняли регулярные рейсы по обеспечению вывода российских войск из Восточной Германии, причем вывозились не только техника и личный состав, но и семьи военнослужащих с вещами. 22 июня с целью более эффективного использования парка «стодвадцатьчетверок» МО РФ издало приказ о перебазировании 235-го ВТАП в аэропорт Восточный в Ульяновске, и 26 «Русланов» получили «прописку» на заводском аэродроме рядом с цехами завода-изготовителя.

Ан-124 (сер. №05-07) ВВС России, на котором в 1990 г. был выполнен кругосветный перелет
Ан-124 ВВС России. Германия, 5 апреля 1994 г.
Распад СССР серьезно нарушил планы дальнейшей эксплуатации Ан-124 в ВТА. В первую очередь, это было связано с резким снижением финансирования со стороны МО и правительства РФ. Из-за отсутствия средств на проведение работ по продлению летной годности, самолеты обоих полков оказались перед реальной опасностью постепенно превратиться в не
летающие экземпляры. С 1996 г. перед Ан-124 обоих полков встала новая проблема, связанная с выработкой календарного срока службы (10 лет для самолетов выпуска 1986 г.). Большая научно-исследовательская работа, проведенная специалистами АНТК им. О.К.Антонова, ЦАГИ и НИИЭРАТ, позволила выйти из этой ситуации. Концепция «безремонтной эксплуатации Ан-124», выдвинутая П.В.Балабуевым, получила право на жизнь – «Руслан» стал первым «Аном», который начал эксплуатироваться по техническому состоянию. В соответствии с «Программой исследования технического состояния самолета Ан-124» все машины по мере оплаты таких работ были подвергнуты тщательному осмотру объединенной комиссии и получили рекомендации о необходимых мерах для продолжения эксплуатации.
Однако далеко не все проблемы удалось преодолеть. Во многих случаях выходом могло бы стать оснащение самолетов двигателями 3 серии, но ввиду их дороговизны это часто не по карману военным. Следствием такого положения стала известная катастрофа «Руслана» из состава 566-го ВТАП в Иркутске 6 декабря 1997 г. После этой трагедии со стороны правительства и МО РФ последовал категорический запрет на участие военных «Русланов», не имеющих гражданского Сертификата летной годности, в коммерческих рейсах. В итоге половину 1998 г. оба полка простаивали, проводя многочисленные профилактические мероприятия на технике по рекомендациям комиссии, занимавшейся расследованием катастрофы. Наконец, в результате ряда консультаций всех заинтересованных сторон эксплуатация Ан-124 в 566-м ВТАП была возобновлена. Этому событию предшествовали испытания, выполненные экипажами ЛИИ на машине, двигатели которой были доработаны с целью увеличения запасов газодинамической устойчивости. К сожалению, такой доработке подверглись лишь несколько «Русланов», на остальные не хватило средств.